大唐麟德二年，武皇后和皇上共同臨朝聽政，遭到一眾大臣不滿，認為女皇職權，有悖傳承。至此，朝中圍繞女皇執權，分裂為兩派，矛盾一時難以調和。就在此時，扶餘國進犯大唐，武皇后當即派出10萬水軍，前去徵討，也順便將朝中矛盾轉移到對外戰爭上來。然而，在水軍徵討途中，遭遇到了神秘水怪，戰船盡數被毀，將士九死一生，民間更是傳言，說那水怪，實際是龍王，為了讓龍王息怒，人們大肆紛紛祭奠，甚至將一個名叫銀睿姬的歌女當作祭品，獻給龍王，民間鬧出這麼大的動靜，武皇后極為不滿，她不信什麼龍王說什麼，認為是背後有人在搞鬼，便命令手下尉遲真金，十日之內查出水軍遇襲一案。
此時此刻，一個名叫狄仁傑（趙又廷飾演）的俊秀青年，正巧來朝中復命，在復明途中，他偶遇一幫匪徒，並從匪徒的唇語中，得知匪徒們要對銀睿姬不軌，於是，狄仁傑盜取官牌，一路通行，來到銀睿姬的祭祀之地，果然發現那幫匪徒正要搶掠銀睿姬。於是，狄仁傑與匪徒們展開了一番激戰。忽然，一個綠皮獸人從荷塘中躍出，匪徒們大肆撕咬一番，很快便將其屠盡。緊接著，綠皮獸人又抱起銀睿姬，跳入荷塘，試圖逃跑。狄仁傑見狀，當即追了上去，利用河道水草，困住綠皮獸人，救下了銀睿姬，尉遲真金（趙又廷飾演）也在此時趕過來，想要繼續追擊綠皮獸人，可再也沒有看到綠皮獸人的身影。
幾天後，綠皮獸人再次出現，他找到銀睿姬，伸手指向一首詩中的名字，表明自己正是銀睿姬的情郎：元鎮。銀睿姬感到非常不可思議，銀睿姬不知道，曾經英俊的情郎元鎮，怎麼會變成這樣一副鬼樣子，就在兩人互訴衷腸的時候，一幫紅衣人殺了進來，尉遲真金還有狄仁傑也在此時出現，雙方迅速展開了一番搏殺。最終紅衣人被擊退，狄仁傑也立即來到銀睿姬房中，查看銀睿姬是否安好，卻又與綠皮獸人元鎮相遇。兩人打鬥一番後，綠皮獸人在銀睿姬的要挾下，再次離去。其實，那些紅衣人正是為了追捕綠皮獸人，而指示他們這麼做的，正是一個名叫霍義的東島人。
東島國夾在大唐和扶餘國之間。之要兩國發生戰爭，他們東島國就會淪陷為戰場，為了改變東島國的命運，霍義便開始了顛覆大唐的計劃，那個毀掉大唐十萬水軍的水怪，便是霍義所養的猛獸。幾天後，銀睿姬向狄仁傑講述了綠皮獸人的身份，正式向朝中供奉皇家貢茶的京城清新茶坊的東少主：元鎮。狄仁傑得知了銀睿姬和元鎮的關係，便決定用銀睿姬引出元鎮，並伺機將其擒住。就這樣，狄仁傑設計了一個陷阱，並順利擒獲了元鎮。狄仁傑的好友沙陀忠發現，元鎮之所以變成這樣，可能是中了蠱。於是，眾人又將元鎮帶到了沙陀忠師父那裡，嘗試為元鎮解蠱。最終，元鎮病情消退，已經可以開口說話了。
他告訴眾人，說是幾個月以前，有一位名叫霍義的東島人找到他，想要學習皇家貢茶的製作方法，但被元鎮拒絕。可是不料，霍義趁機在元鎮杯中下蠱，讓元鎮身體發生了變異。霍義也趁機要挾元鎮，接手了元鎮的的清新茶坊，並在供奉朝廷的茶水中下蠱，意圖控制大唐朝廷。沙陀忠的師父正好有半斤皇家貢茶，稍一檢測，果然發現茶中有蠱。為了挽救大唐王朝，狄仁傑找到尉遲真金，帶上解蠱妙方：童子尿，進宮見面武皇后，並用一個大臣當證據，揭穿了東島人霍義向朝廷下蠱的陰謀，就這樣，滿朝文武，百官千戶，紛紛喝下童子尿，以便結了身上的蠱。狄仁傑又在元鎮的提示下，鎖定了霍義的據點，然後帶領水軍，一舉將其搗毀。但在返程途中，他們又遭遇了那頭巨型水怪的襲擊，但在狄仁傑和尉遲真金的配合下，水怪被射中了眼睛，不甘地沉入了海底。
此事之後，狄仁傑封官拜爵，成為朝中大臣。元鎮也漸漸回復人形，和銀睿姬遠走高飛了。
《狄仁傑之神都龍王》是2010年那部李冰冰和劉德華主演的《狄仁傑之通天帝國》的前傳，儘管看不出兩部片有任何的聯繫，但是狄仁傑用的還是那把武器--亢龍鐧，亢龍鐧儘管沒有刀刃，外形像一根棍子，但是只要和對手的兵器相碰，就能聽出裂隙，擊之必斷。電影導演徐克解讀說:狄仁傑不願使人致死，打斷兵器，使它廢掉，才是最大目的。有一種套住並逮住的設計，很符合狄仁傑的性格。
看過徐克電影的都知道，徐克在編劇上並沒有給人帶來很好的評價，在這部電影中的開頭半小時人物嘈雜，劇情也讓人看得一知半解。儘管劇本的整體性有一定的缺陷，但整體來說，這部片子還是有很多讓人眼前一亮的地方。王中磊也在現場表示，這部片子總共砸了一個億多的人民幣，可以看出這些錢應該都是花在3D特效上面了，還包括水下3D，不愧是華語電影的技術流派，視覺效果上沒有讓我們觀眾失望，無論是立體效果、出屏或是之前一直在宣傳的水下3D都是質量非常高的。
在武術打鬥過程中，再配合如此3D的效果，絕對能讓各位觀眾熱血沸騰，絕對看得非常過癮並且影片中的尉遲真金最擅長使用暗器，加上合適的慢動作讓人也不自覺屏息緊張起來，綜上所述，《狄仁傑之神都龍王》是一部結合了懸疑、武打、科幻色彩的商業電影，已經奪人眼球的3D大製作。我相信目前的華語導演還沒有一個能像徐克一樣幫這些元素混合到一起並拿捏的如此成功。
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