託馬斯·穆勒出身於德甲霸主拜仁慕尼黑隊的青訓系統，他於2008年8月15日拜仁慕尼黑對陣漢堡的德甲聯賽中首次出場完成其德甲首秀。2009年3月10日在拜仁慕尼黑主場對陣裡斯本競技的歐洲冠軍聯賽中，他在第72分鐘替補中場球員施魏因施泰格上場，並且在補時階段打入一球，成功地完成了其個人在歐洲賽場的首演。
託馬斯·穆勒擅長右腳，是德國現在新生代球員的出色代表。在場上穆勒可以出任攻擊型前場或者前鋒，在德國國家隊託馬斯·穆勒的這種攻防平衡的特點是勒夫所喜歡的。託馬斯·穆勒的缺點是技術略有些粗糙，左腳能力一般，而且國際大賽的經驗不足。
2009年8月，託馬斯·穆勒首次被召入德國U21青年隊，並在11日球隊3:1擊敗土耳其U21青年隊的比賽中出場。2010年3月3日，德國和阿根廷進行的友誼賽上，穆勒完成了自己國家隊的處子秀。
託馬斯·穆勒出生在慕尼黑周邊的小鎮Pahl，2000年從當地的TSV Pahl轉入拜仁，在德國U19和U20各出場過一次，2007年的德國A級青年聯賽中出場26次打進18球，幫助球隊獲得亞軍。接下來的08-09賽季代表拜仁二隊參加德丙聯賽，32場15球確立了他關鍵先生的地位，在德丙射手榜中排名第五，並進入一隊大名單，在季前友誼賽中亮相。08年8月15日對陣漢堡的比賽是他首次在德甲聯賽出場，09年3月10日7-1大勝裡斯本競技的比賽中打入個人歐冠處子球。 09年12月，與隊友巴德斯圖貝爾一起和拜仁俱樂部籤訂了第一份成年隊合同。在09-10賽季中，兩位小將受到主教練範加爾重用，成為一隊不可或缺的球員。賽季初的比賽中作為替補出場，9月12日對陣多特蒙德的比賽中獨中二元，三天之後在大勝以色列海法馬卡比的比賽中又射入兩球，以當月最佳球員的身份得到著名同姓球員蓋爾德·穆勒的稱讚。自此之後成為拜仁首發十一人中雷打不動的主力球員，僅因為在歐冠聯賽和波爾多的比賽中領到紅牌而缺陣一場。
託馬斯·穆勒出生在慕尼黑周邊的小鎮Pahl，2000年從當地的TSV Pahl轉入拜仁，在德國U19和U20各出場過一次，2007年的德國A級青年聯賽中出場26次打進18球，幫助球隊獲得亞軍。接下來的08-09賽季代表拜仁二隊參加德丙聯賽，32場15球確立了他關鍵先生的地位，在德丙射手榜中排名第五，並進入一隊大名單，在季前友誼賽中亮相。08年8月15日對陣漢堡的比賽是他首次在德甲聯賽出場，09年3月10日7-1大勝裡斯本競技的比賽中打入個人歐冠處子球。
2009年9月12日和多特蒙德的比賽，穆勒再次替補登場，這僅僅是他的第7場德甲比賽，而他也終於有所斬獲，本場比賽他獨中兩元，幫助拜仁5-1擊敗對手，不僅打入德甲處子球，還超額完成了任務。他也在賽後被媒體評為本場比賽的最佳球星，4天之後，他又在拜仁和海法馬卡比的歐冠比賽中再入兩球，幫助球隊3-0大勝。短短一個月時間，穆勒便完成了從克洛澤、戈麥斯、託尼和奧利奇之後的拜仁第五前鋒到拜仁VIP的轉變，其進步速度令人瞠目結舌。
在09-10賽季中，穆勒受到主教練範加爾重用，成為一隊不可或缺的球員。賽季初的比賽中作為替補出場，9月12日對陣多特蒙德的比賽中獨中二元，三天之後在大勝以色列海法馬卡比的比賽中又射入兩球，以當月最佳球員的身份得到著名同姓球員蓋爾德·穆勒的稱讚。自此之後成為拜仁首發十一人中雷打不動的主力球員，僅因為在歐冠聯賽和波爾多的比賽中領到紅牌而缺陣一場。在2010年5月1日德甲第33輪拜仁主場迎戰波鴻的比賽中，小將穆勒完成了自己在拜仁一隊的首個帽子戲法，最終幫助拜仁3：1擊敗波鴻，提前奪得德甲聯賽冠軍。這個賽季穆勒在德甲賽場攻入13粒進球和奉獻12次助攻，另外他還在杯賽和歐冠賽場分別攻入4球和2球。
2010/11賽季，世界盃金靴延續世界盃上火熱的狀態，12個聯賽進球4個杯賽進球和3個歐戰進球，年輕的託馬斯-穆勒正向他的前輩蓋德-穆勒一步步邁進。
2011/12賽季，穆勒在聯賽和歐冠中出場46次攻入9球，貢獻8個助攻。雖然在歐冠決賽中為拜仁首開紀錄，但是這不能說明他在這個賽季是出色的。總的來說，穆勒這個賽季是失敗的，9個進球僅僅是上賽季的一半，除此之外賽季中期長達17場的進球荒更是讓拜仁失去了一個強大的火力攻擊點，使得球隊在賽季前半段保持的聯賽積分優勢被多特逐漸蠶食。
1989年9月13日，在位於慕尼黑郊外40公裡的威爾海姆市誕生了一名嬰兒，他便是託馬斯-穆勒，從他出生的那天起，便被賦予了德國足壇的這一偉大姓氏——穆勒，人們也許不會想到，日後這名嬰兒將被看做是繼蓋德-穆勒之後最偉大的穆勒。
小穆勒很快便顯露出了在足球方面的天賦，很快在1993年，4歲的他便成為了威爾海姆的帕爾俱樂部一員，在這裡開始了自己的足球生涯，他也很快成為同齡人當中的佼佼者，而在帕爾的7年時間裡，穆勒也為日後的足球生涯打下了良好的基礎。
2000年，拜仁將還不滿11歲的穆勒從帕爾俱樂部帶到青訓營，對這名少年而言，這是他夢想成真的一天，在幾年後的一次採訪時，穆勒說道：「我早就是一名拜仁球迷，我一直都渴望為這支俱樂部效力。」由於穆勒的家鄉距離慕尼黑很近，他也把這座城市當作了自己的故鄉，在上個月的一次與球迷在線聊天的活動中，穆勒就坦言道：「我在慕尼黑已經待了10年，我對拜仁的感情不是那些只待了1、2年的球員可以相比的。」
然而拜仁青訓營並不如很多人想像的那般輕鬆，這裡走出過拉姆、小豬等佼佼者，但更多的是那些默默無聞的失敗者，就以穆勒為例，和他一道在2000年來到拜仁的球員，到了5年之後，留隊的只剩下包括穆勒在內的4名球員，可見青訓競爭之殘酷，但穆勒無疑是他們當中的幸運兒，當31歲的薩巴還在拜仁二隊踢球時，19歲的他便已經被提拔上了拜仁一隊，並深得主帥範加爾重用。他可以說是拜仁青訓營百裡挑一甚至千裡挑一的精英。
在拜仁青訓營的8年時光，對穆勒而言是緊張而充實的，除了每日的訓練之外，穆勒還完成了中學的學業，每周他都要坐火車往返於學校和訓練場之間，穆勒回憶道：「我們的教練要求我們不光要有強健的體魄，更要有睿智的頭腦。他甚至強調學業要放在訓練前面。」在穆勒的成長過程中，這段學習時光自然也給他留下了難忘的回憶和一生受用不盡的財富。
在青訓營期間，穆勒還得到了許多和大牌球星切磋的機會，他透露自己曾和巴拉克、馬凱這些球星在訓練場上對抗過，並且不落下風，這樣的出色表現也讓穆勒深得拜仁教練組器重，早在2008年夏天的一次專訪中，拜仁歷史上的傳奇球星蓋德穆勒就點名稱讚了和他同姓的這名小將的出色表現，看好他成為拜仁青訓營脫穎而出的球星，最終穆勒也沒有辜負前輩的希望，在一年之後便讓蓋德穆勒的期望變為了現實。
在拜仁青訓營嶄露頭角的穆勒也很快吸引了眾多德國勁旅的關注，慕尼黑1860和斯圖加特都曾派出球探考察穆勒，而2008/09賽季的黑馬球隊霍芬海姆更是付諸行動，在2008年年底，剛剛奪得德甲半程冠軍的霍芬海姆私下接觸穆勒，打算用一份豐厚的合同將其籤下，並且許諾給他比在拜仁多得多的出場機會。由於當時穆勒的合同將在2009年夏天到期，因此他只要接受這份合同，就能以自由身走人，等待他的將是德甲的誘惑和豐厚的收入。
但出人意料的是，穆勒乾脆的拒絕了霍芬海姆的提議，他表示自己更願意在拜仁證明自己，事後穆勒對《圖片報》說道：「霍芬海姆自然是一個不錯的選擇，但我在拜仁已經待了9年，這裡我感覺一切都很好，今後我還期待能夠在這裡獲得更多成就。」穆勒不光拒絕了對方，而且還將此事告知了經理赫內斯，後者立馬打電話將霍芬海姆的億萬富翁老闆霍普罵了個狗血噴頭。
不過穆勒也要感謝霍芬海姆，正是他們的求購，才讓拜仁意識到了自己隊中還有這樣的瑰寶，於是很快，穆勒便得到了一份為期2年、截止到2011年的新合同。而時任拜仁主帥的克林斯曼也被要求給穆勒更多的機會，可以說穆勒的職業生涯正是因此迎來了轉機。
2009年3月11日，註定是穆勒值得紀念的一天，拜仁在這一天和來訪的裡斯本競技進行歐冠八分之一決賽第二回合比賽，首回合5-0的比分讓晉級資格已經失去了懸念，但拜仁依舊在主場7-1橫掃對手，穆勒也迎來了自己的歐冠處子秀，他在最後時刻替補登場，結果很快便打入拜仁的最後一球，為球隊鎖定勝局。對一名新星而言，恐怕沒什麼比這更夢幻的開局了，很多球迷也就是從這個夜晚開始，記住了一位名叫託馬斯-穆勒的球星。
儘管2008/09賽季對拜仁而言是苦澀，但對穆勒而言卻是成功的一年，他得到了自己的第一份職業合同，打入了自己的第一粒正式比賽入球，而在2009年夏天，他又被提拔上拜仁一隊，成為了一線隊的正式一員。火箭般的躥升速度讓一切猶如夢幻，毫無疑問，穆勒是一個幸運兒，相比塞姆勒、施泰因霍費爾這些還沒來得及被拜仁球迷認識便黯然離開的青訓球星；相比華格納、格雷羅這些曇花一現的青訓球星；相比特洛肖夫斯基、米西莫維奇這些在一線隊得不到出場機會而不得不離開的青訓球星。穆勒得到了千載難逢的外部發展機遇和客觀條件，促成了他最終的騰飛。當然，機遇只會留給穆勒這樣有準備的人。
儘管在2009年夏天被上調拜仁一線隊，但穆勒清楚這不過只是一個開始，要真正在拜仁站穩腳跟，他還有很長的路要走。從一開始，穆勒就被定位為克洛澤、戈麥斯、託尼和奧利奇之後的拜仁第五前鋒，不少人都不看好他在激烈的鋒線競爭中勝出，但德甲5輪過後，克洛澤和託尼還在與傷病鬥爭，戈麥斯還飽受媒體爭議，穆勒卻不知不覺中躥升為拜仁風頭最勁的前鋒。
9月12日和多特蒙德的比賽，穆勒再次替補登場，這僅僅是他的第7場德甲比賽，而他也終於有所斬獲，本場比賽他獨中兩元，幫助拜仁5-1橫掃對手，不僅打入德甲處子球，還超額完成了任務。他也在賽後被媒體評為本場比賽的最佳球星，4天之後，他又在拜仁和海法馬卡比的歐冠比賽中再入兩球，幫助球隊3-0大勝。短短一個月時間，穆勒便完成了從第五前鋒到拜仁VIP的轉變，其進步速度令人瞠目結舌。
穆勒將他的成就歸功於主帥範加爾，正是荷蘭人的入主，才一改拜仁往日的保守作風，穆勒便是範加爾大膽起用年輕人的最佳範例，對比在希斯菲爾德和克林斯曼手下都沒有太多表現機會而不得不租借離隊的另一名天才託尼-克羅斯，穆勒無疑幸運的多，因為他擁有一位「不拘一格降人才」的主帥，還有在拜仁和多特比賽中打入一球的胡梅爾斯，這對曾經的拜仁青訓隊友，如今已經走上了完全不同的道路，看到穆勒的表現，或許胡梅爾斯和遠在勒沃庫森的克羅斯都會感慨自己生不逢時。
穆勒的職業生涯可以用一個「快」字來形容，從青年隊到二隊再到一隊，從替補到主力，從出場到進球，穆勒的速度都令人驚訝。而他的感情生活同樣進展神速。1年半前，穆勒認識了現在的女友麗莎，如今，兩人已經開始談婚論嫁，這恐怕是一個讓許多剛剛愛上這個可愛的拜仁大男孩的女球迷心碎的消息，但穆勒確實已經和麗莎訂婚了，只不過婚期還有待兩個人慢慢商量。
場外的穆勒也是愛好廣泛，賽馬、音樂、電影和遊泳都是他的興趣所在，這也養成了他樂觀開朗的性格。值得一提的是，穆勒的座右銘是一句中國古話——「千裡之行始於足下」，如今，穆勒在拜仁一隊的「千裡之行」便已經有了一個完美的開局，蓋德穆勒已經迫不及待的將這名剛度過自己20歲生日的小將欽點為自己的接班人，整個德國足壇都在等待一個偉大的「新穆勒傳奇」誕生。
在2010年5月1日德甲第33輪拜仁主場迎戰波鴻的比賽中，小將穆勒完成了自己在拜仁一隊的首個帽子戲法，最終幫助拜仁3：1擊敗波鴻，提前奪得德甲聯賽冠軍。
德國當地時間5月1日下午15點30分（北京時間1日晚21點30分），德甲第33輪拜仁慕尼黑迎戰波鴻的比賽在安聯球場舉行。最終拜仁憑藉小將穆勒的帽子戲法3比1戰勝對手，而在同時進行的另一場德甲聯賽中，沙爾克04主場0比2負於不萊梅，由於淨勝球的關係，事實上拜仁已經提前奪得本賽季德甲聯賽沙拉盤。 本場比賽是本賽季安聯球場的收官之戰，面對志在保級的波鴻，範加爾排出了全主力陣容。
解禁復出的隊長範博梅爾首發出場，與小豬施魏因斯泰格組成中路屏障。範比滕由於周中對陣裡昂的比賽中傷勢未愈，本場比賽只是出現在了替補陣容，他的位置由小將巴德施圖伯取代，孔滕託也因此獲得了出場機會。羅貝裡繼續聯袂首發，顯示了拜仁進攻的決心。鋒線上依舊是近來配合默契的奧利奇與T.穆勒。波鴻聯賽排名倒數第三，相比倒數第二的漢諾瓦僅剩淨勝球優勢，保級形勢不容樂觀，本場比賽客場對陣聯賽領頭羊拜仁慕尼黑，球隊排出532的防守陣容，只求守出一場平局。 比賽一開始，拜仁就發動猛攻。僅僅1分鐘，拜仁斷球成功發動反擊，小豬施魏因斯泰格頭球攻門偏出。
第5分鐘，奧利奇的射門被黑爾瓦根撲出。緊接著羅本開出角球，小穆勒再次錯失良機。第18分鐘，拜仁的猛攻收到效果，範博梅爾將球傳到右路，拉姆邊路突破後傳中，T.穆勒門前兩米處搶點破門，拜仁1比0取得領先！ 僅僅2分鐘後拜仁捲土重來，拉姆帶球右邊路突破到前場，接著將球分到左路裡貝裡，裡貝裡接球後直接傳中，又是小穆勒及時插上頭球攻門，2比0！此後拜仁攻勢不減，第25分鐘，裡貝裡又是一腳遠射，被波鴻門將黑爾瓦根撲出。第27分鐘，波鴻被迫作出換人調整，葉海亞出場替下孔卡。
第28分鐘，弗賴爾的遠射使布特終於覓得表現機會。33分鐘，馬裡奇的任意球被布特撲出。38分鐘，謝斯塔克接隊友門前回傳，胸部停球後射門偏出。43分鐘，拉姆一腳漂亮的遠射再次被發揮良好的波鴻門將黑爾瓦根撲出。 下半場開賽後拜仁繼續狂攻，48分鐘，奧利奇帶球突破。馬夫拉伊鏟球失敗被奧利奇突入禁區，幸好門將黑爾瓦根用腳將球擋出。54分鐘，穆勒錯過帽子戲法機會，裡貝裡一腳傳球撕開了美因茨防線直塞到穆勒腳下，可惜穆勒一腳勁射正中立柱。56分鐘，裡貝裡帶球連續突破到前場後將球傳給羅本，羅本傳中被黑爾瓦根沒收。
60分鐘波鴻再次作出調整，霍爾特比替下弗賴爾。61分鐘，奧利奇錯過了再次擴大比分的機會。羅本中場長傳到門前，奧利奇接球後一腳掃射，可惜偏出。 69分鐘，穆勒在禁區中接到範博梅爾的助攻，一腳冷靜射門穿過後衛直奔球門死角，黑爾瓦根撲救不及，3比0！穆勒完成了他本場比賽的帽子戲法。2分鐘之後，穆勒被克洛澤換下接受全場球迷的掌聲和歡呼。78分鐘，還沒放棄希望的波鴻繼續進攻，剛剛上場不久的霍爾特比一腳漂亮的遠射被布特奮力撲出。接著戈麥斯出場替下奧利奇。
80分鐘，拜仁大舉進攻到前場，戈麥斯一腳勁射正中門框，隨後克洛澤跟上補射打在後衛腿上被彈出，拜仁再次錯過良機。82分鐘，範博梅爾惡意踩踏對手領到黃牌。83分鐘，季莫舒克出場替下施魏因斯泰格。2分鐘後，波鴻終於取得進球，富克斯一腳漂亮的世界波穿越了布特的十指關，為球隊挽回顏面。87分鐘，出場不久的季莫舒克一腳漂亮的傳球直塞到禁區，可惜搶點的德米凱利斯慢了一步，皮球被黑爾瓦根得到。隨後雙方都沒有再進球，拜仁慕尼黑最終主場3比1戰勝對手。而在同時進行的另一場比賽中，沙爾克主場0比2負於不萊梅，由於淨勝球的關係，事實上拜仁已經提前奪冠。