此真言是《早晚課誦集》中十小咒之一，出自《藥師琉璃光如來本願功德經》。常常念誦此咒，可以健康長壽，臨終時可以往生淨土琉璃世界，或者由八大菩薩護送到西方極樂世界。
真言原文：
南謨薄伽伐帝。鞞殺社。窶嚕薛琉璃。
缽喇婆。喝囉闍也。怛他揭多也。
阿囉喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。
唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝莎訶。
藥師灌頂真言注音：
nā mó bó qié fá dì。pí shā shè。jù lǔ bì liú lí。
bō lá pó。hé là shé yě。dá tuō jiē duō yě。
ā là hē dì。sān miǎo sān bó tuó yě。dá zhí tuō。
ōng。pí shā shì。pí shā shì。pí shā shè。sān mó jiē dì suō hē。
發音註解：
南謨：讀作（nā那 mó摩），或讀（ná拿 mó摩）（今人讀此音居多），是「南無」的不同音譯詞。
薄：讀音為（bó伯）。
鞞：有三種讀法：（pí皮）、（bǐ比）、（bǐng丙）。這裡念（pí皮）比較合適。因鞞通毗，「鞞殺社」，也譯成「毗煞社」；「阿鞞跋致」，也譯成「阿毗跋致」；「鞞嚧社那」，也譯成「毗盧舍那」。（見《佛學大辭典》。）
窶：讀作（jù巨）。
薛：讀（bì畢）。
喇：古讀（là辣），見《康熙字典》、《中華大字典》：音辣。今讀（lǎ）（lā）（lá）。
喝囉闍也：此句中的「喝」，應讀成（hé合），古音「合」。
阿囉喝帝：此句中的「喝」，通「訶」，所以應該讀作（hē訶）。
囉：各地多讀成（là辣），此字與喇通假。
闍：讀作（shé蛇）。
怛（dá答）他（tuō拖）揭多也。
怛（dá答）侄（zhí直）他（tuō拖）。
唵：讀（ōng嗡）或讀（ǎn俺）。藏語系佛教讀（ōng嗡）音，漢語系佛教多讀（ǎn俺）音。
三沒（mó古音模）揭帝莎（suō通娑）訶。
功德簡介：
此咒有大威德，若能念誦藥師真言，即可消除病苦，延年益壽。如言：「曼殊師利！若見男子女人有病苦者，應當一心，為彼病人，常清淨澡漱，或食，或藥，或無蟲水。咒一百遍，與彼服食，所有病苦悉皆消滅。若有所求，志心念誦，皆得如是，無病延年。命終之後，生彼世界，得不退轉，乃至菩提」。此言於此真言若自誦，若教人誦，皆得消災獲福者也。
「藥師灌頂真言」治理眾生，使得消災免難、去病卻苦。修持讀頌能拔一切業障、護持身心安康、得無量福慧。
由於藥師如來的弘深誓願，無盡功德，一方面促使眾生早成佛道，另一方面也能滿足眾生現世的安樂和福報。清朝的玉琳國師一讀《藥師經》，便額手失聲，願人人入如來的願海。國師的《藥師經》題語說：「予見世人順境淪溺者不一，富貴可畏甚於貧賤。今此如來，使人所求如願，遂從此永不退道，直至菩提。則欲於王臣長者，一切人中，作同事攝，不乘如來願航，何從濟乎？」
又說：「若於現前富貴功名，未能志清，男女飲食之欲，未知深厭，則於往生法門，未易生信。即信矣，身修淨土，而心戀娑婆，果何益乎？則求其不離欲鉤，而成佛智，處於順境，不致淪胥者，固無如修持藥師願海者之殊勝難思也。若能信行，久久不懈，知不獨富貴功名，轉女成男，難危迪吉，如如意珠，隨願成就。即得於一切成就處，直至菩提，永不退轉，何幸如之！人間亦有揚州鶴，但泛如來功德船。」