臺灣清華大學，前身為1911年在北京設立的清華學堂。1925年設大學部。對日抗戰期間，西遷至雲南昆明，與國立北京大學、私立南開大學合組國立西南聯合大學。國共內戰後，清華大學被分成兩個，北京的清華大學由中華人民共和國政府接管，而臺灣當局則於1955年於臺灣省新竹市讓清華大學復校，復校之初首設原子科學研究所，1964年恢復大學部。與北京的清華大學一脈同宗，近年來交往也算密切。
臺灣大學，臺灣名義上最好的大學，首任校長傅斯年為了這所大學付出了大量心血，以至於死在任上。現在的臺大國際化視野強，學生留美出國深造率非常高。
國立交通大學，與國內幾所交通大學（北京交通大學，上海交通大學，西安交通大學，重慶交通大學）等出自同源，現在實力不俗。
中國醫藥大學，是一所醫藥專門大學，以發揚中國傳統醫學、促進中西醫學一元化為宗旨。學校原名為「中國醫藥學院」，創辦於1958年；2003年8月改制為「中國醫藥大學」。該校特色為中國傳統醫學教學，在長庚大學設立中醫學系前，曾是臺灣地區唯一設立中醫學系的大專院校。
陽明大學，前身為「國立」陽明醫學院，位於臺灣省臺北市北投區，創始於1975年。創校宗旨即秉持校訓「真知力行、仁心仁術」之精神，培養深具愛心的優秀醫生下鄉服務，以解決偏遠地區之醫療問題。陽明大學在2014年初，英國高等教育調查機構QS公布全球建校未達50年的前50名潛力大學排行榜，陽明大學排名第30名，為臺灣唯一進榜的大學。
成功大學，為中國臺灣南部的頂尖綜合性研究型大學，有「北臺大、南成大」之美譽，為世界大學聯盟成員 。是分享「邁向頂尖大學計劃」5年500億補助的研究型大學，已發展為學科規模全臺第2名的綜合大學。臺灣地區著名的綜合性研究型大學，臺灣四所老牌「國立」大學（臺成清交）之一，臺灣綜合大學系統成員之一。在亞洲高校綜合排名上僅次於臺灣大學，位列全臺第二。
成功大學
中央大學，民國時期的中央大學曾是亞洲實力最為強大的大學之一，後來遷到臺灣，實力有所減弱，但是仍然在臺灣地區很有實力。
中央大學景色
簡稱臺科大（NTUST），位於中國臺灣省臺北市，為邁向頂尖大學計劃，發展典範科技大學計劃，國立臺灣大學系統重要成員，並獲AACSB和EQUIS雙重認證，是一所亞洲頂尖、國際知名的研究型大學。該校以培養高科技工程與管理人才為主、人文及社會科學並重，尤以商科和工科見長。
國立中山大學，其前身為孫中山於1924年創辦的國立廣東大學、國立第一中山大學（與今廣州中山大學系出同源），1924年在廣州與黃埔軍校一同創校。後因兩岸分治，1980年由前臺灣地區領導人蔣經國首肯，時任行政主管部門負責人李煥親自籌辦而正式在臺復校。內地的中山大學實力同樣非常強勁。
創校25年以來，該校在教學、研究等各方面皆已有卓越的表現。在臺灣教育部門歷年的校務評鑑中，該校均被評為「辦學績優大學」。近年來校外專業機構的統計顯示，該校的總體研究表現已列名在臺灣省內大學的前五名。在數項國際大學的評比中，該校2012年獲評為近入世界大學前400大，在島內僅次於臺大、成大、交大及清大等歷史悠久的國立大學，排名第五。