1584到1598年，是費奧多爾統治時期，他是伊凡四世的大兒子，父子性格差異很大，新沙皇為人和善並信任幕僚重臣，俄羅斯渡過了一段相對平靜的時光。
圖 38：鮑裡斯-費奧多洛維奇-戈東諾夫
此時期影響歷史的一位貴族得到費奧多爾的信任，他叫鮑裡斯·戈東諾夫。在他的努力下，1589年俄羅斯被東正教會允許設立牧首，牧首是東正教的最高神職。鮑裡斯·戈東諾夫的朋友約伯總主教成為莫斯科的首位牧首。通過冊立大量新的總主教、大主教和主教，俄羅斯的教會組織得到擴大。
波蘭國王斯捷潘·巴託雷於1586年去世，波蘭對莫斯科的壓力驟減，費奧多爾還去參加了波蘭王位競選，但未成功。由于波蘭在西線的退出，沙俄對瑞典的戰爭取得了勝利，直到1595年芬蘭歸還了原來被割讓出去的土地。1586年，東正教國家喬治亞被穆斯林國家騷擾，要求歸順沙俄得到保護，因為喬治亞與沙俄距離很遠，這種保護實際上是扯虎皮當大旗的事情。
1591年，9歲的德米特裡公爵在自己家裡被割喉殺死，而德米特裡恰巧是沙皇家族裡除了菲奧多爾外唯一的男性。宮廷非常重視這個事情，組建了由瓦西裡·舒伊斯基公爵為首的調查團負責查清事情原委。可最後官方發布的結果是，德米特裡因為癲癇發作時手上正玩著刀子，自己殺死了自己。這個定論很沒有說服力，但是官方就是官方，在找不到更為合適的原因時只能結案了。很多歷史學家都認為德米特裡是被鮑裡斯·戈東諾夫僱兇謀殺的，黑化的戈東諾夫被編進俄羅斯的歌劇戲劇中至今不能洗清白。
鮑裡斯·戈東諾夫確實沒有殺害德米特裡，理由不夠充分，俄羅斯的法規是這樣規定的：只有前三任妻子生的兒子才能成為合法的繼承人，而德米特裡是伊凡四世第七任妻子所生。此時菲奧多爾才30多歲，可以生出很多合法的繼承人。懷疑論的說法是：戈東諾夫先殺掉德米特裡再除掉菲奧多爾，導致沙俄沒有合法繼承人，然後自己順理上位，這純屬無稽之談。
黑化戈東諾夫是有原因的，作為俄羅斯第一權臣，他卻擁有韃靼人血統，並且是個文盲不認識字，他善於玩弄宮廷權術和外交，利用一切機會接近沙皇，還娶了沙皇的妹妹伊琳娜。在1588年前後成了俄國實權者，他建立了另一個宮廷處理政務架空沙皇。因為菲奧多爾沒有子嗣，所以在1598年他去世以後，戈東諾夫已經成為真正意義上的沙皇，篡位成功。
從結果來看，好像殺害小德米特裡是預謀中的一部分，但是在這個因果關係中，關鍵點是戈東諾夫不可能預知在未來9年多的時間裡，菲奧多爾居然沒有繁衍出一個子嗣，而正常的大概率事件是菲奧多爾會有很多的孩子，所以戈東諾夫提前用這個釜底抽薪的方法是不符合邏輯的。
動蕩時期從1598年鮑裡斯·戈東諾夫繼承俄羅斯皇位開始，到1613年米哈伊爾被選為沙皇，建立了羅曼諾夫王朝為止，這是俄羅斯非常混亂的一段歷史，所以被稱為「動蕩時期」。這一時期大概能劃分成三個階段：王朝階段、社會階段和民族階段。
王朝階段的主要問題是沙皇家族沒有自然的皇位繼承人，俄羅斯出現了眾多奪權勢力。社會階段的問題是，整個俄羅斯趨於解體狀態，國家出現了深層的分裂危機。民族階段的問題主要是俄羅斯西北部邊境線上與波蘭、瑞典的衝突，這兩個國家都要趁火打劫。
伊凡四世耗盡國力在波羅的海打了一場敗仗，歷史的規律是誰都無法改變的，大規模的戰爭帶來的後續傷害時間是戰爭時間的五倍以上，戰敗方則要承受更長時間的傷害。菲奧多爾統治時沒有完成自我修復，雖然他態度溫和，但沒有子嗣成為動蕩的導火索，經濟衰退是宏觀的背景原因。
在動蕩時期，俄羅斯的統治者要保衛自己的領土，抵擋來自西北部的威脅，財富和戰士是急缺的。所有符合條件的人都要參軍，結果很多小地主和蒙古人都進入了俄羅斯的體制內通過軍事途徑成為服役的小貴族。後果是農民地位的惡化，農民要在服役貴族的莊園裡幹活，服役貴族的日漸強大意味著土地和農民通過封地制度落入到他們手中，貴族地主把國家賦役轉加給農民，很多農民逃跑離開這塊土地。
伊凡四世專制導致了封建諸侯的迅速消失，迅速的勝利也留有後遺症，就是原來的社會框架沒有新的東西補充進去，而專制形成的社會框架在短期內無法完善，這是社會動蕩的原因之一。鮑裡斯·戈東諾夫死後波雅爾失去有效的控制，爭權奪利的高層鬥爭也是導致動蕩的一個因素。
俄羅斯徵服了東南方的喀山汗國和阿斯特拉罕汗國，政府最初鼓勵向此地移民，但是移民會讓原來貴族奴役的農民人口流失，影響了服役貴族的利益。權衡之下，莫斯科當局選擇了傾向貴族的政策，在1580年左右禁止農民移民。農民失去人身自由之後，就可以確切的定義為「農奴」。俄羅斯試圖控制教會的土地，禁止貴族把土地轉讓給教會，反之教會可以把土地賣給貴族。小土地私有制和農奴體制完全確立，這是政府向貴族妥協的結果。
沉重的經濟壓迫和人權喪失使農民們不斷的逃往邊境地區，一些逃亡農民成了哥薩克，「哥薩克」指的是在邊境和政府管制力弱的地區生存的好戰並且有冒險精神軍事組織。他們對莫斯科的充滿仇恨並根植在廣大民眾之間，哥薩克成了俄羅斯「動蕩時期」的不定期爆發的炸彈。
圖 39：哥薩克騎兵