去日本旅行總是開心的，最頭疼的問題除了語言，應該就是交通了。繁忙且複雜的日本境內交通，稍不留神就讓人束手無策。作為一個剛剛去日本旅遊回來的半鐵路迷，來試著用通俗的方法，從「怎麼坐電車」的角度來說說日本境內交通。
日本的境內交通方式裡，毫無疑問「電車」是絕對的主流，這從其他的回答裡已經默認了「境內交通」=「電車」可以證明。但是日本這個所謂的「電車」好像比較複雜，以下有三個場景是常會在日本遇到的，後面會一一解答這三個問題。
場景一：
聽別人說在東京都要坐地鐵山手線，拿著地鐵一日票想要過山手線的閘機 —— 啊，怎麼退出來了？這時站務過來嘰哩咕嚕嘰哩咕嚕地念叨了一大堆，暈了。
場景二：
在東京機場上了一趟好象是開往市中心的火車，坐了一會，誒？怎麼進地下了？誒，怎麼變成東京都營地鐵了！？
場景三：
只知道是要坐中央線，到底哪個是中央線。。。
乍眼一看，好像確實相當複雜。其實認清日本的鐵路系統之後，就會發現不僅一點都不複雜，而且還相當有趣。
「電車」到底是什麼？
中日軌道交通裡的名稱和叫法的區別其實就是造成那麼多誤解的根本原因。
在中國和很多其他地區，一般對軌道交通的認識是這樣的：
有一種東西叫火車，是鐵路局（現在叫鐵路總公司）運營的，運量大，火車長，跑好遠好遠，現在出了一個高速版本叫高鐵。
有一種東西叫地鐵，通常是市政府下屬公司運營的，運量相比火車要小，只在市內範圍跑，必須站站停。
有一種東西叫「電車」（？），分為有軌和無軌的，運量要更小，接近公交車的運行形態。
還有一種東西叫輕軌，輕鐵，接近地鐵和電車。
然而在日本，並沒有那麼多的區分，所有的這些東西，在日本都籠統地叫「電車」
其實也很好理解，因為電動列車本來就沒有那麼多區分——都是跑在軌道上，都是一樣的坐，為什麼硬要割裂開來呢？
東京地下鐵日比谷線的標識：「電車」來了
所以在日本，往往講「坐電車」其實就是講「坐軌道交通」（除了新幹線，即中國的高鐵，通常會說「坐新幹線」，但新幹線依然是「電車」），所以一般還要講出具體的線路或者公司，才好分辨談話人是要做什麼——是坐到相鄰的城市了呢，還是回在郊區的公寓了呢，又或是到商店街買東西了呢。然而在中國，往往「坐地鐵」和「坐火車」所隱含的意義，是不一樣的。
東京站，新幹線（高鐵）月臺的標識：接下來發車的「電車」
日本境內有大大小小數十個運營鐵路運輸的公司。因為沒有割裂不同運行形態的列車，所以事實上一個公司既可以有「火車」，又可以有「地鐵」。為了便於理解，可以把這些公司籠統地分為以下三種：
JR - Japan Railway，對應中國的「國鐵」，「火車」
地下鐵， 對應中國的「地鐵」
私鐵- 對應中國的...？？
JR - Japan Railway
JR，很簡單，就是國鐵嘛。一開始是一個大的國營機構，後面拆分成六個公司，分別負責日本一部分地域的原國有鐵道：
然而，不像中國國鐵的是，很多JR的線路是負責市內通勤的，比如情景一中的山手線——放在中國是會被妥妥地叫「地鐵」的，因為它的站點都是在東京核心區內，而且是站站停：（山手線的代表色是草綠色）。
然而，這種線路卻是由「國鐵」來運營的。具體地說，是JR東日本公司。JR東日本運營的市內/近郊通勤線路不僅有山手線，還有中央線、總武線、琦京線、京濱東北線等等（要注意的是，這些線路上有著較為複雜的運行系統，往往不是站站停。）。其他的JR公司也有類似的「地鐵」線路，例如JR西日本的大阪環狀線。
當然，作為「國鐵」，JR負責了大多數的跨市普通線路（日語漢字為「在來線」，在新幹線（高鐵）前就有的鐵路線）以及全部的新幹線的運營。比如連接東京和大阪的日本大動脈——東海道新幹線就是由JR東海來運營的。在來線的話，例子有JR東日本的常磐線（從東京日暮裡站到宮城縣巖沼市的巖沼站，350.4km，在東日本大地震中部分被毀）、東北本線（從東京站到巖手縣盛岡市的盛岡站，535.3km）。
然而有趣的是，這些跨城線的近郊部分往往也被當作近郊通勤線路，因為他們的站點有相當一部分都在東京的近郊或者臨近的城市，所以也會看到直到夜裡10點常磐線的普通列車還是擠滿上班族。
地下鐵
這個就簡單了，就是地鐵嘛。往往都是站站停，通常會極大地舒緩旅行時害怕坐錯車的心情（當然，絕大部分時候也都在地下跑）。
看上去很複雜，然而其實只有地鐵而已
然而，東京地鐵有個特殊的情況——地鐵的運營是有兩家公司的，而且線路不互通！
其中一家叫做「東京地下鐵」 (Tokyo Metro)，是私營公司，另一家叫做「都營地下鐵」 (Toei Subway)，是東京都政府運營的。
因為不互通，所以在購買單程票的時候，如果需要跨公司坐車——例如，從淺草線在新橋換乘銀座線，需要付兩家公司各自的運費：
如果在一個公司的系統內，就像國內一樣只要付一家公司的錢即可：
所以，也經常有買了一家公司發行的一日券，想要坐另一家公司的線路的時候被站務嘰哩咕嚕的事情發生。（現在有兩家公司通行的一日券）。除此之外，兩家公司之間的換乘也較複雜，通常需要出站換乘。
看到這裡想必你也明白了，很多人對「東京地鐵」這個名詞有著嚴重的誤解，以為所有在東京內、以市內短途通勤為目的（也有人認為「在地下跑」是重要的標準）的電車，統統都是「東京地鐵」。這是非常不準確的。
私鐵
顧名思義，私人運營的線路。跟JR一樣，線路可長可短，有服務近郊通勤的，比如京急電鐵（其實，也沒有很近郊，都到橫須賀了... 像西方城市一樣，日本的城市周圍是一大圈低密度住宅，鐵路會方便這些人來往市中心的通勤，京急線比較符合這個概念）。
也有運營長距離路線的，比如可以前往中國遊客偏愛的箱根溫泉的小田急電鐵，關西的京阪電鐵（連接京都和大阪）等。但其實，絕大部分公司的線路都是既服務通勤族，也服務跨市旅客（就像JR一樣）。
了解了不同公司的區別之後，就可以很輕鬆地理解以下事實：
地鐵一日券不能坐山手線，以及JR Pass不能坐地鐵
不同公司的列車換乘需要出站換乘，即使站名相同。特別是新宿這個迷宮，數一數有多少條線路。
日本鐵路的獨特玩法：「直通」。
直通又是個什麼玩意呢？其實很簡單，一趟列車開完自己的線路之後，繼續開進另一條線路，後者有可能是本公司的也可能是跨公司的。為什麼可以這樣玩？因為鐵路本來就是一樣的鐵路啊。只要軌距相同、受電種類兼容、列車屬性符合、信號系統兼容等技術條件符合（也不是很容易嘛），把兩條線的線路聯通在一起，就可以讓車直接開進去。當然，對於所有其他國家的遊客來說，這都是非常容易造成混亂的。
場景二中的都營淺草線就是一個獨特的例子，因為它最常被遊客利用（和它直通的京急和京成分別連接著東京的兩大機場），而直通系統又非常複雜，所以經常會造成麻煩。
可以看見，都營（相信你現在知道這是什麼意思了）淺草線的本體只有20個站而已，然而在押上它與京成電鐵的押上線連接，京成本線（主線）和成田Sky Access快線的列車，可以直接開進地鐵淺草線；在泉嶽寺它與京急電鐵連接，使得從橫須賀和羽田機場來的電車，可以直接開進地鐵淺草線。事實上，這兩家私鐵開進淺草線的大多數列車，都是從自家線開進淺草線當地鐵，然後開進對方公司的線路的！
都營淺草線內經由京急線開往羽田機場的Airport快速特急，車卻是京成電鐵的。
也就是說，只要你坐準了班次，往往就可以在不換乘的情況下輕鬆地到達自己的目的地。最後說一句，這種運營模式，雖然某程度上很方便，然而也帶來很多排表的麻煩——如果一個公司的車延誤了，整個系統的時刻表都會亂掉。
票券
這也是對日本自助遊出行者來說比較複雜的部分，也可以簡單地分成三種：
IC卡，包括西瓜卡/Suica, PASMO, ICOCA
很簡單，就是中國的車卡，用法一模一樣的。現在來說，雖然全日本的IC卡發行商有很多（JR集團裡有5個公司都有自己的卡，私鐵有私鐵的卡），但是遊客能接觸到的主流的卡，已經基本全部互通了，也就是說，你在JR東日本售票機買的Suica（也叫西瓜卡），不僅僅可以用在JR東的線路上面，也可以刷私鐵，地鐵，甚至刷大阪的JR西，大阪的地鐵，京都的巴士，etc。因此，也有人說在日本旅行根本不用計較什麼一日券，「只要買Suica刷刷刷就行了」。
其中較為常見的是：
Suica，JR東日本發售，在訪日旅客中最出名，吉祥物小企鵝十分可愛
PASMO，東京的地鐵、私鐵聯合發售，小粉紅的外觀十分可愛
ICOCA，JR西日本發售
PiTaPa，關西的私鐵、巴士聯合發售
需要留意的是這些車卡就像香港的八達通一樣，具有電子錢包的作用。不僅JR站內的coin locker可以刷，很多自動販賣機和商店也可以刷，很多時候可以省掉零錢找零的麻煩。通常情況下，還是建議各位訪日旅客去售票機買一張，因為你的通票和一日券再多，也總有不能包括的、意外的行程。
紙票
也很簡單，跟中國一樣，就是去售票機按自己想去的地方，投錢，拿票，走人。市內的普通通勤的話，完全可以被IC卡替代（而且還通常會有折扣，雖然很微弱），然而有一種情況下紙票是必要的，就是在乘坐特急/新幹線等高等列車的時候，需要購買額外的特急券的場合。
這就涉及到這個「額外特急費」的概念了。簡單地說，日本的鐵路有一個「基本運費」，是按距離算的。但很顯然，高鐵的運行成本不可能跟普通列車一樣，甚至特急也因為更快、停站更少，所以需要更高的票價去彌補相對應的損失。這個和基本運費的差額，就是由「特急券」來補上的。
一般來說，刷IC卡/普通單程票所支付的價格就是基本運費。所以，要麼就是刷卡進站+特急券，要麼就是插普通票進站+特急券。如果是從站外直接進入特急/新幹線區域的閘機，往往會要求兩張票一起進閘機。如果用IC卡刷進站然後就去坐了需要特急券的特急列車，那麼是會被要求補票的。通常特急券可以在自動售票機買到，同時各家公司也都有自己的人工售票窗口。JR的話，就是俗稱的「綠色窗口」。
除此之外，如果需要指定座位（「指定席」），那麼需要購買的就是「特急/新幹線指定券」，會比普通的自由席」特急券「要更貴一些。就我所知，這種票需要去對應的票務窗口人工劃位。
一日券/各類通票
也很簡單，跟國內的一模一樣。一日券就是某個範圍內一天隨便坐。通常，這些票會省到處走動的遊客一些錢，然而需要注意的是，這些券和通票往往都有其限制。首先，購買資格和方式就有一定的限制，其次，乘坐資格往往也會有限制，不僅不同公司的通票都很難會共通，甚至有些通票還有對列車種類/地域範圍/線路的規定。最後，通票大多較一張單程車票貴上許多。所以一定要規劃好自己的行程再決定購不購買通票和購買什麼通票。（規劃好了的話，會省非常非常多）
比如上面所說的，遊客裡最出名的JR Pass（JR週遊券）可以賦予你任意乘坐全國JR六個公司的任意普通列車（即不需要特急券的列車，包括一般的快速、特快、急行）、特急列車/新幹線的自由席的便利，而且劃特急/新幹線的指定席也都全部免費，是只有外國短期旅行者才能享受的極優惠通票。也因此，只有先在國外以證件預訂，然後再在日本出示有對應的名字的外國護照才能兌換這張通票。
真的所有人都需要通票嗎？
其實不是的。如果你的行程只在東京呆著，不包括長距離的鐵路移動，那即使全部刷Suica，也根本不會達到JR Pass的價格（7日普通車版29110日元），這種情況下選JR Pass必定是虧大本。相反，你可以選擇JR 23區一日券、Tokyo Subway一/二/三日券（兩個公司的線路都可乘坐！）這些更加合適的票券。
選不選擇JR Pass的一個簡單判斷依據就是：你是否要坐新幹線來回東京和大阪？如果是，那麼東海道新幹線的來回指定席票價已經28500日元了，顯然JR Pass是划算的。除此之外，就需要用一些火車路線查詢網站來計算花銷看是否划算了。
除去JR Pass這張全國版的通票，還有JR各個公司自己出的通票，比如JR西的JR West Pass，JR東的JR East Pass, JR East Kanto Pass等等，分別在各自管區的一定範圍有效。
親測三張好用的票券
東京三日券（Tokyo Subway Ticket）
在東京，作者親測好用的是3-Day Ticket，平均每天500日元（3趟地鐵就超過了），兩個公司的線路隨便坐，相當超值。
大阪的大阪週遊Pass
分為一日券和兩日券。都可以在有效時間內免費去30多個大阪市內熱門景點，比如梅田空中花園展望臺，通天閣，大阪城天守閣，大阪歷史博物館，HEP Five摩天輪，還有兩家溫泉（！）。除此之外，還可以免費任意坐大阪地下鐵和（僅限一日券）一些常見私鐵的近郊線路（要知道在關西近郊通勤，JR和地鐵的戰鬥力是很弱的），只要稍微規劃得當，是非常划算的。
京都的Bus一日票
一張500日元，3趟巴士就回本。在京都，鐵路的存在感很弱（就像東京的巴士的存在感一樣），出行基本上是坐巴士最方便，所以這張一日券基本上是遊客必備（怎麼也能坐到三趟吧）。需要注意的是這張卡只在均一區間內有效——有點像中國的「市區範圍」，超出範圍是需要額外付款的。建議使用前先查查要取得地方是否超過範圍。但基本上，熱門的景點都在範圍內，包括金、銀閣寺，清水寺，二條城等。
種別
這是個人覺得日本鐵路最有意思的地方。
其實也很簡單，就像是中國國鐵的普快，K，T，Z，D，G字頭列車的區別——有些停站少，有些多，有些車好有些差，有些需要經常讓優等列車，等等。然而，在日本，幾乎每一條非地鐵的線路都有種別區別，甚至有些地鐵也有快慢車！
基本上，列車種別的叫法有以下這些：
可以總結成以下幾種：
普通/各停（各站停車）
快速，急行，特急（特別急行）
越往後的越優等。
現在回顧場景三，其實是很好理解了：都是中央線，只是列車等級不一樣而已。最慢的是直通，中央線和總武線的中央·總武線各站停車（黃色）；其次是中央線（快速），會有快速列車和特快（特別快速）使用這個月臺（橙色）；最快的是中央本線（特急），會有跨城市的遠距離特急列車停靠。
黃色的東西大動脈列車——中央·總武線各站停車，旁邊的橙色列車即中央線（快速）的列車
中央線（快速）中的優等列車——中央特快
行走在中央本線的遠距離特急列車——「超級『梓』」號，在中央線範圍內只停八王子站
接下來，讓我們回到都營淺草線這條奇怪的地鐵線路。上文所述的「Airport快速特急」列車，就是少數在地鐵線內不各停的優等列車（另一個例子是都營新宿線）：
可見從泉嶽寺到押上這段路程裡，「Air快」（日語暱稱「エ快」）會比普通列車節省4分鐘。這種列車在京成和京急線內都是高等級的列車，是聯通成田機場和羽田機場的快速通道。（然而，班次也較少，需要掐表乘坐。好處是這種列車雖然叫「快特」，但不需要額外購買特急券）
如何規划行程
經過上面的敘述，相信已經對日本的電車系統有一定的認識了。接下來就是具體的行程規劃時需要用到的頁面：
線路規劃網站/App，所謂的換案內，就是你輸進去起點終點和時間，會告訴你坐什麼車的工具。網頁版推薦：Jorudan；手機App推薦：換案內。
Google Maps：要用到上面的網站，往往有時候需要知道最近的車站是什麼
Google：除去這些大的站點，還有數量繁多的背包客個人blog和旅遊站點，有時候也許需要從這些人手中得到一手的信息。
最後，希望這篇答案能夠幫到被日本複雜的軌道交通系統所困惑的自助旅遊者們，也算是我對分享了自己的心得的「前輩」旅遊者們的傳承。