1979年，宮崎駿首次執導動畫長片《卡裡奧斯特羅之城》。這是《魯邦三世》系列動畫電影第二部作品。在影片中，卡裡奧斯特羅是一個位於歐洲人口只有3500人的小國家，卻是世界上最逼真的偽鈔的發源地。魯邦和夥伴旅行至此，恰巧遇見正被一夥暴徒追趕的美麗少女克拉麗斯。魯邦出手相救，卻從少女遺留下的戒指上若有所悟。多年前，魯邦曾來此尋找過山羊之鈔的下落，並在此結識還是孩童的克拉麗斯及其身為大公的父親。如今物是人...
1983年，宮崎駿首次執導電影動畫《風之谷》，一人擔任導演、腳本、分鏡表的全部工作。《風之谷》改編於宮崎駿的同名漫畫。影片講述千年前世界的產業文明達致巔峰後，經歷一場稱為「火之七日」的戰爭而毀於一旦。世界被一種由菌類構成，名叫腐海的新生態體系所掩蓋，只有巨型昆蟲能夠適應其中，而人類們生活在僅存的小面積土地上，在面對巨型昆蟲和會釋放瘴氣的腐海森林包圍威脅下積極求存的故事。宮崎駿通過影片鮮明地表達了兩...
1986年，動畫電影《天空之城》上映。宮崎駿擔任原作、監督、腳本設計、角色設定及導演。該片講述的是主人公少女希達和少年巴魯以及海盜、軍隊、穆斯卡等尋找天空之城拉普達的歷險記。古老帝國拉比達是一座漂浮在空中的巨大的機器島，傳說那裡已經無人居住，蘊藏著巨大的財富。因此，無論軍方還是海盜，都在找尋著這座傳說中的飛行島。該片主題曲《伴隨著你》由音樂家久石讓作曲，被改編成多種版本，成為流傳的影視名曲。
1988年，宮崎執導的動畫電影《龍貓》放映。後吉卜力工作室將工作室logo以該片中的登場角色龍貓來設計。電影講述小月的母親生病住院，父親帶著她與四歲的妹妹小梅到鄉間的居住。她們對那裡的環境都感到十分新奇，也發現了很多有趣的事情。她們遇到了很多小精靈，還與一隻大大胖胖的龍貓成為了朋友。龍貓與小精靈們利用他們的神奇力量，為小月與妹妹帶來了很多神奇的景觀。在宮崎駿神來之筆的點綴下，龍貓可以當軟床睡，當魔...
1989年，宮崎駿首次挑戰少女成長題材的動畫電影《魔女宅急便》。該片是是吉卜力工作室以角野榮子的同名小說為藍本改編的動畫電影，也是首部由吉卜力工作室與華特迪士尼公司合作發行的動畫電影。電影講述魔法少女琪琪的13歲離家修行故事。她帶著黑貓吉吉來到一個靠海的大城市中，可是誰都不搭理她。沮喪的琪琪偶然替別人送去一件遺失品，從而獲得了麵包店老闆娘的好感。在她的幫助下，琪琪利用自己的飛行魔法開始了快遞業務。
1992年，宮崎駿執導的動畫電影《紅豬》公映。影片改編自宮崎駿漫畫作品《飛行艇時代》。影片講述亞得裡亞海上的一個小島中住著一位專門打擊空賊集團、面孔為豬的飛行好手波魯克，而波魯克在故事中間被空賊集團從美國請來的打手卡地士擊敗，事後波魯克在修理飛機時認識了機廠老闆孫女菲奧，並最後與卡地士再度一決勝負。
1997年，宮崎駿執導動畫電影《幽靈公主》。《幽靈公主》的背景設定在日本的室町時代，這是中古時代進入近代的一段轉變期，徵夷大將軍的權勢大幅的衰弱。電影講述為了拯救危難中的村民，阿斯達卡的右手中了兇煞神的詛咒，只好離開親人往西方流浪以尋找解除詛咒的方法的故事。電影從人與自然之間無從化解的天然矛盾出發，通過人類自身的生存角度，探尋人類與自然是否能夠真正實現和諧共存這一終極命題。
2001年，蟄伏了4年的宮崎駿執導的動畫電影《千與千尋》上映。電影講述10歲的少女千尋與父母一起從都市搬家到了鄉下。沒想到在搬家的途中，一家人發生了意外。他們進入了湯屋老闆魔女控制的奇特世界——在那裡不勞動的人將會被變成動物。千尋的爸爸媽媽因貪吃變成了豬，千尋為了救爸爸媽媽經歷了很多磨難，在期間她遇見了白龍，一個既聰明又冷酷的少年，在經歷了很多事情之後，千尋最後救出了爸爸媽媽，拯救了白龍。 該片拿...
2004年，宮崎駿執導的動畫電影《哈爾的移動城堡》上映。該片改編自英國的兒童小說家黛安娜·W·瓊斯的《魔法師哈威爾與火之惡魔》。該片以戰爭前夜為背景，描述住在小鎮的三姐妹，其中的大姐蘇菲是位製作帽子的專家，但她卻因此得罪了女巫，從18歲的美少女變成了90歲的老太婆。她驚恐地逃出家裡，但又進入了一座移動的城堡，她和不能與人相戀但懂魔法的哈爾，譜出了一段戰地戀曲，並且和城堡裡的其他人一起想辦法解開身上...
2013年，宮崎駿執導長篇作品《起風了》。該片是宮崎駿執導的長片中，唯一一部片名沒有假名"の"的作品，也是首部取材自真實人物的影片。 該片講述的是日本零式戰鬥機的開發者堀越二郎年輕時的故事。這次在影片中，沒有不可思議的魔法，也不會出現怪物，堀越二郎是第二次世界大戰中設計零戰的實際存在的人物。該片榮獲第37屆日本電影學院獎最優秀動畫作品獎等8項大獎。