《合金彈頭3》-PF復出揭露外星人陰謀
世界各地出現了很多異象，水中的魚類和爬行動作都發生異變，身體變大了數十倍。 博士島那裡大部分海洋生物都被炸死了，而那些沒有死的海鮮則被輻射，而且叛軍所在的一個小鎮的，士兵和其他人都變成了喪屍。
原來之前營救出摩登是外星人的陰謀，救出來的摩登是假的。假摩登積極開展了和火星人的合作，假摩登先把外星技術給了博士，博士成功打造出可以改變基因的武器，並且在博士島進行了投放實驗，於是出現很多變異的生物：巨大的螃蟹，帶電的水母，巢穴中的怪蟲，巨蜂，食人花...
合金彈頭3
另一邊，叛軍駐守的一個小鎮裡面爆發了一種病毒，這種病毒的病原體就是來自於火星的摩羅十誡。飛機的墜毀，裡面的乘客沒有死，但是都變成了喪屍，包括來探查的軍人和科研人員。
摩羅十誡
也是因為這次變異生物的出現和喪屍病毒的爆發，正規軍和叛軍暫時性的聯手一起對付外星人。而摩登軍團也是掏出了老本，和外星人在宇宙大戰。打敗了假的摩登之後，反叛軍發射火箭到太空，並且找到了火星人老巢——火星之根。但是之前的火星之根也被異星人入侵過，所以我們在遊戲裡面看見的是還沒有修復完全的，他們不斷入侵地球也是因為在火星沒有了容身之處。
火星之根
最後的決戰，玩家控制的角色會被外星人擄走，強行切換成別的角色開小火箭上宇宙營救。然後正規軍和反叛軍一起進攻外星人母艦，當時記得這一段，看見全體進攻的畫面還是很激動的。火星之根戰敗，之後墜入到了海裡面，長久以來火星人的陰謀也在此畫上了完滿的句號。
全軍出擊
《合金彈頭3》設計的比較多元化，而且還有小小的福利環節，就是女角色服裝會被蟲子汁液溶解掉。。這個設計也是讓小夥伴故意送掉一條命。角色如果變成了喪屍，攻擊會變成噴血，而且傷害也是很可觀的，幾下就可以把小Boss送上西天。
不過挺可惜的就是，SNK推出《合金彈頭3》之後因為資金問題，就宣布破產了，同時之前擔任過2、X、3代的畫師的森氣樓也離開SNK轉投CAPCOM。（咱也不知道這麼火爆的遊戲，為什麼會出現資金問題）
《合金彈頭4》-電腦病毒的入侵
20XX年，一種名叫「WHITE-BABY」的電腦病毒，這種病毒主要能奪取各個國家的軍方電腦系統的控制權。而這個電腦恐怖份子的組織叫做「AMADEUS」(意為被神鍾愛的人)，到處利用「WHITE-BABY」破壞各個網路的安全系統來顯示自己的能力。對於這種新型的電腦病毒，人們還是憂心忡忡。
合金彈頭4
雖然國際緊急對策討論會決定實行兩個主要方案，但最後肯定還是要特種部隊PF隊出手解決的。出發前，六個人在資訊處理室中發現了AMADEUS的行蹤，當他們載入了衛星圖像後，先看到AMADEUS的是一個像軍營駐紮的地方，後面卻又出現一個很熟悉的背影，沒錯，就是摩登。六人組 看到對著鏡頭笑的摩登元帥， 他們便知道這次任務，不會很簡單，但是他們沒有退路。
《合金彈頭5》-火之迴廊作戰
正規軍的實驗室失竊，其中剛剛研發的機密文件被盜走。而其中就包含了各種最新的Metal Slug的主要技術，資料一丟失就說明肯定沒有好事發生。而這群人則是來自另一股勢力：託勒密，在開頭，我們就可以看見託勒密老大的誕生，一個土著人帶上了死靈面具，成為神人。
託勒密
這個面具也是有講究的，軍閥在亞馬遜挖掘被禁忌的死神遺蹟，妄圖得到可以帶來無限智慧的死靈面具，徵服世界。但是他們在挖掘的過程中造成了鬆動，最終導致這個面具下落不明，沒曾想到隨機到了一個小兵身上（這就是天選之子麼。。）
帶上面具，盜取數據資料，打造出了很多超出時代的裝備，同時也只有帶著面具的人，才會知道怎麼操作這些武器裝備。而最終的BOSS也是圖騰收集完整之後，打造出的最後神兵。正規軍奉命在火之迴廊和敵人進行作戰，奪回研發資料並且消滅他們。
看著鏡頭的男人
《合金彈頭6》-三軍聯手大戰金星人
其實4代和5代可以算作是《合金彈頭》系列的一個外傳，因為並沒有延續3代的劇情往後面發展。而第6代才可以真正意義上算是延續3代的主線故事。
一顆來自外太空看似隕石的不明物體造訪了地球，在地球上留了一個大洞。科學家和媒體準備打算研究時，正規軍發現了那不明物體根本不是隕石，而是來自另一星球外星人的太空船，它在極快的衝到了地殼深處，並且建立了巨大地下基地，很明顯，目的自然是攻佔這個藍色星球。
而在另一邊，火星章魚想回到往日的輝煌，摩登軍團依然不死心，哪怕曾經背叛過，這兩個勢力還是選擇了聯手。（看出來了，摩登的人設就是心不死）
合金彈頭6
但是以火星人為食的金星人亂入，摩登和火星人亂了陣腳，因此以俘虜為條件，要求正規軍與他們合作，一同趕走這個棘手的敵人。正規軍、叛軍和火星人首次合作，摩登和火星人負責打撈火星之根，這是人類和火星人最後的希望。
人類技術+外星科技成功打造了最強的武器：火星神兵
《合金彈頭7》-垃圾島之戰
帶著人設的摩登始終想著霸業，他看到一些垃圾堆，心裡有了主意。他想破壞食物鏈，使動物滅絕。但是正規軍這次早就發現了他的計劃，PF小隊再次出發。他們到摩登的基地時，發現小兵居然在投大鐵塊，小隊趕快來到了摩登的住處，突然出現了一隻大蟲子！
消滅了蟲子之後，摩登跳了出來，兩個能量蟲殘餘發生了反應，形成了時光洞，從未來穿越過來的摩登軍團登場。
決戰是在火山口和一隻機械章魚打，打贏之後眼看章魚要沉到滾燙的巖漿中，正規軍的運輸直升機及時趕到，把所有人救出火海。在這最後關頭，火星人開來飛碟，沒錯，摩登帶著他的部下又溜了。
合金彈頭7
雖然在今天，各種遊戲層出不窮，但是還是會有一批玩家會找找當年的感覺，哪怕是通過模擬器。我記得高中的時候，還去過我們那裡的街機廳，雖然機器都還在那裡，但是已經沒有人在裡面玩了，可能現在也關門了吧。
時代會產出新東西，也會淘汰舊東西，但是不管怎麼變化，我們每個人的記憶裡面會存在那一份屬於自己的美好。如果能在這麼忙碌的社會中，找到可以和你一起在遊戲裡面戰鬥的人，要好好珍惜那些時光，因為我覺得這是一件很幸運的事情。