鴉片戰爭後,清政府增加賦稅,橫徵暴斂,使階級矛盾更加激化。廣大農民饑寒交迫,紛紛揭竿而起。廣西是各種矛盾十分尖銳而統治力量相對薄弱的地區之一。清道光二十七年(1847)秋,洪秀全創建拜上帝會,秘密進行反清活動,三十年(1850)十二月初十日在廣西桂平縣金田村宣布起義,號稱太平天國,洪秀全自稱天王。九月攻克永安,次年自永安突圍,攻桂林不克,往北攻破全州。鹹豐三年(1853)正月攻克武昌,震動清廷。二月初九日,洪秀全等率領號稱五十萬眾、船一萬餘艘,順著長江東下,相繼攻克九江、安慶、蕪湖。三月十九日佔領金陵(今南京市),洪秀全在十多萬將士的簇擁下進入城內,宣布建都金陵,改金陵為天京。
太平天國定都金陵後,乘勝向全國各地進軍,其勢力遍及江西、安徽一帶,江西、安徽與浙江毗連,太平軍隨時可能進入浙江。鹹豐五年(1855)嚴州淳安、遂安兩縣開始籌建義團,各鄉鎮聚團勇防堵太平軍。四月初二日,太平軍範漢傑部由開化直驅遂安縣,迅速佔領遂安獅城,次日退出獅城向徽州進軍。這是太平軍首次進入嚴州境內。
鹹豐八年(1858)五月十六日,太平天國翼王石達開統率十多萬大軍進軍浙江,攻佔嚴州府壽昌縣。鹹豐七年(1857),忠王李秀成部從杭州經昌化攻入淳安,設在淳安的嚴州防務最高軍事長官張虎臣被太平軍擊斃。閏三月初七日,太平軍譚世得部從昌化攻打分水縣城,清軍千總李夢庚戰死。十三日,太平軍離開分水縣進攻淳安。二十日,清軍衢州總兵李定太組織兵力反撲,與太平軍戰於淳安橋西。四月底,江西南贛鎮總兵饒廷選率軍前來援助,會合嚴州知府彭斯舉、嚴州副將王應麟,在遂安範家與太平軍交戰,太平軍敗退徽州。六月,淳安文昌人何大勳在駐防嚴州提督張玉良的支持下,募壯丁五千餘人,在淳安進賢、浪洞源等地圍剿太平軍,太平軍設計反擊,何大勳被太平軍殺傷,一個月後死亡。九月初七日,太平天國侍王李世賢率軍十餘萬佔領徽州後,沿新安江東下,攻入嚴州城,嚴州協鎮副將封九貴戰死,清軍敗退。二十九日,李世賢率軍攻佔桐廬。十月初四日,太平軍經白峰嶺東去富陽。十一月初,李世賢部率軍攻克遂安,駐屯餘家、中洲等地。十二月初,李世賢率軍再次攻佔桐廬,月底,清軍提督張玉良率嘉興殘部佔據桐廬。太平軍譚世得部再次經開化佔領淳安和遂安縣城。
鹹豐十一年(1861)二月下旬,幹王洪仁玕到遂安巡視。四月初三日,李世賢部抵淳安巷口,擊敗清副將餘永椿軍,餘永椿負傷而逃。十一日,殷天義徐朗由淳安早禾埠抄小路經邵嶺再次攻克壽昌,縣令葉松年逃遁。四月十九日,鼎天安、劉政宏率領太平軍兩千餘人攻打金華,提督張玉良見勢不可擋,顧自逃走。太平軍殺死金華知縣吳瑞龍,李世賢坐鎮金華,建侍王府。李世賢運籌於侍王府,部署奪取整個浙江。六月九日,太平軍攻克嚴州,第三日主動退出。十九日,李世賢派部將譚星由羅桐埠繞道攻打蘭溪,清提督張玉良倉皇逃往嚴州,不久張玉良返回蘭溪,督副將貴廷芳、況文榜等反攻蘭溪縣城,清總兵饒廷選也自嚴州率軍至蘭溪,配合張玉良與太平軍作戰。太平軍佔領女埠後,順蘭江而下,再次佔領嚴州城,並在東關擊敗清軍副將陳步高、陶佔魁殘部,嚴州知府李文瀛逃至七裡瀧嚴子陵釣臺投江自殺。清軍副將羅大春率軍前來救援,駐守在南岸,夜裡偷渡至江北,從小路到烏龍山,在烏龍山遍插旗幟作疑兵。次日,太平軍見烏龍山到處是清軍旗幟,不知虛實,恐腹背受敵,便自動撤退。九月初,李世賢部自浦江再攻嚴州,擊潰清軍。二十日,太平軍戴王黃呈忠率部合力攻佔嚴州城。這年冬天,太平軍與清軍在富春江展開激烈水戰,大獲全勝。忠王李秀成從衢州經淳安、遂安到嚴州,李秀成與李世賢及太平軍諸將領在嚴州城召開軍事會議,磋商下一步具體的軍事行動,決定以金華、嚴州一帶為據點,派譚富鎮守嚴州,然後向浙江全省進軍。李世賢轉戰台州、寧波、處州、溫州等地,不出半年,幾乎攻佔浙江全境。兩宮皇太后大驚,面對如火如荼的戰火,接連下令欽差大臣、兩江總督曾國藩節制浙江全省軍務,並令江蘇、安徽、江西、浙江巡撫、提鎮以下各官悉歸節制。
同治元年(1862)正月,曾國藩上奏:「欲復杭省,必由徽州以攻嚴州,而後有進兵之路。現飭糧臺籌撥餉糈、軍火,並於玉山設立轉運局,源源接濟衢防兵勇。至進攻嚴州,則專賴左宗棠一軍,必先掃清歙縣、婺源之零股,攻克開化、遂安之堅城,乃能達於嚴郡。」曾國藩把浙江戰事交給左宗棠指揮,浙省提鎮以下統歸左宗棠調遣,並下撥軍餉十萬兩,由左宗棠催提應用,以圖挽救東南大局。正月,左宗棠率領湘軍由江西婺源進入衢州府開化縣,經過激戰,奪取開化城,進駐馬金街,為左宗棠進攻浙江打開了缺口,並以三衢為基地,進攻整個浙江。二月初七日,左宗棠接到情報,說李世賢令壽昌、蘭溪各路頭目聯合攻打開化、馬金街。左宗棠設計乘太平軍未到之前,先攻打嚴州、遂安縣城。左宗棠率領四萬餘人紮營在遂安之橫沼、百畝畈、墩南諸處,距遂安縣城二十餘裡。初十日黎明,三路清軍同時向太平軍發起猛攻,太平軍傷亡慘重,清軍連夜攻進遂安縣城,城內太平軍見勢棄城離去。十三日,左宗棠派王開來駐守遂安縣城,自己帶領其餘人馬撥營救援衢州城。
曾國藩部署了十路大軍,向天京發起了全面攻勢,對天京實行大包圍。李世賢接到命令後,迅速從金華、蘭溪、嚴州等地抽調十萬大軍,會師遂安,力圖拔除左宗棠在浙江之主力以救天京。左宗棠急令救援衢州部隊轉回遂安。十月,天京告急,洪秀全下詔忠王李秀成速救天京。李秀成在蘇州召開軍事會議,決定聯合李世賢等十三王的軍隊一起援救天京。李世賢在龍遊、蘭溪等地作了部署後,即返回金華,然後親率三支精銳部隊七萬之眾馳援天京。
由於太平軍精銳部隊馳援天京,留在浙江太平軍力量相對薄弱,左宗棠乘機進行反攻。於是令魏喻義帶領二千人馬,從遂安經銅關及壽昌縣城,攻破太平軍在洋溪的關卡,太平軍將領黎滿志被殺。十月初三日,魏喻義聯合地方紳團攻破嚴州北路三卡。十一月初八,駐紮在嚴州城的太平軍將領譚富聯合桐廬、浦江的太平軍萬餘人來攻打銅關。太平軍內奸王春、黃會文等事先向清軍告密,魏喻義得知情報後率部來到洋溪,分路潛伏在鍾嶺腳。太平軍先頭部隊五百餘人進入埋伏圈,魏喻義一聲號令,清軍猛烈追殺。譚富知道中了魏喻義之計,便命令後隊萬餘人馬撤退至嚴州城。
十三日傍晚,魏喻義率軍從洋溪出發,兵分水陸兩路逼近嚴州城。半夜時潛抵嚴州城西、北兩門,豎立雲梯。號炮一響,各兵勇同時攻城,殺死巡夜守城太平軍百餘人。魏喻義命令下城巷戰,一時間,城內人馬嘶叫,雙方激戰,太平軍傷亡慘重,血流成河,屍橫遍地。傳說梅城半道紅就由此而來。譚富被迫下令撤離,向浦江轉移,途中又被清軍追殺了千餘人。嚴州城被清軍佔領。同治二年(1863)二月,清軍從嚴州城出發,水陸兩路同攻桐廬,太平軍棄城向富陽轉移。左宗棠命浙江布政使蔣益澧率師東下,攻克富陽、杭州;浙江按察使劉典進軍淳安、遂安,防堵皖南太平軍入浙;左宗棠率軍屯駐嚴州城,東西策應。湯溪、龍遊、蘭溪、金華等地相繼被清軍佔領,紹興、蕭山等地的太平軍也都撤退。
同治三年(1864)起,天京保衛戰進入最後階段。正月,天京被清軍包圍,京城嚴重缺糧,連洪秀全都帶頭吃野菜充飢。洪秀全特命幹王洪仁玕出京到丹陽、常州、湖州等地催兵解圍。
六月三日,洪秀全病逝,幼天王洪天貴福即位。六月十六日,曾國荃命令湘軍把城牆炸開一個十餘丈的缺口,湘軍的「敢死隊」衝進城去,經過激烈的生死搏鬥,天京陷落。忠王李秀成保護幼王從壠口突圍,不幸衝散,李秀成被捕而亡,幼王由隨將護送到廣德。洪仁玕從湖州來廣德見幼王。洪仁玕受命為軍帥,總理朝政。洪仁玕認為「湖州軍乏軍單,恐難建邦立業」。當時李世賢正在江西建昌、撫州一帶活動,兵力強大,如與李世賢會合後再西上與湖北陳德才大軍會師,然後轉戰西北,就可踞荊襄以窺長安。所以他決定去江西與李世賢會合。八月初,洪仁玕與幼王等自昌化翻越昱嶺入淳安威平,清總兵劉松山尾追而來,提督黃少春也趕來圍剿,太平軍戰敗,取道開化向江西方向轉移。太平軍在嚴州一帶的活動到此為止。
保護幼王的太平軍進入江西途中,常遭到清軍尾追堵截,九月初九日夜,在江西石城縣楊家牌全軍覆沒,洪仁玕與幼王洪天貴福等被浮。十月,幼王與洪仁玕在江西南昌被殺,持續了十餘年的太平天國運動落下了帷幕。