作為進博會城市保障工作的重要內容之一，病媒生物防制保障是維持清潔有序的城市形象、保障公共衛生安全的重要基礎。為此，上海制定了進博會病媒生物防制整體保障方案和應急預案、進口博覽會期間專項保障方案和應急預案，以及以蚊蟲防控為主的全市病媒防制工作方案。
將國家會展中心的病媒防制隊伍與青浦區、閔行區、長寧區的病媒防制隊伍有機結合，由市愛衛辦委託市健康促進協會組織20家社會病媒生物防制公司組成市應急處置預備隊提供後備支援，其他各區優化原有病媒防制應急處置隊伍，組建高效的保障網絡。
從10月下旬開始，上海精準把握時間節點，通過「三步走」，層層推進，以國家會展中心及有接待任務的各類場館、醫院等為重點，在全市範圍內做好病媒生物防制保障工作。
上海一手抓日常巡查，一手抓快速處置：從10月23日起，每天組織30名專業人員對國家會展中心做好常態保障，共巡查面積365萬平方米，控制面積21.5萬平方米；同時，組織各區愛衛辦對接待酒店開展督查，確保病媒生物防制保障舉措落實到位。
秋季成蚊活動頻繁，必須及時消除隱患。10月24日至29日，上海組織全市各區開展以控制秋季成蚊密度為重點的滅蚊專項行動。據統計，全市共出動專業隊伍6893人次，對1237個居民小區、383個中小學校、231個農貿市場、114個公園、101個廣場、26個旅遊景點和進博會主要接待場館開展集中控制，共突擊控制重點單位7442個、清理孳生環境26975處，集中控制面積達1272.5萬平方米。
上海進一步完善全市病媒防制應急處置機制建設，涉及「核心區」與「緩衝區」的青浦、閔行、長寧共成立由118人組成的24組應急處置隊伍；其他13個區成立由237人組成的61組應急處置隊伍，各類處置器械與藥物儲備充足。同時，上海積極開展應急處置隊伍的實地演練，確保「召之能戰，戰之能勝」。
從11月1日起，本市病媒生物防制保障工作已進入應急保障階段，全市各區愛衛部門會同疾控中心將全力以赴，「穩住面、守住線、保住點」，持續做好重要涉會場館的巡查與處置，並啟動應急隊伍24小時值守，確保第一時間趕到現場，出色完成保障任務，助力進博會圓滿成功！