在《數碼寶貝》系列動畫中，《數碼寶貝大冒險02》算是飽受詬病的一部，無論是人設還是劇情都崩得摧枯拉朽，實在是讓人懷疑製作組和編劇到底在幹什麼。
01過分削弱01主角團
這便是《數碼寶貝大冒險02》的第一大槽點，從劇情上來說02繼承了01的世界觀，都是在同一個數碼世界冒險，在這種情況下想要講新故事其實是一件不容易的事情，於是製作組搞了一個騷操作：說01主角團因為要解開四聖獸的封印，所以失去了力量，於是別說究極體了，連完全體很難進化。結果01眾人從頭到尾都被壓制著，打暴龍改造者的時候連個喪屍暴龍獸都打不過，實在是讓人無語。
後期說恢復力量了，可以進化成完全體和究極體了，結果戰鬥暴龍獸就出來露了一下臉，鋼鐵加魯魯直接沒戲份，這樣的安排直接讓01的粉絲大罵出口。
02進化體系混亂
在《數碼寶貝大冒險02》之前，官方還出了一部劇場版——《我們的戰爭遊戲》，在裡面戰鬥暴龍獸和鋼鐵加魯魯合體成為了奧米加獸，成功收割了一大票粉絲，於是在《數碼寶貝大冒險02》中，製作組加入了合體進化元素，變成了02主角團的數碼獸基本上都沒有獨自進化到完全體的設定，想要得到完全體或完全體以上的實力，就得通過合體才能實現。但是，合體出來的數碼獸，顏值和實力都不在線，帝皇龍甲獸直接寫成了0戰力獸，設定強無敵，一看戰績0-5。這種前後打臉的情節讓人哭笑不得。
在合體進化之外，《數碼寶貝大冒險02》還加入了裝甲進化的設定，02主角團可以通過對應自己的徽章屬性拿到進化裝甲，讓自己的數碼獸實現裝甲進化，為了推動這個設定，便搞了個黑暗之塔，和主角們說：「啊你們的數碼獸已經不能實現正常進化了，得通過打碎黑暗之塔才能實現正常進化，在此之前就只能用裝甲進化了。」
但是裝甲進化出來的數碼獸，顏值上確實掉了N個檔次，並且實力上也不好界定，特別是最後的那個用奇蹟裝甲進化得來的金甲龍獸，設定上似乎只有完全體的實力，被基米拉獸壓制住，最後靠開掛才戰勝對方。那之後的金甲龍獸多以皇家騎士這個身份活躍在動畫中，要是沒看過連續劇情的朋友，甚至還會以為能壓制金甲龍獸的基米拉獸擁有皇家騎士的實力呢。
03結尾黑歷史
數碼寶貝大冒險02最受爭議的可能就是結尾了，最後的BOSS貝利亞吸血魔獸被嘴遁說死，從官方圖鑑中，貝利亞吸血魔獸是數碼獸大冒險01,02裡最強大的敵人，比七大魔王之一的究極魔獸還強，本來按照這個定位，貝利亞吸血魔獸應該和主角團有一場激戰，最後被所謂希望的力量打敗了，感覺很扯。
最後大結局的拆CP事件，要是讓粉絲們吐槽的事情，本來在《我們的戰爭遊戲》中，太一和素娜是一對，甚至在結尾處兩個人都挑明了關係，但到了《數碼寶貝大冒險02》，結尾卻變成了阿和跟素娜在一起，於是雙方的CP粉互掐多年。
以及末尾說的：數碼世界已經與現實世界密不可分了。每個孩子都有自己的數碼寶貝，能與他們一起去冒險了。Emmmm，這個結尾就讓人實在捉摸不透了，比起《數碼寶貝大冒險01》中讓人念念不忘，每次看到都會淚奔的飛帽殺，《數碼寶貝大冒險02》的結局過於蒼白，給人一種非常倉促，草草收尾的結局。