西漢初期，巨野縣境內有昌邑縣，西漢中期增置巨野縣和乘氏縣。昌邑縣：始建於秦，前漢為昌邑王國、山陽郡，後漢兗州刺史皆治此，治所在今巨野縣昌邑集，所轄包括金鄉、巨野、成武、單縣4個縣的邊界地區。乘氏縣：漢置侯邑。漢景帝中元6年封梁孝王少子買，漢和帝封梁商為乘氏侯。治所在今龍固鎮西南甘泉寺一帶，其轄區包括巨野東南、菏澤東南、定陶東北部。
巨野城始建於西漢。《漢書》載：「六年（公元201年）冬十月，令天下縣邑城。」改建於明武宗正德七年（公元1512年），歷經兩千餘年，城址基本未變。據《山東通志》載：「土城周九裡，高一丈五尺，闊一丈六尺。」
621年，在巨野縣城置麟州，復置乘氏縣為屬縣。622年(唐高祖武德5年)，撤銷麟州，復置昌邑縣，巨野、昌邑兩縣屬戴州(治所金鄉)。952年(後周太祖廣順2年)，移濟州於巨野縣城，並轄鄆城、任城、金鄉為屬縣。
北宋初年，巨野縣屬濟州。997年(太祖至道3年)，屬京東路。1074年(神宗熙寧7年)，改屬京東西路。金朝徙濟州治任城縣，屬山東西路。1147年(南宋紹興17年，金朝皇統7年)，析任城縣以西、巨野縣以東地區置縣，治所設在山口鎮。借春秋時魯哀公14年春「西狩獲麟」的故事，取其祥瑞之意，定名為嘉祥縣，時屬山東西路濟州。公元1150年，黃河大決，淹沒巨野，撤銷巨野縣。
1269年(蒙古至元6年)，恢復巨野縣，遷往任城的濟州，還治巨野縣。1271年(元至元8年)，昇州為濟寧府。1272年(元至元9年)，移府治於任城，移州治於巨野，是年末仍以府治於巨野，復以州治於任城。1279年，升府為濟寧路，轄兗、濟、單三州。1348年，黃河大決，淹沒巨野城，遷濟寧路於濟州(任城)，遷縣治於城北邢家務。
1368年(明朝洪武元年)，設濟寧府於任城，巨野為屬縣，隸屬於山東布政使司。1374年，黃水淹沒巨野，至洪武9年消退，縣治由邢家務遷入巨野，重建縣公署。1385年，兗州升為府，濟寧降為州，巨野縣屬兗州府濟寧州。明洪武元年，因自然災害原因，巨野等地人煙稀少，朱元璋把山西大批居民搬遷至巨野，至今巨野人多為山西那批搬遷而來的人的後代。
1945年12月31日夜（亦稱1946年元旦），中國共產黨領導的劉鄧大軍和冀魯豫野戰軍第七縱，首次解放巨野縣城，為了戰爭需要和方便城鄉群眾，拆除了舊城牆。
康熙四十七年的巨野縣城區圖
清代縣衙：舊址在古城街西段路南。
城隍廟：建於明，舊址在古城街西段路北。民國時期為縣公署。
大佛寺：建於唐，毀於明，在人民路中段路北。寺內有永豐塔。
觀音堂：建於北宋。舊址在大佛寺西。
文廟：建於明。在大佛寺北，即今文廟。
高樓城門：東門」凝和」，西門「遂昌」，南門「沿熙」，北門「拱極」
平樓城門：東門「仁厚」，西門「豐城」，南門「集慶」，北門「承恩」
清朝初年，巨野縣屬兗沂曹濟道、兗州府、濟寧州。1724年(清雍正2年)，改濟寧州為濟寧直隸州，巨野為屬縣。1730年(雍正8年)，改屬曹州直隸州。1735年，改曹州直隸州為曹州府，巨野仍為屬縣。
1912年(民國元年)，巨野縣屬山東省濟寧道。1928年廢除道制，巨野縣直屬山東省政府。
1929年，巨野縣屬山東省第二行政督察專員公署。
1932年（民國二十一年）
1937年（民國二十六年）
1938年，巨野縣屬山東省第二行政督察專員公署第十行署。
1938年12月9日，日軍侵佔巨野城。
1939年春，建立日偽縣政府。
1939年5月，建立中共鄆巨工委和抗日縣政府，歸中共運西專署領導。11月建立中共巨野工委和巨野縣抗日政府，屬運西專署。
1940年11月，屬魯西二專署。
1941年2月，屬巨、菏、金、嘉、成5縣聯合辦事處。
1943年屬晉魯豫17專署。
建國前後
1944年6月，屬冀魯豫11專署，同時還有巨菏縣，於1941年建立，1942年12月撤銷。金巨縣，於1943年9月建立，1945年3月撤銷。鄆巨縣，1944年12月建立。巨南縣，1945年3月建立。1946年，巨野縣屬第二行署。
1946年6月8日，冀魯豫行署決定將抗日縣政府改為民主縣政府。解放戰爭期間，巨野境內有巨野、鄆巨、巨南三個民主縣政府，其隸屬變革為：
巨野縣1945年9月至1946年1月，屬冀魯豫11專署(湖西)。
1946年1月至1946年3月，屬冀魯豫7專署(魯西南)。
1946年3月至1948年5月，屬冀魯豫2專署(運西)。
1948年5月至1949年8月，屬冀魯豫7專署(運西)。
鄆巨縣1945年9月至1946年2月，屬冀魯豫8專署(運西)。
1946年2月至1949年8月屬冀魯豫2專署(臨河)。
巨南縣1946年2月建立，至1949年8月，先後屬冀魯豫11專署(湖西)和3專署(湖西)。
民國時期，國民黨政府把巨野縣劃為9個區：城區、鳳鳴區、新城區、順應區、大義區、忠義區、龍堌區、柳林區、大康區。
抗日戰爭時期，巨野縣主要由國民黨和日偽政府管轄。按照巨野縣公署建設科在1943年繪製的行政區劃圖，全縣分為8個區、16個鎮、41個鄉。
第一區：駐所在巨野城內，包括東隅鎮、西隅鎮、南隅鎮、北隅鎮、獲麟鄉、麟安鄉、彭澤鄉、盟臺鄉、新城鄉、大興鄉。
第二區：駐所在玉山(今獨山)，包括玉山鎮、六營鎮、劉樓鄉、王橋鄉、蔣寺鄉、順興鄉、金山鄉、金安鄉、截河鄉。
第三區：駐所在營裡集，包括營裡鎮、昌邑鎮、忠義鎮、揚固鎮、鼎新鄉、金言鄉、固邊鄉。
第四區：駐所在大義集，包括大義鎮、忠義鄉、大成鄉、等讓鄉、德化鄉、合藥鄉、棠林鄉。
第五區：駐所在龍堌寺，包括張表鄉、柳林鄉、柳西鄉、肖樓鄉、豐樂鄉。
第六區：駐所在龍堌，包括龍堌鎮、觀音鎮、李海鄉、臨河鄉、同治鄉、清泉鄉。
第七區：駐所在新興集，包括安興鎮、太平鎮、五界鄉、太康鄉、三和鄉、新興鄉、三義鄉。
第八區：駐所在蘇集，包括蘇集鎮、第一鄉、第二鄉、第三鄉、第四鄉、第五鄉、第六鄉。
1949年5月，調整行政區劃，巨野縣轄6個區，427個村。1949年8月20日，平原省人民政府成立。巨野縣隸屬平原省湖西專區。1949年9月，巨南、鄆巨兩縣撤銷，巨野縣轄11個區。
1967年9月衛星地圖
新中國成立後至1958年撤區並鄉前，全縣分11區(建國初期一度設立棠林店區，不久撤銷)，73鄉。
第一，城關區：包括曹廟鄉、五裡墩鄉、新城鄉、姚店鄉、呂官屯鄉、閻莊鄉、三裡廟鄉。
第二，沙土區：包括田莊鄉、高莊鄉、小寧莊鄉、楊官屯鄉、沙土集鄉、姚莊鄉、丁官屯鄉。
第三，太平區：包括太平鄉、鄔官屯鄉、田橋鄉、畢海鄉、林屯鄉、畢莊鄉、白李莊鄉。
第四，大義區：包括大義鄉、比幹廟鄉、人祖廟鄉、龐庵鄉、胡堌堆鄉、東營鄉、葛店鄉、棠林鄉、孔樓鄉。
第五，龍堌區：包括龍堌鄉、三裡廟鄉、郝莊鄉、李集鄉、觀集鄉。
第六，柳林區：包括柳林鄉、王水坑鄉、龍寺鄉、陳集鄉、後陳樓鄉、蔣海鄉、張表鄉。
第七，章縫區：包括章縫鄉、高坊鄉、曹海鄉、董官屯鄉、焦順屯鄉、肖樓鄉、馮沙窩鄉。
第八，謝集區：包括謝集鄉、趙廟鄉、前昌邑鄉、謝莊鄉、陶廟鄉、王胡同鄉。
第九，營裡區：包括營裡鄉、前店子鄉、大袁樓鄉、畢堂鄉、趙集鄉、劉集鄉。
第十，獨山區：包括獨山鄉、高海鄉、金山屯鄉、王樓鄉、馬河鄉、華營鄉、雙廟鄉。
第十一，六營區：包括六營鄉、大屯鄉、夏官屯鄉、劉樓鄉、魏集鄉。
1952年12月撤銷平原省，巨野縣隸屬山東省湖西專區。
1952年12月24日，全縣建立鄉鎮148個。
1953年7月20日(舊版巨野縣誌一說1953年8月20日)，撤銷湖西專區，巨野縣改屬山東省菏澤專署。
1955年8月13日，全縣1～12區分別改稱城關區、沙土區、太平區、大義區、龍堌區、柳林區、章縫區、棠林區、營裡區、謝集區、獨山區、六營區。
1956年4月，縣行政區劃由148個鄉調整為73個鄉鎮。
1958年3月，公布撤區並鄉方案，撤銷11個區，將過去的76個鄉鎮合併為23個鄉鎮。
1958年7月23日，進行並社工作，將全縣原620處、平均每處180戶的農業社，合併為每個1000戶左右的大社。
1958年9月，合併23個鄉，成立11處人民公社：城關公社、田莊公社、夏官屯公社、龍堌公社、柳林公社、章縫公社、營裡公社、大義公社、獨山公社、謝集公社。780個大隊，2625個生產隊。
1958年10月，撤銷菏澤專署，巨野縣改屬濟寧專署。
1958年11月撤銷嘉祥縣建制，西部仲山公社及酒莊、孟姑集一帶90個自然村劃歸巨野縣。
1958年11月12日，國務院批准撤銷菏澤專區建制，所屬各縣劃歸濟寧專區(一說1959年1月)。
1959年6月(一說1959年7月30日)，恢復菏澤專署，巨野縣復屬菏澤專署，轄區如舊。
1962年1月6日，因恢復嘉祥縣建制，原嘉祥縣的仲山公社及劃歸巨野縣夏官屯、田莊兩公社的部分村莊，復歸嘉祥縣，共69個生產大隊，391個生產隊、90個自然村。
1969年12月衛星地圖
此兩幅圖是現在可見的最早的巨野縣衛星地圖（已知有1944年航拍地圖），屬於冷戰時期美國軍用鎖眼衛星地圖。
1969年巨野縣城還沒有進行大規模建設，可以清晰的看出巨野縣城的規模，東為前進路，南為麒麟大道，均為巨野縣城的東南兩座城牆改建而來，西為新華路北段，護城河繞城一周，縣城周長約為4公裡，面積1平方公裡。
1967年至1977年，巨野縣屬菏澤地區「革命委員會」所轄。
1978年，撤銷各級「革命委員會」，巨野縣改屬菏澤地區行政公署。
2000年6月23日，設立地級菏澤市。巨野縣屬菏澤市管轄。
1978年9月13日，中共董官屯工委建立。12月13日，中共呂官屯工委、太平工委、張表工委建立。同月，新建上述4個人民公社。
1978年12月，調整社隊體制，劃為21處公社，804個大隊，3510個生產隊，增加10處公社：丁官屯公社、呂官屯公社、太平公社、李集公社、張表公社、董官屯公社、葛店公社、薛扶集公社、萬豐公社、陶廟公社。
1983年4月29日，山東省政府批准，巨野由原21處公社改為25個鄉、1個鎮(城關鎮、大義鄉、龍堌鄉、大謝集鄉、章縫鄉，田莊鄉、丁官屯鄉、呂官屯鄉、田橋鄉、太平鄉、大李集鄉、張表鄉、王平坊鄉、柳林鄉、陳集鄉、萬豐鄉、營裡鄉、昌邑鄉、葛店鄉、獨山鄉、夏官屯鄉、薛扶集鄉、董官屯鄉、新城鄉、雙廟鄉、陶廟鄉）。至9月底，原826個生產大隊，改建為850個行政村。
1984年1月20日，大義、龍堌、章縫、大謝集4個鄉改為鎮。至此，巨野轄21鄉、5個鎮。
1984年衛星地圖
從1984年衛星圖中可以看到新建的兗菏鐵路（1980年），新開挖的洙水河（1960年）和鄆巨河（1973），已經完成瀝青鋪設的兗蘭路（1967年）、巨田路（1976年）、聊商路（1971年）。
1987年
1985年10月24日城關鎮更名為巨野鎮。
1990年1月1日，嘉祥縣的核桃園鄉劃歸巨野縣管轄。全縣共27個鄉鎮。
1994年12月29日，撤銷核桃園鄉、獨山鄉，設立核桃園鎮、獨山鎮。
1995年10月23日，撤銷柳林鄉、夏官屯鄉，設立柳林鎮，夏官屯鎮。
1995年
1999年
1996年9月5日，將夏官屯鎮更名為麒麟鎮(魯地名委[1996]9號)。
2000年3月15日，撤銷太平鄉，設立太平鎮(魯政函民字[2000]27號)。2000年6月21日，撤銷萬豐鄉、田莊鄉，分別設立萬豐鎮、田莊鎮，其行政區域和人民政府駐地不變(魯政函民字[2000]50號)。
2001年2月6日，撤銷新城鄉、呂官屯鄉，其行政區域併入巨野鎮；撤銷葛店鄉，其行政區域併入大義鎮；撤銷大李集鄉，其行政區域併入龍堌鎮；撤銷昌邑鄉，其行政區域併入大謝集鎮；撤銷薛扶集鄉，其行政區域併入麒麟鎮；撤銷雙廟鄉，其行政區域併入獨山鎮；撤銷張表鄉，其行政區域併入柳林鎮；撤銷丁官屯鄉，其行政區域併入田莊鎮；撤銷田橋鄉、營裡鄉、陶廟鄉，分別設立田橋鎮、營裡鎮、陶廟鎮；撤鄉設鎮後，其行政區域和人民政府駐地不變。
2001年，巨野縣轄16鎮：巨野鎮、大義鎮、章縫鎮、龍堌鎮、大謝集鎮、麒麟鎮、獨山鎮、核桃園鎮、柳林鎮、田莊鎮、田橋鎮、太平鎮、萬豐鎮、董官屯鎮、營裡鎮、陶廟鎮。
2002年2月22日，省政府批覆同意：巨野縣撤銷董官屯鄉，設立董官屯鎮，其行政區域和人民政府駐地不變。
2002年8月16日，省政府批覆同意：巨野縣撤銷營裡鄉，設立營裡鎮；撤銷田橋鄉，設立田橋鎮；以上2鄉撤鄉設鎮後，其行政區域和人民政府駐地不變。
截至2002年12月31日，巨野縣轄16個鎮。現有開發區，作為和鎮相同級別的行政區劃。
2010年夏，省政府批覆同意：巨野縣撤銷巨野鎮，設立鳳凰街道辦事處、永豐街道辦事處。止2010年8月，巨野縣轄2個街道辦事處、1個經濟技術開發區、15個鎮。
2002年
2002年巨野通了高速公路新修建了西環路和南環路
2003
2003年修建了花冠路
2004年
2005年巨野修建了東南西北四條外環路，巨野縣城的周長變成了23公裡，城區面積33平方公裡。
2005年
2005年通了濟菏高速
2006年
2006年327國道進行了改道，洙水河公園已經開建。
2008年
2008年麒麟湖水庫已經動土建設，巨野港已經開建。
2009年
2009年鐵雄新沙開工建設，處於巨野冬季上風方向的鄆城煤化工園也已經開工建設！！！！！！！！！！！
2017年
2017年巨野麒麟湖水和洙水河公園已建成
2019年
2019年德上高速、魯南高鐵和巨野北二環和西二環正在如火如荼的施工中。
希望巨野的明天會更好，我們的家園更美麗。
綜合印象曹州和網絡
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