MEGA X 構建系統樹教程

2021-02-14 碩博先鋒

今天更新如何採用MEGA X 構建系統發育樹

1. 打開MEGA官網可免費下載適用不同機型和作業系統的版本，下載界面如下圖。MEGA官網：https://www.megasoftware.net/註：後臺回復大寫字母「X」可獲得MEGA X  Windows 64位版本。

2. 桌面創建一個FASTA文件，命名為xx.fasta（或xx.fas），如下圖：

註：最好將文件內序列標籤名格式保持一致。

3. 將MEGA X軟體創建桌面快捷方式後打開，點擊ok，如下圖：4. 單擊file→Open a file/session→所建立的文件xx.fasta→Align，如下圖：5. 點擊Alignment→Align by Clustalw（或Muscle）→ok→ok，如下圖：註：alignment後需要將序列文件的頭部和尾部進行切齊，切齊後先將這個alignment文件保存一下，保存成mas格式，目的是方便下次打開查看比對情況（操作是：依次點擊Data→Save Section）；同時我們還需要輸出這份alignment文件,目的是為了建樹，可以輸出成meg格式，fasta格式和nexus格式（操作是：依次點擊Data→Export Alignment）。6. 保存完後，我們可以開始建樹了，這時可以直接依次點擊Date→Phylogenetic Analysis→Yes/No註：如果建樹序列是編碼蛋白的核苷酸序列就點擊Yes，如果是非編碼蛋白的序列如ITS，28S，18S，IGS等就選擇No，也可以在第5步時直接關閉MEGA軟體，因為我們在第5步已經輸出了建樹文件，然後我們可以重新打開MEGA，再打開保存過的用於MEGA建樹的meg格式的那個文件。7. 返回主頁面，點擊主菜單下的PHYLOGENY，根據實際選擇系統進化樹的構建方法，一般可選擇Neighbor-Joining，也可選擇MP和ML法，點擊ok，參數可根據需要進行修改，見下圖，得到系統發育樹，如下圖：註：上圖中系統樹顯示的Bootstrap Consensus tree，我們可以點擊左側的Original Tree進行樹的顯示。同時也可以點擊如下圖中圈出的位置調成不同樣式的系統樹。8. 系統樹中分枝的位置，Bootstrap值得顯示，添加說明等一些美化處理可以通過左側和上方菜單欄中的相應的調整工具進行調整。9. 點擊菜單欄中Image選項，進行系統樹的保存，可保存成png，tif，pdf等格式，然後可以使用PS修改系統樹中的序列標籤（如拉丁文斜體等）。說明：最終，我們可以根據系統樹的樹形進行建樹序列的適當調整，可以再增加或刪除一些序列，直至獲得中意的樹形。Kumar S, Stecher G, LiM, et al. MEGA-X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computingplatforms[J]. Molecular Biology & Evolution, 2018.
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