R包安裝

2021-12-26 支小醫

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R包三種下載方式

首先根據r包存儲的地方，就可以分為三種下載方式

bioconductor一般都是生物信息方面的R包。github是代碼的管理平臺，很語言的程序包也都會發布到上面。

CRAN
CRAN裡的r包下載代碼：
install.packages("R包名稱")

example：
install.packages("dyplr")
這種方法只能夠下載cran裡的r包，如果r包在github或bioconductor上,用這個方法就下載不了。在安裝cran包時，有時會報錯，大多數時網絡連結問題，所以更改鏡像(一種文件存儲形式，一個磁碟上的文件副本存放在另一個磁碟上，是冗餘的一種類型)，也就是說cran在全球的各地都設置了鏡像網站可以解決跨地區網絡的問題。install.packages() 這個命令使用的默認的下載地址，也就是cran官網。
更改鏡像：

options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
前一個命令是更改cran鏡像，後一個則是更改bioconductor的鏡像。遇到安裝cran包報錯時，首先應該想到是鏡像問題

bioconductor
在biocondcutor上的r包需要先下載BiocManager包，然後使用BiocManager::install()
下載bioconductor上的r包

install.packages("BiocManager") ##先安裝BiocManager包，可以去bioconductor官網看
library(BiocManager) ##加載BiocManager
BiocManager::install("bioconductor包名稱") ##開始安裝bioconductor上的包
 這種安裝方法也需要更改鏡像。

GitHub
這種方法也需要先安裝devtools包，進而安裝GitHub中的r包
下載GitHub上的r包
install.packages("devtools") ##先安裝devtools包
library(devtools) ##加載devtolls包
install_github("yulab-smu/yulab.utils") ##安裝的是github上Y叔的包
R包安裝時有時會因為不存在依賴包或依賴包安裝失敗而導致需要的R包安裝失敗。此時，就需要在報錯信息中，找到依賴包，根據報錯信息先安裝依賴包，再安裝需要安的r包。一般這種r命令安裝方式就會先安裝依賴包。
還有一種錯誤，是因為需要安裝rtools。
https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/history.html
   這是各個版本的rtools下載地址。安裝時，一定要勾選添加rtools到環境變量。
如果還是安裝失敗的話，可以去需要R包所在的網址，下載壓縮包。採用本地安裝方式，把這個包放在可絕對讀取且不含中文字符的路徑，例如從bioconductor下載安裝limma包
install.packages("C/Downloads/limma_3.48.3.tar.gz", repos = NULL, type="source")
或者用rstudio上的tools的install package。不過，從本地安裝包的方法不會自動安裝依賴包。所以啟用包的話，如果還有其他依賴包沒安裝時，就會失敗。

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