技術貼 | R語言:ggplot畫柱形圖、排序、著色

點擊藍字↑↑↑「微生態」，輕鬆關注不迷路

本文由阿童木根據實踐經驗而整理，希望對大家有幫助。

原創微文，歡迎轉發轉載。

ggplot2函數包ggplot函數geom_bar參數畫柱形圖。主要方法：利用apply(df, FUN=sum)求和；利用df[order(df$sum,decreasing=T),]倒序；利用scale_x_discrete(limits=factor())設置橫軸排序；下面有隨機數據繪製柱形圖。

一、 輸入數據

代碼：

set.seed(1995)  
# 隨機種子
data=matrix(abs(round(rnorm(100, mean=1000, sd=500))), 10, 10)  
# 隨機正整數，20行，20列
colnames(data)=paste("Sample", 1:10, sep=".")  
# 列名-細菌
rownames(data)=paste("Bin", 1:10, sep=".")

圖1

二、求和、排序

參數：

apply(df, n, FUN=sum)

n=1按行求和

n=2按列求和

代碼：

sum=apply(data, 1, sum)  # 求和
bin=rownames(data)  # 提取列名
data_sum=data.frame(bin, sum)  # 新建數據框
data_sum=data_sum[order(data_sum$sum, decreasing=T),]  # 倒序

圖2
三、ggplot畫圖

代碼：

library(ggplot2)
ggplot(data_sum, aes(x=bin, y=sum)) +
geom_bar(stat="identity", fill="blue")+
labs(x="", y="Bin abundance")+
scale_y_continuous(expand=c(0, 0))+
# 調整y軸屬性
scale_x_discrete(limits=factor(data_sum[,1])) +
# 設第一列為因子，不排序
theme(axis.text.x=element_text(angle=45, hjust=1)) +
# angle：調整橫軸標籤傾斜角度
theme(panel.grid=element_blank(), panel.background=element_rect(color='black', fill='transparent'))
# 調整背景

圖3

四、設置顏色和圖例

代碼：

ggplot(data_sum, aes(x=bin, y=sum, fill=bin)) +
geom_bar(stat="identity")+
labs(x="", y="Bin abundance", fill="Bin ID")+
scale_y_continuous(expand=c(0, 0))+
# 調整y軸屬性
scale_x_discrete(limits=factor(data_sum[,1])) +
# 設第一列為因子，不排序
theme(axis.text.x=element_text(angle=45, hjust=1)) +
# angle：調整橫軸標籤傾斜角度
theme(panel.grid=element_blank(), panel.background=element_rect(color='black', fill='transparent'))

圖4

你可能還喜歡

1 技術貼 | 16S專題 | 簡單介紹如何用自己的筆記本處理高通量16S數據

2 技術貼 | 宏基因組專題 | 組裝工具盤點和比較

3 技術貼 | R語言菌群Alpha多樣性分析和繪圖

4 技術貼 | 宏轉錄組專題 | DDBJ資料庫：宏轉錄組測序數據下載

5 技術貼 | R語言pheatmap聚類分析和熱圖

微生態科研學術群期待與您交流更多微生態科研問題

（聯繫微生態老師即可申請入群）

了解更多菌群知識，請關注「微生態」。