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1. 文件導入
輸入網址http://cgenome.net:8080/calypso-8.84/faces/uploadFiles.xhtml 進入Calypso文件導入界面（圖1）。
圖1
左側框中是官網給的文件示例，右側框中是文件上傳框，共有四步，主要是第二步和第四步。第一步選擇分析方式，包括標準分析和高級分析，默認是標準分析，可以跳過此步，保持默認值即可。第二步上傳mappingfile文件，分為四種格式，包括basic, simple, v3, v6，複雜程度遞增（詳情見左側紅框中的官網示例）。如只需要做熱圖，可只上傳basic格式，如需做樹狀圖和Korna圖，則建議上傳v6格式。第三步要求上傳Qiime2生成的taxonomy文件，如沒有此文件可跳過此步。第四步上傳數據文件，一般指OUT表，包括多種格式，具體格式示例見左側黃框。上傳成功後右側框右下角出現next鍵，單擊進行下一步。
2. 數據過濾和規範化
圖2
此界面是數據的過濾和標準化，可根據需要更改框內參數，一般用默認值即可，設置完成後，單擊右下角藍色鍵Filter and Normalize，完成後右下角會出現next鍵，單擊進行下一步（圖2）。
3. 上傳距離文件和選擇資料庫
圖3
第一步是上傳距離文件，如沒有此文件可跳過此步。第二步是選擇資料庫，涉及到進化樹的繪製和Krona圖的生成，較重要。選擇完成後，單擊update taxonomy，確認所選資料庫。然後單擊右下角skip，進行下一步（圖3）。
4 作圖
數據上傳處理完成後，進入如下界面（圖4）。
圖4
1） 熱圖的繪製
選擇上方藍色工具欄Basic, 單擊第一項Quantitative Visualization,在Type中選擇HeatMap,進入如下界面（圖5）。
圖5
在此界面中，可設置熱圖的各種參數，如顯示物種等級，熱圖顏色，分類信息，圖像格式，圖像尺寸等。如OTU數目太多，可選擇reads數較多的OTU進行顯示，默認值是前20個，可根據個人需要進行更改。參數設置完成後，單擊藍色鍵Draw Chat,即可出圖。右鍵單擊圖片，選擇圖片另存為，即可保存。結果示例見圖6。
圖6
2） 樹狀圖的繪製
網站可繪製兩種樹狀圖，一種是豎直型，另一種是圓形。
首先介紹豎直型樹狀圖的繪製。單擊界面上方藍色工具欄中Advanced,選擇第一項Hierarchy,在Plot type選項中選擇Dendrogram,出現如下界面（圖7）。
圖7
在此界面中可設置樹狀圖的參數，如分組信息，分組圖例的顯示，圖片尺寸等。設置完成後，單擊藍色鍵Draw,即可畫圖。
圖8
結果如圖8，圖形上方可調節圖中元素大小，圖形下方是保存圖片選項，網站提供兩種格式，SVG和PNG，可根據需要選擇。
圓形樹狀圖的繪製方法和豎直型樹狀圖差不多，單擊界面上方藍色工具欄中Advanced,選擇第一項Hierarchy,在Plot type選項中選擇Radial tree，即可進入圓形樹狀圖繪製界面，詳情參考豎直型樹狀圖繪製方法。結果如圖9所示。
圖9
3） Krona圖的繪製
單擊界面上方藍色工具欄中Advanced,選擇第一項Hierarchy,在Plot type選項中選擇Krona，進入繪圖界面（圖10）。
圖10
圖形框的左上角可調整圖形參數，第一個紅框可調節圈圖中物種級別的顯示，第二個紅框用來保存圖像，另一種保存圖像的方法是右鍵單擊圖形，選擇另存為。結果如圖11。
圖11
如上傳數據完整，還可以在此網站做其他的圖，如PcoA圖，箱線圖，散點圖等，感興趣的同學可自行研究。
END
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