ELK安裝教程

2021-02-19 學術之友

ELK—An all-electron full-potential linearised augmented-plane wave (LAPW) code,general features:

• High precision all-electron DFT code

• LAPW basis with local-orbitals

• APW radial derivative matching to arbitrary orders at muffin-tin surface (super-LAPW, etc.)

• Arbitrary number of local-orbitals allowed (all core states can be made valence for example)

• Every element in the periodic table available

• Total energies resolved into components

• LSDA and GGA functionals available

• Variational meta-GGA (in the generalised Kohn-Sham sense) available with Libxc

• Core states treated with the radial Dirac equation

• Simple to use: just one input file required with all input parameters optional

• Multiple tasks can be run consecutively

ELK官網連結:

http://elk.sourceforge.net/

ELK下載連結:

https://sourceforge.net/projects/elk/files/

0、安裝前的準備

不會的請閱讀下面教程:

【VASP】給真·小白看的VASP本地編譯自學指南 Ver 2.1

1、下載ELK安裝包並解壓

tar xzvf elk-6.8.4.tgz

cd elk-6.8.4

2、運行setup

選擇1,會自動生成一個make.inc文件

3、修改make.inc文件內容(格式混亂了,下載連結見文末留言)
MAKE = makeMKL_PATH = $(MKLROOT)/lib/intel64F90 = mpiifortF90_OPTS = -O3 -qopenmp -I$(MKL_PATH)/includeF77 = mpiifortF77_OPTS = -O3 -qopenmpAR = arLIB_SYS =LIB_LPK = -L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_sequential -lpthread#LIB_LPK = -Wl, --start-group $(MKL_PATH)/libmkl_intel_lp64.a $(MKL_PATH)/libmkl_intel_thread.a $(MKL_PATH)/libmkl_core.a -Wl,--end-group -lpthreadSRC_OMP =#----SRC_MPI = mpi_stub.f90# To enable MPI parallelism the MPI version of the Fortran compiler must be# used. This is usually mpif90. Uncomment the following lines and run# 'make clean' followed by 'make'.#F90 = mpif90#F77 = mpif90#SRC_MPI =/home/gang/intel/impi/2019.3.199/intel64/lib#----#----SRC_MKL = mkl_stub.f90# To enable MKL parallelism, link with the MKL library then uncomment the# following line and run 'make clean' followed by 'make'.#SRC_MKL =/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl#----#----SRC_OBLAS = oblas_stub.f90# To enable OpenBLAS parallelism, link with the OpenBLAS library then uncomment# the following line and run 'make clean' followed by 'make'.#SRC_OBLAS =#----#----SRC_BLIS = blis_stub.f90# To enable BLIS parallelism, link with the BLIS library then uncomment the# following line and run 'make clean' followed by 'make'.#SRC_BLIS =#----#----SRC_libxc = libxcifc_stub.f90# To enable Libxc first download and compile version 5.x of the library. Next# copy the files libxcf90.a and libxc.a to the elk/src directory. Then uncomment# the following lines and run 'make clean' followed by 'make'.#LIB_libxc = libxcf90.a libxc.a#SRC_libxc = libxcf90.f90 libxcifc.f90#----#----#SRC_FFT = zfftifc.f90# To use a different FFT library, copy the relevant library or include files to# the elk/src directory (eg. mkl_dfti.f90), uncomment the appropriate lines# below and run 'make clean' followed by 'make'.SRC_FFT = zfftifc_fftw.f90LIB_FFT = -L$(MKL_PATH)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_-lfftw3xf_intel#LIB_FFT = libfftw3.a#SRC_FFT = mkl_dfti.f90 zfftifc_mkl.f90#----#----SRC_W90S = w90_stub.f90# To enable the Wannier90 library copy libwannier.a to the elk/src directory.# Then uncomment the following lines and run 'make clean' followed by 'make'.#SRC_W90S =#LIB_W90 = libwannier.a#----

大概半小時後,如果編譯沒有問題,會得到下面內容

make[1]: Leaving directory '/home/gang/software/elk-6.8.4/src'cd src/eos; makemake[1]: Entering directory '/home/gang/software/elk-6.8.4/src/eos'mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c modmain.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c eos.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c eveos.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c pveos.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c readinput.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c getedata.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c fitdata.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c output.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c minf_nm.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c fmin_nm.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -o eos modmain.o eos.o eveos.o pveos.o readinput.o getedata.o fitdata.o output.o minf_nm.o fmin_nm.omake[1]: Leaving directory '/home/gang/software/elk-6.8.4/src/eos'cd src/spacegroup; makemake[1]: Entering directory '/home/gang/software/elk-6.8.4/src/spacegroup'mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c modmain.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c main.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c readinput.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c gencrystal.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c sgsymb.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c seitzgen.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c gengroup.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c seitzeq.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c seitzmul.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c writegeom.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c geomplot.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c findprimcell.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c r3frac.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c r3mv.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c r3cross.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c r3minv.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -c r3mm.f90mpiifort -O3 -qopenmp -I/home/gang/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/lib/intel64/include -o spacegroup modmain.o main.o readinput.o gencrystal.o sgsymb.oseitzgen.o gengroup.o seitzeq.o seitzmul.o writegeom.o geomplot.o findprimcell.o r3frac.o r3mv.o r3cross.o r3minv.o r3mm.omake[1]: Leaving directory '/home/gang/software/elk-6.8.4/src/spacegroup'

並且在src文件夾能看到ELK可執行程序

運行上述命令之後成功編譯會出現以下內容

cd tests; ./test.shRunning test in directory test_001... PassedRunning test in directory test_002... PassedRunning test in directory test_003... Passed 
………………(不一一展示了)
Running test in directory test_019... Passed  
………………(不一一展示了)

相關焦點

  • 使用docker安裝ELK
    dockeryum install docker安裝成功後,使用 docker --versionvm.max_map_count至少需要262144下載鏡像首先啟動dockersystemctl start docker下拉鏡像docker pull sebp/elk
  • Kubernetes上安裝ELK監控
    --  https://www.elastic.co/guide/en/cloud-on-k8s/current/k8s-quickstart.html#k8s-quickstart安裝ELK Operator自定義的resource裡面包含了es,kibana,filebeat等資源的定義,以及RBACkubectl
  • ELK 處理 Spring Boot 日誌,妙!
    當然這一步的前提是我們需要在伺服器上安裝 Nginx,具體的安裝過程網上有很多介紹,這裡不再贅述。查看 Nginx 的日誌如下(Nginx 的訪問日誌默認在 /var/log/nginx/access.log 文件中)。清單 9.
  • 用Ansible部署ELK STACK
    通常,安裝ELK很容易。 但是,為了開發與測試的目的,你可能會發現自己重複安裝了堆棧這一套東西。雖然安裝過程夠簡單,且不超過5分鐘,但使用一個單行解決方案來安裝和配置各組件會更好。這就是Ansible可派上用場的地方。Ansible可以使你自動創建、配置和管理機器。
  • ELK系列教程——1.入門教程
    日誌收集流程二、組件安裝為了更加方便理解ELK體系,本文採用的安裝方式為二進位包安裝在這裡也建議各位同學,在安裝軟體的時候儘量都使用二進位安裝進行安裝,不要通過docker安裝,直到你了解了軟體的全貌。2.1 軟體下載你可以通過如下連結https://www.elastic.co/cn/downloads/past-releases 進行組件下載。
  • Docker 入門到實戰教程(十二)ELK+Filebeat搭建日誌分析系統
    Docker安裝ElasticSearch2.1 官網安裝docker pull docker.elastic.co/elasticsearch/elasticsearch:7.6.12.2 設置參數在elasticsearch的docker版本文檔中,官方提到了vm.max_map_count的值在生產環境最少要設置成
  • elk的簡單搭建
    kjdk: yum -y list java* //查看可安裝的版本 yum install -y java-1.8.0-openjdk-devel.x86_64 //安裝 (要選擇-devel的安裝,因為這個安裝的是jdk,而那個不帶-devel的安裝完了其實是jre。)
  • 我的ELK搭建筆記(阿里雲上部署)
    7.x環境準備    1.1.1 安裝作業系統    1.1.2 更新系統軟體包(可選)    1.1.3 更改主機名(可選)    1.1.4 創建應用帳號(必選)    1.1.5 安裝Java運行環境(可選)1.2 ELK安裝    1.2.1 安裝ElasticSearch with x-pack
  • 極簡神器ELK:秒出城市底圖
    大家可以去http://www.food4rhino.com/app/elk頁面下載,下載好的gha插件長這樣:當然小編已經幫大家下載打包好啦,公眾號後臺回復「elk」即可獲得本期素材和整理好的磨刀不誤砍柴刀,我們先安裝這個ELK插件,直接把這個elk3.gha文件拷貝到指定文件夾(在GH面板,通過File——Special Folders——Components Folder即可迅速打開該文件夾),安裝後重啟Rhino就可以使用了。安裝完畢,小編這就帶大家用ELK秒出城市底圖。
  • 苦逼運維的ELK之路(一) -- 組件安裝篇
    當前各種折騰elk以及其相關的業務,試圖挖出新的商業價值。大數據的特點或許我們已經被所謂大數據,可視化折騰的摸不著頭腦…..首先我希望能統一一個問題,什麼才是大數據,多大的數據算是大數據?這裡我簡單總結一下大數據的幾個特點:數據量大,TB,PB,乃至EB等數據量的數據需要分析處理。
  • ELK 原理與實踐詳細介紹
    各個組件的網址可以在官網下載:https://www.elastic.co/cn/或者在中文社區下載:https://elasticsearch.cn/download/註:本次安裝都是採用壓縮包的方式安裝3.1、filebeat的安裝介紹3.1.1、原理
  • Docker怎麼部署ELK?
    集成鏡像,地址:https://hub.docker.com/r/sebp/elk/tags[root@centos-mq ~]# docker pull sebp/elk:660註:660為elk版本2、啟動[root@centos-mq ~]# echo
  • 使用Docker搭建ELK日誌系統
    之前用本地版本安裝了ELK之後,就沒有再去弄它了。年底沒那麼忙,心裡一直惦記,所以最近又開始折騰了。
  • 搞懂 ELK 並不是一件特別難的事
    ELK部署ELK各個組件的網址可以在官網下載:https://www.elastic.co/cn/或者在中文社區下載:https://elasticsearch.cn/download/註:本次安裝都是採用壓縮包的方式安裝。
  • ELK日誌平臺:安裝配置搭建(1)
    vim  /etc/security/limits.conf#修改* soft nofile 65536* hard nofile 131072* soft nproc 65536*hard nproc 131072vim  /etc/security/limits.d/20-nproc.conf#設置elk
  • ELK 日誌收集系統
    其搭建過程也十分簡單,您可以分分鐘完成 Kibana 的安裝並開始探索 Elasticsearch 的索引數據 — 沒有代碼、不需要額外的基礎設施。    對於以上三個組件在 《ELK 協議棧介紹及體系結構》 一文中有具體介紹,這裡不再贅述。
  • 搞懂ELK並不是一件特別難的事
    本文採用壓縮包的方式安裝,Linux版本,Filebeat-7.7.0-linux-x86_64.tar.gz。_64.tar.gz解壓:tar -zxvf elasticsearch-7.7.0-linux-x86_64.tar.gz建立軟連結:ln –s elasticsearch-7.7.0 es$ES_HOME:/data/hd05/elk/elasticsearch-7.7.0bin: $ES_HOME/bin  #ES啟動命令和插件安裝命令conf:$ES_HOME/conf
  • ELK 是什麼?一文全面了解 ELK Stack 企業級日誌平臺
    soft   nproc     4096切換到普通用戶啟動:[root@module-kzkt-02 bin]# su -elk[elk@module-kzkt-02 logs]$ cd /opt/elasticsearch-5.3.1/bin/[elk@module-kzkt-02 bin]$ .
  • Adobe After Effects CC 2019中文版下載安裝激活教程
    Adobe After Effects CC 2019中文完整版安裝教程 第一步是下載軟體,獲取安裝包
  • Docker實戰之ELK
    /kibana:/usr/share/kibana/config/        links:            - elasticsearch:elasticsearch        depends_on:          - elasticsearch        networks:          - elknetwork