LC-MS/MS作為蛋白組學分析的主要手段，所分析的樣品分子過於微小肉眼不可見，需要藉助色譜圖、質譜圖判斷其表現，但你看到文章裡的質譜圖是否感覺迷惑不解，甚至色譜圖和質譜圖傻傻分不清呢？文章返修編審讓補充的有注釋信息的二級質譜圖究竟是個什麼東東？今天小編帶你一起解密。
我們常說的圖譜分為兩類，色譜圖與質譜圖。色譜圖評價的是母離子在色譜上的表現，質譜圖則是一級母離子和二級碎片子離子在質譜裡的信號表現。這裡小編跟你分享一個區分兩種圖譜的秘密，那便是看橫坐標，橫坐標是時間軸的為色譜圖，橫坐標是質荷比的那就是質譜圖了，不管色譜圖還是質譜圖，縱坐標都是信號強度！
常見的色譜圖有Basepeak圖、TIC圖、XIC圖；質譜圖經常提到的是一級質譜圖，二級質譜圖，b,y離子匹配圖（有注釋信息的二級質譜圖），下面我們逐一看過來。
【色譜圖】
Basepeak 圖：
看到上圖，做過LC-MS/MS實驗的童鞋是不是有一種似曾相識的感覺？你肯定在哪裡見過。
Basepeak圖是色譜分離過程中將每個時間點質譜檢測信號最強的肽段的強度值連續描繪得到的圖譜。圖中峰多信號強說明樣品複雜度高量也足。由於上機的樣品是蛋白質酶解後的肽段，所以如果你要問小編能否將鑑定到的蛋白質在basepeak圖上標出來，答案是不能！！！
TIC圖：
全稱為Total ion chromatogram，即總離子流圖，相比Basepeak圖是用每個時間點質譜信號強度最高的母離子繪製的圖譜，TIC是樣品中所有離子的色譜圖。
XIC圖：
全稱是Extracted ion chromatogram，即提取離子流色譜圖,為某個特定母離子的色譜圖，XIC圖的峰面積可以用於蛋白定量分析。
【質譜圖】
一級質譜圖是一次質譜全掃描內所有母離子的信號分布圖，二級質譜圖是特定母離子在高能碎裂後產生的二級離子的信號分布圖，樣品經質譜鑑定後生成的質譜文件實質是數萬張一級質譜圖和二級質譜圖的疊加。
原始二級質譜圖，如下圖（m/z=377.54），為實際檢測到的二級離子的質荷比的分布圖，只有一個個孤獨的峰，代表一個個孤單的子離子，沒有歸屬，只有將其大小與宗氏族譜（理論的肽段序列碎裂後生成的二級離子分布）匹配後，方能知道其名姓（肽段序列）。匹配後的圖就是文章裡提到的有注釋信息的二級圖，也叫做b,y離子匹配圖。修飾組學及一段肽的蛋白發文章時可能會被要求提供b,y離子匹配圖。
B,y離子匹配圖
將實際檢測到的二級離子的質荷比分布與肽段序列斷裂後理論形成的子離子匹配後的圖譜。
肽段在能量作用下斷裂後會生成一個個b,y離子對。左面的碎片為b離子，右邊的碎片為y離子，以上圖為例，KTQAASVEAVK理論生成的b,y離子對為：
第一個胺基酸與第二個胺基酸中間斷開（K|TQAASVEAVK），則生成b1=K（從左往右數1），y10=TQAASVEAVK（從右往左數10）；
第二個與第三個胺基酸中間斷開（KT|QAASVEAVK），生成b2=KT,y9= QAASVEAVK；其他位置斷開，依次類推……。
本肽段中如果第一個胺基酸K上發生了泛素化修飾（已經標紅），我們應該如何找出該位點被修飾的證據呢？請往下看。（哎哎繼續往下看，別走神兒！）
肽段碎裂後檢測的b3（KTQ）,b4（KTQA）離子可能帶有修飾集團，以b3為例，如果K上發生修飾，則b3的分子量應該比不帶修飾的b3（KTQ）理論分子量（376.22-18.01（QA連接是脫了水的）=358.21）多一個修飾集團glygly-的分子量（114.04），即=358.21+114.04=472.25，而我們檢測到的b3離子的分子量剛好為472.25，說明b3（KTQ）離子攜帶了泛素化修飾集團.因泛素化常發生在K上，推測應為K發生了泛素化修飾。
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