如何用Origin繪製「地圖」插圖?

2021-02-25 基迪奧生物

在生命科學的文章中我們經常會見到「地圖」插圖,它可用來展示取樣地點、種群地理分布、動物的遷徙、昆蟲(帝王蝶,蝗蟲、稻飛蝨等)遷飛、植物病害流行、疾病傳播等等。例如下面這些高分文章的插圖:

 

(Science,2018)

(Cell Research,2016)

(Annual reviewof phytopathology, 2011)

(Nature, 2014)

 

毫無疑問,加入地圖插圖會使文章或演講PPT增色不少,感覺無形中多了一種「全球性「的視野。但繪製地圖插圖絕不是件容易的事,從上面例子中風格各異的插圖可以看出,大家所用的方法「很雜」。

 

我能想到的方法有:截取地圖後用PS或AI做標記(數據較少時),也可用各種R包繪製,甚至動用地理信息專業的軟體ArcGIS等,當然也有人用矢量軟體如 Ai 的鋼筆工具臨摹出可分區著色的矢量圖…

 

今天,給大家介紹個簡單的方法,用Origin繪製以地圖為背景的氣泡圖(類似上面第二個例子)。

 

手頭沒有類似群體研究的取樣地點數據,就以之前的「不同省份引用Omicshare發表SCI的篇數」的數據為例,這裡只用到經緯度數據(省會城市的)和對應的文章篇數(已用淺綠色標記),前者用來確定氣泡在坐標區域的位置,後者決定氣泡的Size(大小),如下圖。。

經緯度數據可在網上搜索下載,也可在在線地圖上手動拾取。

 

將上面的數據,粘貼到Origin的表格中,然後在Plot菜單繪製氣泡圖,方法如下。

數據的選擇添加方法如下圖。

點擊Ok即可完成繪製,雙擊氣泡,可更改氣泡的填充顏色和邊界顏色,不透明度,大小尺度等。氣泡圖就初步繪製好了(如下圖),下面開始添加地圖背景。

 

 

然後,在view菜單下打開Apps(快捷鍵:Alt+9)窗口,點擊Google Map Import app,打開對話窗口。

地圖背景導入使用選框(Area within ROI Box),選框可用滑鼠貼近邊框調整大小,指針在紅色選框區域內拖動,移動選框;指針在紅色選框區域外拖動,移動地圖;滑鼠中間滾輪縮放地圖(可看到不同的層級)。

如果想要精確框選區域,可點擊左上角的經緯度數值,手動輸入經緯度數值,選框大小和位置隨之更改。

 

Map Type有4種類型,這裡選默認的Road Map,大家也可選地形圖、衛星圖等,這裡不做展開,大家可自己探索。

 

Import to(導入到) 選 Graph Background;Label(地名)這裡取消顯示;勾選Rescle Layer by Map,這樣會根據選擇的地圖區域自動調整坐標軸的範圍。最後,點Import as Update將地圖導入到已打開的圖表。雙擊氣泡,根據地圖顏色,再調整下氣泡的顏色和大小(Scaling Factor)等,結果如下圖。

右鍵坐標軸標籤,選 TickLabels,輸入 \(a176) 到 Suffix 框中,給坐標軸標籤加上單位「度」,方法如下圖。

最終的結果如下圖:

在《如何用Origin繪製「聚類」熱圖?》一文已介紹Origin的強大的拓展工具(Apps),如HeatMap Dendrogram 插件。本文用到的插件和示例數據(見下圖)已經上傳到論壇,點擊閱讀原文可以下載。

插件的安裝方法很簡單,只要將.opx的文件拖拽到打開的Origin(注意安裝9.5之後的版本)界面即可完成安裝。

 

Google Map Import使用谷歌的服務,由於眾所周知的原因,安裝之後會出現打開Google Map Import並沒有地圖的情況。

這時不要急,人家考慮到了中國用戶,在只要點Preference按鈕把Word改為China,關閉重啟軟體即可,方法見下圖。

 

今天的內容就到這裡啦~

 

參考文獻

Delgado-BaquerizoM, Oliverio A M, Brewer T E,et al. A global atlas of the dominant bacteriafound in soil[J]. Science, 2018,359(6373):320-325.

 

Wang G D, Zhai W, Yang H C, et al. Out ofsouthern East Asia: the natural history of domestic dogs across the world[J].Cell research, 2016, 26(1): 21.

 

Singh R P,Hodson D P, Huerta-Espino J, et al. The emergence of Ug99 races of the stemrust fungus is a threat to world wheat production[J]. Annual review of phytopathology, 2011, 49: 465-481.

Zhan S, Zhang W, Niitepold K, et al. The genetics of monarch butterflymigration and warning colouration[J]. Nature, 2014, 514(7522): 317

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