MS-06FS 扎古Ⅱ（ZakuⅡ）是對MS-06F扎古Ⅱ進行簡單地改修後得到的機體。機體強化的主要方向是機體的機動性；另外，技術人員在機體的頭部追加了角狀天線，使機體的通信能力遠優於一般的扎古Ⅱ，並追加了4門頭部30mm火神炮。該型機的數量非常少，主要是在MS-06S指揮官用型扎古Ⅱ出場前配給了中隊長級別以上的指揮官使用，如賈比·哈薩德中校、埃裡克·曼斯菲爾德、卡爾馬·扎比、松永真等都駕駛過該型機，其中卡爾馬駕駛的該型機還在U.C.0090年紀念一年戰爭結束十周年的展覽上，被作為展品在紐約被展出。
機體型號 MS-06FS
中文名稱 扎古Ⅱ（指揮官專用機）
機體代號 ザクⅡ（指揮官専用機）
英文名稱 ZakuⅡ Commander Type
機體類型 泛用量產型MS
製造商 吉翁尼克公司
所屬 吉翁
初次配備 U.C.0079
內部環境 標準式駕駛艙
尺寸 頭頂高：18.0米；全高：17.5米
本體重量 56.2噸
全備重量
裝甲材料及結構 超高張力鋼（超硬鋼合金）
固定武裝 30mm火神炮×4；肩盾
選用手部武器 120mm機槍；H&L-SB25K/280mmA-P扎古火箭炮；ZIM/M·T-K175C型175mm無後坐力步槍；MIP-B6裂解手榴彈×4；鐵拳反裝甲炮；熱能斧；120mm突擊步槍
MS-06F 扎古Ⅱ多茲魯·扎比專用型（ZakuⅡ Dozle Zabi Custom）是由吉翁宇宙軍指揮官多茲魯·扎比親自駕駛的專用型MS-06F扎古Ⅱ，其機體特色是華麗的金色雕刻和一個特殊的大型熱能斧。此外，由於多茲魯·扎比的體型龐大，其駕駛艙也進行了特別的擴容（劃重點要考的）。而多茲魯也時常駕駛該機到前線「視察」。
此外，在《機動戰士高達：雷霆宙域戰線》中，隸屬於多茲魯的親衛隊駕駛的也是該型號的扎古，部署在阿·巴瓦·庫要塞內。
機體型號 MS-06F
中文名稱 扎古Ⅱ多茲魯·扎比專用型
機體代號 量産型ザクIIカスタム（ドズル・ザビ専用機）
英文名稱 ZakuⅡ Dozle Zabi Custom
機體類型 改修型指揮官專用MS
製造商 吉翁尼克公司
所屬 吉翁
初次配備 U.C.0079
機師名稱 多茲魯·扎比
內部環境 擴容式駕駛艙
尺寸 頭頂高：17.5米
本體重量 57.6噸
裝甲材料及結構 超高張力鋼（超硬鋼合金）
固定武裝 120mm機槍；大型熱能斧
選用武裝 -
選用手部武器 360mm巨型火箭炮；280mm扎古火箭筒；裂解手榴彈