日本之所以三番五次拒絕回復忽必烈的國書，很有可能是因為當時的幕府並不認為蒙古人所威脅的入侵會成為事實。而無論是公家還是武家，都在忽必烈的國書中找到了很多令他們不滿之處。在日本人眼中，雖然國書表面上語氣溫和，但卻將天皇稱為「日本國王」，顯然是將日本視作了中國的一個冊封王國。自平安時代以來，日本一直拒絕以向中國天子稱臣為代價換取中國對日本國內的正式貿易資格。
如果此時突然對蒙古稱臣，那便將打破雙方對等的外交地位。此外，儘管與南宋之間沒有建立正式的外交關係，但日本對於雙方的經濟、文化交流卻十分滿意，因此沒有任何理由為討好蒙古而背棄正在抗擊蒙古入侵的南宋。
直到1274年之前，幕府的動員令都僅限於九州地區，直到蒙古第一次遠徵後，才開始動員本州的武士前往九州加強防禦。造成這一結果的原因有很多種可能。首先，幕府有可能低估了蒙古人的戰鬥力，或者在下達動員令時仍然沒有足夠認真地對待蒙古的威脅。
另外一種可能就要簡單得多，即幕府認為將東國地區的武士調往九州從後勤角度講很難實現。如何在九州供養、駐紮一支集中全日本軍事力量的大軍對幕府而言本身就是一個問題，一旦戰役演變成持久戰，則問題會愈發嚴重。因此，當1274年蒙古遠徵軍在九州登陸時，鎮守在博多海岸的當地武士便成為了全日本命運的決定者。
在1274年戰役中，所有參與了戰鬥的日本武士均來自於九州當地九州北部的博多之所以成為蒙古遠徵目的地，完全因為其地理位置距朝鮮和中國最近，行動較為便利。自710年起，九州的太宰府就成為了日本對外貿易、交流的中心基地，作為太宰府出海口的博多商業發展也較為興隆。
現今的太宰府市位於福岡縣，與博多毗鄰，而當時的太宰府政廳即位於今天的太宰府市區以內。在710年至1274年之間的幾個世紀間，太宰府附近的山丘上便建有兩座小型要塞，保護太宰府不受外敵侵略。此外，在太宰府與博多海岸之間還設置有被稱為水城的防禦工事，後者在抵抗蒙古遠徵期間也發揮了一定作用。
1196年，武藤資賴以鎮西奉行一職進駐太宰府，管理整個九州，確保當地能夠按照幕府意願行事。1221年，意圖恢復皇權的承久之亂未遂而終之後，幕府為進一步壓制朝廷在九州的勢力，授予武藤資賴太宰少貳的官位。雖然太宰少貳在理論上並非太宰府的最高長官，但事實上由於官位更高的太宰大貳並不會親自到太宰府上任，而只需留在京都，因此武藤資賴便成為了太宰府的實際控制者，並在幕府授意下將全日本的外交事務握在了自己手中。
武藤資賴擔任少貳期間處理了很多外交危機，其中就包括倭寇劫掠朝鮮沿海的事件。對於這一事件，武藤資賴毫不手軟，在高麗使團前往日本交涉期間抓捕了90名海盜，並給予斬首的嚴懲，為日本正規武士與海盜劃清了界限。
到武藤資賴之子資能擔任鎮西奉行時，「少貳」已經被武藤家用作姓氏。忽必烈的國書也由少貳資能送交給鎌倉幕府。同時，資能的兒子少貳經資還是肥前、筑前、筑後以及對馬和壹岐等地守護，不過他本人並沒有直接參與到抵抗蒙古遠徵的戰鬥中。
在前線指揮將士抵抗蒙古大軍的是經資的弟弟少貳景資，他也因此成為了日本歷史上著名的英雄人物。在1274年蒙古第一次遠徵日本時，經資年僅12歲的兒子少貳資時便隨叔父景資上陣殺敵。到1281年時，19歲的少貳資時也成為了一員大將，成為了在壹岐島抵抗蒙古最後遠徵的英雄，為後世的日本武士所崇拜。