以女子的名字命名的回教堂並不多見。19 世紀，哈賈法蒂瑪回教堂由一位女富商捐地興建，故而以該商人名字命名。哈賈法蒂瑪回教堂所在地曾是這位富商的宅邸，但哈賈法蒂瑪回經過幾次盜竊和火災後，她決定搬出此地，並在此興建一座回教堂。
哈賈法蒂瑪回教堂由一位不知名的英國人設計，其獨特的設計將歐式、馬來式和中式建築風格巧妙融為一體，甚是迷人。1846 年建成後，哈賈法蒂瑪回教堂的穹頂呈洋蔥狀，齋戒沐浴區如同馬來族房屋，內部飾有傳統的馬來穆斯林木雕。窗戶護欄格柵、木製品、宣禮塔和屋頂護牆頂部都有中式釉面瓷磚。
但最吸引人的是宣禮塔，就像教堂尖塔。宣禮塔為三層結構，有兩個八邊形塔和一個細長的錐形塔，可媲美首個聖安德烈教堂（後來被當今宏偉的 聖安德烈座堂 (St Andrew's Cathedral) 所取代）。
新加坡的「比薩斜塔」其它歐式建築元素包括宣禮塔的多立克式壁柱，以及柳葉形門框、窗臺和窗戶。多年來，因地基不牢，宣禮塔離中心軸大約偏離了 6 度左右。雖然防護工作有助防止宣禮塔進一步傾斜，但宣禮塔依然明顯傾斜，這讓遊客覺得十分有趣，還將它稱為新加坡的「比薩斜塔」。
該回教堂代表伊斯蘭和歐洲建築的混合，由殖民地建築師湯姆森設計。這座回教堂得名於其捐助者，馬來人女商人哈賈·法蒂瑪。她出生在馬六甲的一個富裕家庭，嫁給了在新加坡經商的蘇拉威西布吉人王子。然而婚姻沒有持續多久，在她年輕時丈夫去世，柔弱的雙肩便扛起了整個家族的興衰榮辱，她開始打理丈夫遺留下來的生意。
回教堂建在爪哇路，哈賈法蒂瑪的故居原址之上。在19世紀30年代後期，有人蓄意在她的宅邸處縱火，但她幸而逃生，後來她將這片區域用於建造回教堂。