話說曾經有一個小林家族是親貓派，親到想將別人家的狗通通都殺光，於是不想自己狗被殺的人們就起來反抗，引發戰爭。還好親貓派的家族出了一個喜歡狗的叛徒琦城，殺掉了大家族的首領，終止了戰爭，恢復了世界和平。
然後過了很多年，一直到這個大家族的新首領小林市長出現後，他決定再次發起消滅犬族的計劃。他派家族的製藥師研發出會讓狗虛弱的犬流感，而且狗會將這種病傳給人類，然後再跟人們說，這種群犬流感沒有解藥的，人得上之後會死的。所以為了人們的健康著想，要頒布法令把所有的狗都驅逐出境。但是愛狗人士的博士和助手呼籲人們不要拋棄對人類忠誠的狗狗，他們會研發出對抗犬流感的解藥的。可是因為怕被犬流感傳染的小老百姓們，不想冒險等解藥研發出來，小林市長就頒布了法令把所有的狗都驅逐出境投放到裝垃圾用的垃圾島上面，讓它們自生自滅。
而少年阿塔裡被表叔小林市長收養。他身邊護衛犬點點在發令頒布之後送到了垃圾島，阿塔裡就自己弄了一臺飛機，飛來垃圾島，想要解救點點。在即將到垃圾島的時候，墜機降落到島上醒來後就發現周圍圍了5隻來關心他的狗，他就拿著照片跟它們打聽是否有見過點點。5隻狗狗表示沒有見過點點，但是他們發現島上有一個打不開的籠子，它們發現的時候，籠子裡面就只剩下白骨了。
少年阿塔裡一看便認出這是關著點點的籠子他拿出鑰匙打開籠子檢查過發現裡面並沒有點點的狗牌。而小林市長得到消息，阿塔裡身陷垃圾島，就以為是身邊的5隻狗綁架了他，就派出了直升機救援隊和機器狗來找阿塔裡。於是阿塔裡對5隻狗說，他是親狗派的，並不想被親貓派的小林家族救回去，所以就拜託他們幫忙趕走了救援隊和智能機器狗，但是5隻狗也因此受傷了。
還好少年阿塔裡除了是個12歲小孩之外，還是飛機駕駛員，馴獸師，獸醫，所以可以幫5隻狗狗治療，順便馴服它們。但是5隻狗中的黑色狗叫首領，從小就是一直流浪狗，對人類一直沒有什麼好感，要不是其他4個夠朋友要幫忙，他根本不想理會阿塔裡，更不想被阿塔裡馴服。它肚子來一邊喝水的時候碰到了美女狗提醒它不能喝工業廢水，不然會死掉。還希望首領能夠幫助阿塔裡，因為狗狗被遺棄垃圾島之後，阿塔裡是唯一一個有良心，上島來尋找狗狗的人類。首領聽了之後覺得有道理，並且希望能夠討美女狗的歡心，所以隔天他和其他4隻狗帶著阿塔裡來找垃圾島上情報資源最多的情報狗打聽消息。情報狗通過他們提供的線索推斷出，點點的狗籠裡面有狗骨頭，可能跟垃圾島南部的原住民狗有關。那群原住民都會吃狗肉，是非常可怕的。
得到線索的阿塔裡帶著5隻狗修好了島上原本廢棄的空中運輸纜車，但是他們乘坐的纜車中途分開走了兩個不同的軌道，導致阿塔木和首領一起，與其他4隻狗走散。降落在島上的另一個垃圾堆，但是很快阿塔裡就發現，這裡以前竟然是遊樂園，和首領培養了感情，並幫首領洗了澡，乾淨後的首領竟然是白色的，阿塔木經過多次訓練後，成功馴服了首領。之後他們找到了走散的其他4隻狗。但是此時小林市長又派了人類的救援大隊和大量的智能機器狗來解救阿塔裡，可是阿塔裡沒有找到點點並不想離開，就大喊救命。
此刻聽到呼救的點點橫空出世，用以前改造過的藏在嘴裡的炸彈牙齒輕鬆炸掉了智能機器狗，並帶著阿塔裡和首領跳河逃走。然後點點就發現首領流血了，驗過血證實首領就是自己失散多年的弟弟。之後帶著阿塔裡和首領來到廢棄工廠。解釋了他來到島上之後的經歷。原來它被丟棄到島上之後就被島上的原住民狗給救了出來，而島上這些原住民狗，是在島還沒有被荒廢之前，被抓到島上，來做不道德實驗的。後來島被荒廢，它們才被留在這裡的，沒有食物的時候才會吃死掉的狗充飢，而武功高強的點點，很快就成為了原住民狗 們的首領，還找到了真愛，在這裡結婚生子。所以它現在想留在垃圾島上，不想跟阿塔裡走了，以後就叫自己的弟弟首領來做阿塔裡的護衛吧。
但接著點點的朋友黑鳥就來通風報信說，小林市長打算毒死島上所有的狗，於是阿塔裡就打算造船離開垃圾島去阻止表叔。另一邊博士和助手也已經順利研發出了治療犬流感的解藥，所以小林市長就把博士給毒死，摧毀研究所，打爛解藥。但是這時一個高中生女孩查處了來龍去脈，就找來博士的助手們，跟她們拿走僅存的犬流感解藥。在小林市長召開記者會說要毒死垃圾島上所有的狗時，跳出來指出，這一切都是小林市長的陰謀，早就有治療犬流感的解藥，而阿塔裡也帶著首領和點點及時趕到，派生病的狗來證實解藥確實有用。還通過演講，喚起人們對狗狗的想念，想起它們對人類的好，希望人們可以將狗狗從垃圾島接回來住。小林市長聽完也是好感動的清醒了過來，原來小林市長就是為了保護狗殺了家族首領的背叛男琦城的後代，他一直是愛狗的，所以送了點點給阿塔裡當護衛。
但是家族的管家和貓族連聯手蠱惑了自己，讓市長想方設法消滅犬族。管家想要強行啟動毒氣來毒死島上的狗，但是阿塔裡和狗狗們都上來阻止，阿塔裡受傷了，失血過多還腎衰竭，於是表叔就捐了一半的腎救阿塔裡。表叔自己則因為政權事件下臺坐牢，阿塔裡醒來後自然的繼承了統治權成為了新首領。