據BBC中文網報導，臺灣的五個「直轄市」表示將與「教育部」「不同步」，拒絕採用經過「教育部」「微調」過的歷史教材。
臺灣的媒體報導說，在出席民間組織—臺灣教授協會對此所舉辦的座談會時、代表臺北、桃園、臺中、臺南以及高雄出席的市政府教育官員均表示反對臺灣「教育部」「微調」之後的高中新課綱。
導致五個直轄市反對的原因據稱是新的高中歷史課本中，去除了發生在1947年的「二二八事件」以及國民黨政府撤退到臺灣之後所實施的「白色恐怖」。
臺灣白色恐怖期間，中共華東局特派員朱諶之被殺害。
表示反對的五個直轄市除了臺北市是由無黨籍的柯文哲執政，其餘四個直轄市市長都是民進黨籍。
與會的直轄市官員說，之前臺灣「教育部」「微調」課綱就是「黑箱作業」，二二八和白色恐怖都是「臺灣的重要歷史事實」不應該刪除。
除了未出席、由國民黨執政的新北市之外，臺灣六個直轄市均表示將繼續使用舊版高中歷史課本。
也有臺灣的歷史學者抨擊「馬英九政府」，指責「教育部」的「微調」就是「要掩蓋當年殘暴統治的歷史」。
但是臺灣「教育部」說，有關二二八和白色恐怖的歷史，學校可以「補充教學」，但是強調「微調」合憲、合法、合程序、將會按時在今年8月新學期「如期實施」。
「教育部」方面也說，制定課綱的權責在中央，而教科書必須按照課綱，課綱已經修正，教科書也必須按照新課綱編印，所以地方政府不能選用舊版的教科書。
二二八事件是國民黨政府在二戰結束、接收臺灣之後所發生的大規模民間反抗流血事件，至今仍然對發生原因和死傷人數各說各話，在臺灣社會有很大的分歧。
白色恐怖則是在1949年國民黨政府撤退到臺灣之後，至90年代解除戒嚴為止所實施的整肅措施，到現在仍有許多受害人下落不明。