1945年10月，針對部分蒙古族上層人士策劃「內蒙古獨立」的情況，中共晉察冀中央局派烏蘭夫等蒙漢幹部赴錫林郭勒盟蘇尼特右旗，改組並解散了「內蒙古人民共和國臨時政府」。同時，中共中央指示,「對內蒙的基本方針，在目前是實行區域自治。
準備建立內蒙自治區籌委會的組織」，開始著手在內蒙古實行區域自治。1945年11月，黨在張家口領導成立了內蒙古自治運動聯合會，統一領導內蒙古自治運動。12月，東蒙成立了東蒙古自治政府。1946年2月中央針對東蒙自治問題指出：「根據和平建國綱領要求民族平等自治，但不應提出獨立自治口號。」1946年3月,中央又對內蒙古自治問題作了進一步說明,內蒙自治政府不是獨立政府，而是民主聯合政府的一部分。1946年4月3日，內蒙古自治運動聯合會和東蒙古人民自治政府的代表在承德舉行內蒙古自治運動統一會議，即著名的「四三會議」，確定內蒙古民族運動的方針是中國共產黨領導的區域自治，結束了內蒙古東西部地區政治上長期分裂的狀況，形成了內蒙古民族解放運動的統一力量。經過大量的準備工作，內蒙古自治區成立的思想、政治和組織條件已經成熟。1947年4月23日，內蒙古人民代表會議在興安盟王爺廟（今烏蘭浩特市）召開，會議討論通過了烏蘭夫所作的政治報告和《內蒙古自治政府施政綱領》、《內蒙古自治政府暫行組織大綱》及《內蒙古人民代表會議宣言》，選舉產生了內蒙古臨時參議會，選出博彥滿都為參議長。1947年5月1日，內蒙古臨時參議會舉行選舉，烏蘭夫當選為內蒙古自治政府主席，同時選出自治政府副主席、政府委員，內蒙古臨時參議會議長、副議長和駐會參議員等30多人，內蒙古自治政府宣告正式成立。5月19日，毛澤東主席、朱德總司令來電祝賀內蒙古自治政府成立。內蒙古作為中國少數民族第一個實行區域自治的民主政府，為其他少數民族的解放鬥爭樹立了成功的典範。1949年12月2日，中央人民政府決定將內蒙古自治政府改稱內蒙古自治區人民政府。