第九 猿猴獸與熊仔獸有什麼關係？
我們大陸翻譯一般是悟空獸或猩猩獸，在臺灣也有是猿公獸的說法。官方給出的圖鑑說它是：突然出現在數碼世界真身不明的數碼獸。自稱「數碼獸之王（King ofDigimon）」，其戰鬥力超乎想像。傳聞他暗中操縱著那個神秘數碼獸「門左衛獸」。包裹身體的是能抗下一切攻擊的強化猴子套裝，為了無止盡的戰鬥今天也在滿世界奔波。必殺技是讓敵人的內心飽受煎熬，讓戰鬥意識消失的「愛之小夜曲」，以及讓所觸之物全部消失的黑色球體「黑暗之靈」。
這裡說的幾點都讓這隻數碼獸顯得很是神秘，操縱著神秘數碼獸「門左衛獸」，我們習慣稱呼為「熊仔獸」，而且熊仔獸的介紹是背後的拉鏈好像有人鑽進去操控了一般，猿猴獸腰間的熊仔獸玩偶據說是熊仔獸送給它的禮物；類似的，熊仔獸還有一個變種「惡霸熊仔獸」，而鋼鐵猿猴獸恰好腰間也有一個「惡霸熊仔獸」的玩偶
他們之間到底有什麼聯繫，而且猿猴獸和鋼鐵猿猴獸的實際上都是套裝，他們的面目就和熊仔獸一樣是一個迷麼？除此之外，猿猴獸在被機械暴龍獸打敗後去的扭曲時空又是如何回到數碼世界並進化成鋼鐵猿猴獸的呢？
第八 婆婆獸和公公獸的打鬥由來是什麼？
圖鑑的介紹說其是婆婆樣子的古代型數碼獸。傳言薔薇獸受到詛咒而變成了這幅姿態。必殺技是「皇后陰霾」，將右手所持的魔法掃帚一揮就能消除邪惡病毒。
如果我們真的拿薔薇獸來對比的話就會發現，胸口佩戴著刻有象徵愛與美標誌的寶石「提法雷特」，據說擁有提法雷特的人，能獲得永久的美麗與強大。在薔薇獸的胸前寶石散發著紅色的光芒，而婆婆獸的胸前佩戴的寶石和薔薇獸竟然是一樣的，唯一區別是象徵著青春永駐的紅色光芒消失殆盡，只剩下灰白色。從這裡，我們能否確認婆婆獸就是薔薇獸被詛咒的狀態呢？
與之相對的還有公公獸，公公獸在數碼獸的設定裡是和婆婆獸一同出現，並且兩人經常打架。公公獸的技能死亡懸掛描述為一瞬間傳送擁有邪惡之心的數碼獸體內的時間，使之老化的技能，感覺和力量都退化了，壽命盡被破壞
這和婆婆獸的技能剛好形成對應，他們到底發生了什麼事情才會變成後來的這種情況呢？另外從進化線來看公公獸是由猿猴獸進化而來的，這讓我們對猿猴獸又多了一份疑問。
第七 天使獸各進化形態實力定位問題
在數碼寶貝大冒險第一部中，天使獸打敗了惡魔獸。惡魔獸原本為閃耀光輝的天使係數碼獸，在數碼世界黑暗區域墮落成墮天使。雖然這裡並不能確定惡魔獸就是天使獸的墮落形態，但是天使獸能直接打敗曾經墮落（變強？）戰友的惡魔獸，在某種程度上簡直就是bug的存在。
之後在對陣戰鬥暴龍獸和鋼鐵加魯魯都不敵的小丑皇時候，天使獸進化神聖天使獸直接一招天國之門，完全體就這樣打敗了究極體的小丑皇。除此之外，天國之門這一招並不是消滅小丑皇，而是將對手封印到另一個地方，這個地方到底是在什麼地方，有沒有可能解開封印呢？
在無限地帶部分，天使獸的究極體被成為0勝率獸，直接被成熟期的銀鏡獸秒殺，所以說，天使獸進化鏈的實力到底如何，這一直是一個迷。
第六 迪路獸的神聖環有什麼用？
迪路獸的介紹裡談及尾巴上戴著的神聖環，稱其為神聖系的證明。不過如果這個神聖環丟失，他的力量就會下降，無法發揮原本的實力。
迪路獸的進化體為天女獸或墮落進化為妖女獸，與之相對的還有一種據說是稀有的迪路獸病毒種那就是黑迪路獸，黑迪路獸是直接進化為妖女獸的，它和迪路獸的區別僅僅在於尾巴上是否佩戴有神聖環，那麼我們能否理解為當迪路獸沒了神聖環，會不會導致迪路獸墮落為黑迪路獸？
第五 天使型數碼獸的墮落形態
在最新的「數碼獸大冒險tri.」中緬因貓獸最終墮落進化為拉貴爾獸，拉貴爾獸是拉結爾獸的病毒種墮落形態，後來還和神聖天女獸的墮落形態合體成了秩序獸。
我們還可以知道惡魔獸本來和天使獸一樣是閃耀光輝天使的一員，後來在黑暗之海墮落為惡魔獸。
官方圖鑑表明，究極天使獸獸和神聖天女獸在墮天后會變成究極魔獸和莉莉絲獸。
無限地帶裡光明獸決定討伐大德拉庫獸，它與一幹天使型數碼獸前往黑暗區域，意外的是，大德拉庫獸擁有蠱惑的能力，光明獸和一幹天使型數碼獸全部墮天。光明獸因此進化成了光明獸的墮落形態。
墮落形態看起來是實力大增的表現，但結合前面對天使獸的疑問，墮落形態到底有著怎樣的後果我們還不得而知。
第四 啟示錄獸到底有沒有被消滅？
在動畫中為了劇情需要，啟示錄獸被稱為因負面的想法、黑暗力量聚集而出現的神秘數碼獸。而在數碼獸小說版設定中啟示錄獸是數碼世界曾有的「不進化的概念」。為了讓這個概念渲染整個數碼世界，它吸收「在進化途中消失的物種的絕望」和死去的數碼獸的數據為力量而誕生，是奧米茄獸的死敵。
啟示錄獸在被打敗後，他的怨念生成了梅菲斯獸出現在馴獸師之王的劇場版裡被奧米茄獸追殺，梅菲斯獸最終再次進化為深淵獸，官方圖鑑介紹說深淵獸潛藏在黑暗區域的最深部，出現在地上的時候會進行巨大的破壞。下半身有著吞噬所有物體的嘴巴，會將吞下的數碼獸的核心破壞掉。
啟示錄獸是否真的被消滅了，他所在的黑暗區域（黑暗之海）又是什麼地方？
第三 大德拉庫獸與墮天之謎
被默認為吸血鬼數碼獸之王的魔獸數碼獸。從古代就在黑暗區域建了城堡，據說擁有就算是七大魔王也不能奈何的引以為豪的強大力量。大德拉庫獸所發出的聲音具有「迷惑」的效果，六翅獸曾帶領天使閃耀團前來討伐，然而最終結果是來討伐他的所有天使數碼獸全部都墮天（Fall Down）了，包括六翅獸，比如我們熟悉的惡魔獸應該也是其中墮天的一員。
傳說他擁有不死之身，與數碼世界產生出黑暗區域的緣由有某種關係，知曉神秘進化「Death-X」的真相，但想走進他的城堡本身就已經很困難了，因而想向他詢問這個謎更是難上加難。
第二 黑暗之海隱藏的秘密
位於數碼世界更深層的世界。是和現實世界與數碼世界平行的世界，不過時常有因相位偏差的產生而闖進這片海的人(一般認為闖進的主要是像八神光和一乘寺賢一樣對光和暗的力量敏感的人)。賢推測那是「集中了人類負面感情的世界」。一乘寺賢將他的神聖計劃一代浸入這片海而改變成了黑色的D-3，此後成為暴龍改造者，及川悠紀夫從這個世界得到了黑暗塔的數據。
數碼寶貝大冒險第二部中的一個boss究極魔獸對數碼世界的善之存在（恐怕是構築了數碼世界的人類）發動了來勢兇猛的反叛進攻，他們發誓有朝一日要徵服數碼世界，向善之存在復仇。究極魔獸並沒有被一乘寺賢消滅而是被封印在了黑暗之海。但問題是究極魔獸原本就可能來自黑暗之海，它原本與惡魔獸等同為天使型數碼獸，還是其中等級特別高的存在。極有可能是在同六翅獸那次討伐大德拉庫獸下墮天的究極天使獸的一隻，這可能也能解釋六翅獸墮天的真正原因：得知自己只是人類世界創造的數據。但這也僅僅只是猜測而已，黑暗之海到底是一個怎樣的存在，裡面極有可能涉及到數碼世界的最大秘密。
第一 千年獸的無限循環
在數碼寶貝的世界裡，充斥著秋山遼和終極boss千年獸相殺的故事。
千年獸是由基米拉獸和無限龍獸融合而成的究極體，他基本上不會被消滅，因為他的技能和進化都是穿越時空的。在千年獸的內心存在著沒有固定身形的黑暗精神體月之千年獸，因為沒有實體所以不受任何物理攻擊傷害。就算打敗了千年獸，倒下的真身會分離並超越時間和空間復活。
數碼獸大冒險第二部中一乘寺賢回憶中出現了秋山遼的身影。那時候一乘寺賢的神聖計劃和太一他們一樣屬於第一代神聖計劃持有者，他和秋山遼一起被選召到了數碼世界，最終秋山遼打敗了千年獸，但千年獸臨死之際將黑暗種子——也就是他自己的數據植入了一乘寺賢體內，也因此，一乘寺賢成後來成為了暴龍改造者，製造出了基米拉獸，吉米拉獸在被打敗的時候穿越時空和第一部的黑暗四天王無限龍獸再次融合復活成千年獸，出現在時空裡。
從這點來說，千年獸是一個死循環。成為暴龍改造者的一乘寺賢去了黑暗之海並且在黑暗之海的影響下使得第一代神聖計劃變化成了第二部中的D3形態，這些謎團同時囊括了黑暗之海和千年獸，至今仍是最大的謎團。