7月26日下午，臺灣「國史館」網站宣布「臺北及新店閱覽室自8月1日起停止閱覽服務」，進行為期約一個半月的整修；在整修完成後，同步調整閱覽規則。
新規則規定，以所謂「平等互惠原則」為由，拒絕大陸及港澳地區學者調閱館藏資料；若是臺灣人士則改為延長審核時間的申請預約制。臺灣學者若要查看則需提前15天申請，30天內回復。
此新規引發兩岸乃至全球學者的激烈批評。8月2日起，臺灣學術界發起「捍衛學術自由·反對閱覽新制」的全球學者聯署活動，現已得到美國、英國、日本等世界各地學者、各界人士的支持。
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截圖來自臺灣「國史館」官網。上為吳密察出任館長後頒布的規定，下為此前舊規定。「大陸先不讓臺灣人看」？對此新規，臺灣「國史館」現任館長吳密察給出的理由是，國史館過去並未落實檔案管理局規範，對調閱檔案與閱覽對象設限是「回歸法制」，他表示願意推動解套，以「平等互惠原則」，與南京的中國第二歷史檔案館進行「機關與機關」的檔案交換閱覽。
也就是說，臺灣「國史館」不對大陸和港澳學者開放，是因為如第二歷史檔案館這樣的大陸機構並未對臺灣開放資料查閱，因此不符合新規中可以查閱的第三類對象，即所謂「平等互惠之外國人」。
平等互惠，作為外交術語，顯然是指國與國之間的關係。但是臺灣在國際「外交」場合能夠使用「平等互惠」的涵義非常有限，因為目前仍與臺灣當局保持有「邦交關係」的國家並不多。按照推論，「國史館」以此來拒絕臺灣本地之外的人士調閱資料，那就不應該單單針對大陸及港澳地區人士。
顯然，吳密察這裡更多是將「平等互惠」解釋為一般字面意思，「你讓我看，我讓你看，就是平等互惠」。但是，無論是南京的第二歷史檔案館，還是大陸的其他學術機構，都沒有單純禁止臺灣地區人士調閱資料的規定。臺灣學者到大陸學術機構無法查閱的資料，大陸和其他國家、地區學者也同樣無法查閱。
臺灣「中研院」近史所研究員朱浤源表示，大陸圖書館並未限制臺灣學者調閱數據，一般省級圖書館都可查閱，中國第二歷史檔案館最近雖因數位化作業對全球封閉，但非僅對臺灣，數位化完成後也會開放。相比之下，臺灣「國史館」限制陸港澳學者，就是「政治理由而非行政理由」。「國史館」過去也都依照全球學術機構慣例，資料對全球開放，但現在似乎借行政理由刻意限制大陸學者，這是「國史館在搞政治」。
臺灣「中研院」臺史所所長謝國興則在Facebook上質問吳密察，「我從未聽說臺灣與任何國家間定有類似協定，因此依法只說太過勉強。」
年輕學者研究或受阻臺灣「國史館」收藏有大量民國初年、抗戰時期國民政府檔案，其中鎮館之寶「大溪檔案」收錄了蔣介石親批文件、對外電文、書信等重要史料，1995年由「國史館」接管後正名為「蔣中正總統文物」，是兩岸研究中國現代史學者的重要學術資源。
浙江大學蔣介石與近現代中國研究中心主任陳紅民對澎湃新聞記者表示，他個人和浙大蔣研中心的同仁對於臺灣「國史館」這種「開倒車」的行為堅決反對。
從個人經驗看，陳紅民認為，30年來海峽兩岸在學術交流和資源共享方面，可以用「親密無間」來形容，「學術交流上已經沒有任何的界限了」，「國史館」更是這方面的典範。「我們以前還總是拿呂芳上（『國史館』前館長）時代的『國史館』作為典範，批評『調查局』、『國防部史政編譯室』不夠開放，希望它們向『國史館』學習，結果沒想到『國史館』倒退得這麼厲害。」
在陳紅民看來，臺灣「國史館」此舉完全是政治原因，「它裡面的檔案資料這麼多年該看的都看過了，根本不涉及保密性質。」所以對於比較資深的兩岸學者，臺灣「國史館」的新規影響並不會特別大，「但對於年輕學者，尤其是亟須查閱相關資料完成研究的學者來說，那可能就是個很大的問題了。」陳紅民告訴澎湃新聞。
鉗制學術交流，全球學者抵制新規臺灣「國史館」新規對於學術研究開展帶來的不便和傷害是一個問題，更重要的，在很多學者看來，此舉所釋放出來的信號——因政治因素鉗制學術交流，才是讓他們最為擔心的。
中國社科院近代史研究所研究員楊天石評價臺灣「國史館」的新規為「倒行逆施」，認為不僅會危害到兩岸正蓬勃發展的民國史研究，同時也會給兩岸關係、兩岸人民的情誼帶來傷害。
楊天石告訴澎湃新聞記者，檔案資料的開放與共享是當下全世界學術機構的通行原則和普遍做法，而且會越來越開放。
楊天石表示，臺灣「國史館」新館長的理由完全是謊言。「他說『平等互惠』，但是能夠和臺灣談得上『對等邦交』的也就那麼20幾個小國，按照這個邏輯，美國、日本也應該和大陸一樣是被拒絕的。」
「再說大陸學術機構，包括大學圖書館、各省市圖書館、一檔、二檔，都從來沒有單獨針對臺灣學者設置限制和障礙。二檔館長告訴我，就在前幾天，還有兩個臺灣學者在二檔查資料。如果有天大陸學術機構真的跟你談『對等』，也禁止臺灣學者調閱資料，那對臺灣的學術研究，尤其是年輕學者的發展不也是一大阻礙嗎？」
學術界普遍認為，這種站不住腳的理由背後，是政治對學術的鉗制，擔心「今日是國史館，明日可能會有另一個效仿之館」。因此在8月2日，臺灣學術界發起「捍衛學術自由·反對閱覽新制」的全球學者聯署活動，現已得到美國、英國、日本等世界各地學者、各界人士的支持。
楊天石認為，聯署活動說明全世界學者都看到了新規的錯誤和危險，他相信事情會出現轉折，也希望新任吳館長能夠「懸崖勒馬」。
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