但與此同時，大蛇丸正在暗地裡醞釀著陰謀，那就是聯合砂忍者村一同襲擊木葉。鳴人在正式考試的第一場擊敗了人稱天才的日向寧次，向大家證明了自己的實力。
但在考試中途，音忍和砂忍們開始向木葉忍者村發動攻擊，考試也被迫中止。大蛇丸向第三代火影發起挑戰，在一場激戰過後，第三代火影戰死，而大蛇丸也付出了失去兩隻手臂的代價，被迫撤退。
鳴人則與砂忍者村派來的「兵器」我愛羅交手，並打敗了我愛羅。木葉忍者村由於大蛇丸的陰謀而受到極大的損傷，就在此時，已經叛離木葉的宇智波鼬突然現身。鼬是佐助的哥哥，曾經將一族的人們全部殺光而離開村子，這次他與霧忍者村的幹柿鬼鮫一同來到木葉，似乎是以鳴人體內的九尾作為目標，並且是受到名為「曉」的組織的命令。
佐助得知鼬回到村子，向鼬發起挑戰，但卻遭到慘敗。此後，自來也為了尋找新任火影的候補人選綱手，同時也為了幫助鳴人修行，而和鳴人一起外出尋找綱手的下落。
大蛇丸找到綱手，希望她能治療自己的雙手，並提出可以讓她再次見到她最重視的兩人的條件。
綱手為此猶豫不決，這時鳴人和自來也找到了她。綱手對繼任火影一事心灰意冷，但她看到鳴人為了成為火影的夢想而刻苦修行的樣子，也逐漸改變了想法。之後綱手拒絕了大蛇丸的請求，昔日的三忍展開激烈的戰鬥，鳴人也終於練成了自來也所傳授的螺旋丸，打敗了大蛇丸的隨從兜。