中國臺灣地區商標註冊採取「申請在先」原則，但某些情況下，也可以按「在先使用」主張商標權。因臺灣的商標註冊保護體系獨立於大陸，如大陸申請人想在臺灣獲得商標保護，需去臺灣單獨申請。
順利情況下，臺灣商標註冊申請大概6~8個月可以審查完畢。申請需要提交如下文件：
1. 委託書彩色掃描件（如委託書為總委託，同一申請人如再次委託同一代理人辦理其它商標業務不必再提供委託書）；
2. 營業執照副本複印件（大陸申請人需提供；須由申請人加蓋公司章及其法定代表人籤名或加蓋私章）；
3. 優先權證明文件（主張優先權時需要）。
臺灣接受一標多類申請和一標一類申請，規費按類別收取。以下是一標多類申請和一標一類申請的利與弊供參考：
一標多類申請：
缺點：一標多類申請，因臺灣沒有部分核准/駁回的規定，指定商品有部分不予核准時，如未辦理分割或減縮商品申請，整個商標申請將不準註冊；辦理分割申請，需繳納分割費用。
優點：一標多類申請，取得註冊後籤發的註冊證只有1份。若辦理變更或轉讓申請，只要繳納1份規費即可。
一標一類申請：
缺點：一標一類申請，取得註冊籤發的註冊證為每類1份，若辦理變更或轉讓，須按類別數量繳納規費。
優點：若僅轉讓部分類別，一標一類申請的不必辦理商標分割，因此也節省分割費。
商標申請遞交後，臺灣官方不發給商標申請受理通知書。臺灣智慧財產局會開立規費收據，該收據上列明商標名稱、商品類別、申請日、申請案號，該收據即相當於大陸商標局籤發的受理通知書。經過實質審查後，智慧財產局若駁回了商標申請並下發駁回通知，申請人有兩種應對方案：一是提意見書進行答辯，二是減縮商品。
臺灣地區採用先核准註冊發證、再公告異議的程序，與大陸的商標申請流程相反。因此，商標申請人在領取商標註冊證後，還應密切關注商標在異議期的動向；若商標在異議期內被提異議且異議成立，即使已領取註冊證書，商標將無法生效。
臺灣商標申請規費分兩次繳納，即申請之時和獲準註冊之時。通過電子或紙質兩種方式提交的規費有所不同。詳見下表：
為鼓勵申請人使用電子方式遞交申請，以促進商標註冊申請加快審查，臺灣智慧財產局實施「快軌機制」，該機制已於2020年5月1日起試行。只要符合下列條件的申請，其審查時間將比一般商標註冊申請提早約2個月。
「快軌機制」條件：
1. 電子方式提交申請；
2. 商標為平面普通商標；
3. 指定的商品或服務名稱全部與臺灣智慧財產局電子申請系統參考名稱完全相同；
4. 利用約定帳戶扣繳申請規費；
5. 委託代理人提交商標申請的，同時也提交了委託書。
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