9月4日，今年第21號颱風「飛燕」強勢登陸日本，帶來強風和強降雨。此為本世紀登陸日本的最強颱風，也是首個被認定為「超強」級別的颱風。
大阪地區出現最大風力達到47.4米／秒的15級大風，中心氣壓達950百帕，此為57年來最強風力。因受颱風影響，大阪關西機場與市內連接橋被撞後封閉，海水倒灌入機場跑道，關西機場關閉，全部航班取消。9月6日凌晨三點，日本北海道地區發生6.9級地震，深度約40公裡。地震造成百餘人傷亡，多處建築物損壞和山體滑坡，札幌等多數地區大面積斷水斷電，札幌千歲機場候機樓多處牆壁受損，機場緊急關閉。三天內日本兩個旅遊城市連續發生自然災害，導致大量中國旅客滯留日本。
危急關頭，作為中日航線最大承運人的東航心系旅客安危，迅速啟動應急預案。從9月3日開始，東航嚴密監控天氣變化，連續召開多個應對會，根據颱風走勢作出航班調整研判，提前做好旅客服務保障預案，東航官網、APP、M網站、微博等發布渠道緊隨航班調整決策，實現及時發布、滾動更新，第一時間將航班調整信息告知廣大旅客。東航駐日本的大阪營業部、名古屋營業部、札幌營業部等多個營業部緊急響應、積極應對，克服種種困難，盡最大努力幫助滯留旅客回國。
9月5日，在收到大阪關西機場最早會在9月12號重新開啟的消息後，東航被迫取消9月12號之前的所有涉大阪的航班。隨後，東航在海內外官網、APP、微博、公眾號等六大渠道上發布「航線處置緊急通知」，為旅客提供退改票方案，東航和旅客一起共同應對突發災害帶來的困難。東航決定，所有受影響、未使用航段按非承運人原因實行非自願退改籤處置，旅客可選擇改由乘坐東京、名古屋等地始發航班回國。為確保退改籤政策有效實施，東航駐日本營業部還於5日晚上舉辦情況說明會，面向代理人說明目前機場、航班、旅客退改籤的最新消息，讓旅客能夠及時獲得退改籤服務。災害面前，東航駐日本一線員工急旅客之所急，堅持真情服務，加班加點，全力奮戰在服務旅客最前線。
連日來，東航在日營業部源源不斷地將各個機場的最新情況發回上海總部，東航特別成立大阪、札幌機場關閉應對工作組，綜合天氣、機場重新開放時間等各個因素動態調整決策，每日更新運行動態。由於大阪機場航班停運，大部分旅客就近改至名古屋中部機場。9月6日，東航迅速研究制定臨時加班航班計劃和機型放大計劃。東航把原來執行任務的A320小機型換成A330大機型，平均每個航班能夠多拉130人左右，通過這種方式，以最快的速度運送滯留旅客回國。
根據東航9月7日的運行決策，9月11日（含）以前的大阪航班都已取消，9月7日至11日，增加13班上海、北京等地往返名古屋的加班航班；國內飛往名古屋、岡山的正班航班共計36個航班臨時換大機型執行。另外，9月8日開始札幌機場重新開放，東航正班航班MU279/280（浦東-札幌-浦東）臨時更換為A330大機型來執行，當天還有一半補班航班MU279D/280D從浦東飛往札幌接運旅客。
根據最新消息，9月7日當天，因此次颱風和地震影響，東航頭3班赴日的臨時加班航班已經順利執行完畢。三個航班幾乎是「空機」飛往日本的，回程MU7078（名古屋-浦東）航班搭載127名滯留旅客於當天15:16分抵達浦東，第二架MU7080（名古屋-浦東）航班搭載89名旅客於16:05安全抵達。第三架執行MU7088航班於18:10分抵達北京首都機場。
9月8日的札幌機場國際候機樓裡已是人山人海，東航浦東飛往札幌的MU279航班已於上午8時46分起飛。