從日喀則向西，翻越錯拉山，南行60公裡，便到薩迦縣。藏語中「薩」是土的意思，「迦」是灰色的意思。薩迦，是「灰色的土地」。薩迦原有南北兩寺屹立在仲曲河兩岸。北岸一寺建於公元1079年，因寺址在「灰土」山上，所以寺也以「薩迦」名之，作為寺主的教派也以「薩迦」命名。
13世紀中葉，薩迦教派在西藏勢力大、影響深遠。薩迦昆氏家族的第六代子孫薩迦貢嘎堅贊，在公元1240年奉元朝宗主之召到涼州，經過協商，西藏正式列入祖國版圖，西藏歸順元帝國之後，結束自吐蕃王朝滅亡以後的近400年混亂局面，建立了吐蕃以後的第二個統一王朝——薩迦王朝，到了薩迦家族的第八代子孫八思巴 （藏傳佛教薩迦派的第五代祖師）的時候，元朝皇帝忽必烈於1260年加封他為國師，賜玉印。1264年他領總制院事，管理全國佛教及藏族地區事務。1269年他獻所制蒙古新字（是為「八思巴文」）。1270年升號「帝師」，統領西藏13萬戶。1276年自任薩迦寺第一代法王，任命「本勤」統領西藏13萬戶，僧俗、軍民兼攝，是西藏實行貴族僧侶統治之始。 八思巴執政後，為弘揚薩迦教派，他委託薩迦本欽於1268年主持修建薩迦南寺。今天，北寺已蕩然無存，而南寺卻保存十分完整。薩迦寺是一組輝煌耀眼的建築群，殿閣嵯峨，樓臺錯落，四周築有朱紅色圍牆，牆上有黑、白、紅三色線條，據說是薩迦教派的標誌，圍牆上還築有四個角樓和多人城堡。整個寺院布局均衡，氣質古樸，氣勢宏偉，酷似北京的紫禁城。全寺建築面積5500平方米，殿高三丈有餘。大殿由40根木柱支撐，最粗一根三人才能合抱，長6米多，名叫「加拉色欽嘎娃」，意思是「內地元朝送的柱子」。人們把薩迦寺看成是中央在西藏地方的象徵，把元朝送的那根柱子稱為忽必烈柱。傳說，當年忽必烈賜梁柱的時候，八思巴為其路遙難運發愁，忽必烈看透了他的心思，便說，愛卿不用發愁，我擇吉日良辰，為汝水路運到。八思巴回到西藏後便派人到湖邊，準備迎接忽必烈送來的寶柱。到了這一天，忽必烈早晨把柱子扔下東海，傍晚就在薩迎的丹增湖面浮現。於是，八思巴就舉行了隆重的上梁儀式。
薩迎寺以金碧輝煌的大經堂為主體。大經堂高約10米，長70多米，寬近40十，可同時容納700多喇嘛念經。經堂四壁，有巨幅彩色壁畫，不僅有根高的藝術價值，而且題材廣泛，內容豐富，堪稱西藏歷史的一部「百科全書」。
薩迦寺素有西藏「敦煌」之美稱。寺內經書約有10萬卷，大部分是比薩迦王朝還早的手寫本。這裡有世界上「最大的經書」——《布德咖龍》，長1.34米，寬1米多，厚67公分。還有「最早的經書」——貝葉經（20卷左右），每片葉約4釐米長、4—6釐米寬，距今約2000年。
薩迦寺還有一個「寶櫃」，內珍藏著各種文物。有自元朝以後歷代皇帝賜給西藏地方僧俗要人的封詔、朝服、金印、佛像、法器、經典等。寺內藏有一套八思巴與忽必烈會晤的唐卡 （軸畫卷）。這套畫每一幅都充滿了濃烈的宗教氣氛。因此，當畫幅展開時，圍觀的藏族信徒，一見畫面就倒地磕頭，並用腦袋去挨一下畫幅，這大概是意味著摸頂吧。