海底遺蹟是海底存在的一些古時代遺留下來的建築藝術，是大陸沉沒導致永埋海底的。地球歷經了無數次的地殼變動、火山爆發、洪水、冰河等變化，億萬年來幾經浮沉，才形成今日我們所看到的地理環境。史前時代人類曾經有文明，經過天然災害侵襲，只留下部份遺蹟在地形變動或海水上升後，沒入海底而得以保存。
我們所居住的這個地球，並不是一開始就是現在這個樣子的，而是歷經了無數次的地殼變動、火山爆發、洪水、冰河等變化，億萬年來幾經浮沉，才形成今日我們所看到的地理環境。以日本的「親潮古陸」為例，這片離日本海溝僅90公裡，深達2600公尺的地方，在六千七百萬～二千五百萬年前竟是高聳在日本列島以東120公裡的太平洋海面上。所以，我們不難想像，如果史前時代人類曾經有文明，那麼很可能一度、甚至幾度毀滅於天然災害侵襲，只留下部份遺蹟在地形變動或海水上升後，沒入海底而得以保存。
日本與那國島海域遺蹟
被稱作「天然之城」的日本與那國島
半個世紀前，在日本琉球群島的與那國島（Yonaguni）南端，潛水員們在海底潛水時發現了人造建築物的遺蹟，包含被珊瑚覆蓋的方形結構物、巨大帶稜角的平臺、以及如街道、樓梯及拱門狀的建築等。這可說是一座像是祭壇之類的古城遺蹟，其範圍東西長約200公尺，南北寬約140公尺，最高處約達26公尺。
日本琉球群島的與那國島海底遺蹟中帶有平整、呈直角的階梯建築與那國島海底遺蹟中築有階梯的巨大平臺。
一九八六年，當地的潛水員將這座海底城命名為「海底遺蹟潛水觀光區」，經過報導之後引起了世人的注意。其後琉球大學成立「海底考古調查隊」開始長達八年的調查，包含在石桓島東南至東西方沿岸的海底，又陸續發現各種石砌建築、柱穴、人頭雕像、拱門、石器及幾何圖形的海龜雕塑等。另外還發現「＋」、「V」等形狀的線刻文字，與一個直徑76公分長的牛隻形狀的石頭雕刻。
處往下看，遺蹟的四周圍有市街、農地，最大的一處遺蹟全長100公尺、高25公尺，由巨大的巖石所築成。據琉球大學「海底考古調查隊」以計算機合成方式繪製的立體圖顯示，該遺蹟可能是古文明居民聚會祭拜的神廟。神殿北面有二個半圓形的柱穴，考古學家認為是舉行儀式前沐浴之處，而神殿東方有拱形城門，城門附近有兩塊重疊巨石，上方留有長方形人工雕孔，據推測應為經過加工而成的城堡的基石。
此外也在與那國島東南海岸著名的「立神巖」下方海底，發現高達數公尺的人頭雕像，其五官及臉孔清晰可辨。稍後在附近的「石碑巖」巨石上，發現了一些無法解讀的類似文字的雕刻痕跡。
與那國島海底高達數公尺的人頭雕像長度超過十公尺的「石碑巖」上面發現無法解讀的，類似文字的雕刻痕跡。
琉球大學地質地球科學系木村政昭（Kimura Masaaki）教授在一九九九年九月接受訪問時，表示遺蹟以目測即可清楚的辨識是由人工完成的組合。各種證據都顯示遺蹟的確是人造的，包含四周街道的分布，以及階梯呈直角狀的平坦接面，石塊上圓形的孔穴極似以石柱插入後遺留的痕跡等。而人造物及象形文字的發現，更證實與那國島南方的海底遺蹟，確實是人類文明的遺址。
美國波士頓大學修奇（Robert Schoch）教授潛水考察遺蹟後表示，這一系列由一公尺高的石塊組成的巨大臺階，應是一種階梯式金字塔。雖然可以假設石塊破裂後經由水的自然腐蝕可以產生這樣的結構，但他從未發現有什麼過程可以產生這樣鋒利的階梯斷面。倫敦大學的考古學家摩爾（Jim Mower）說如果這個遺址確實為人造的，建造者至少有如美索不達米亞及印度河古文明的文明水平。
東京大學海洋研究所石井輝秋（Teruaki Ishii）助理教授指出，這個海域所在的陸地露出地面的時間，至少是萬年前最後一次冰河期的事。而以現代科學的認識來看，萬年前的人類還處於原始人追著野獸跑的石器時代，根本沒有能力建造這種建築物。有人認為這很可能是一個不為人知的人類文明留下的證據。我們不禁要問：是否真有繁榮先進的古代文明？日本的海底遺蹟是一個特例嗎？
除了與那國島南部之外，在與那國島最西端的西崎海域也有重大的發現。一九九○年潛水人員在西崎海域海底，發現了一個以巖石堆砌的龐大金字塔。這個金字塔型結構寬一八三公尺、高二七四三公尺，由長方形的巨石構成，總共有五層。而大金字塔附近還發現幾座小的石墩，形狀類似於大金字塔，是由石板拼成階梯狀的袖珍金字塔，寬約十公尺、高二公尺。
參與研究的琉球大學地質學家判斷這個建築是人工產品，並非自然產物，否則應該有經過腐蝕而成的碎片聚集其上，但是完全沒有找到這樣的石塊碎片。此外金字塔周圍有類似街道環繞的遺蹟，也顯示這不是大自然產生的。美國波士頓大學地質學者潛水考察後也表示，這一系列由一公尺高的石塊組成的巨大臺階，應是一種階梯式金字塔。雖然可以假設石塊破裂後經由水的自然腐蝕可以產生這樣的結構，但他從未發現什麼過程可以產生這樣鋒利的階梯斷面。倫敦大學的考古學家則表示建造者至少有如美索不達米亞及印度河古文明的文明水準。
據東京大學地質學教授指出，這個海域所在的陸地露出地面的時間，至少是萬年前最後一次冰河期的事。而以現代科學的認識來看，萬年前的人類還處於原始人追著野獸跑的石器時代，根本沒有能力建造這種金字塔型建築物。有人認為這很可能是一個不為人知的人類文明留下的證據。我們不禁要問：是否真有繁榮先進的古代文明？而日本的海底遺蹟難道是一個特例嗎？
神秘的臺灣澎湖虎井、東吉嶼海底古城牆
據臺灣古籍<澎湖縣誌>中的描述，從虎井高處俯視可以看到海底有一片綿延的城牆，當時文人稱之為「虎井澄淵」。一九八二年，國內資深潛水人謝新曦找到了澎湖虎井古沉城正確的位置，引起考古人士的關切。
這座古牆遺址呈十字形形狀，以指北針測量呈九十度，為不偏不倚的南北、東西走向。主體為玄武巖構成，表面長滿海草，東西向總長約160公尺、南北向總長約180公尺，城牆厚度上端約1.5公尺，底部約2.5公尺，有些部分被侵蝕而呈凹凸不平，但搭建城牆的巖石塊接縫極為平整。在北部另有呈圓盤形的構造物，外牆直徑約20公尺，內牆則約15公尺。
有學者認為古城牆只是桶盤、虎井特殊柱狀玄武巖節理地形，一直延伸入海，形成沉城假象。但據地質學家研究表示，自然的巖石若形如城牆，應該是全部連續的，若是人造的話會有中斷處；另外若城牆很直，長度又很長，人造的可能性極高。根據研究結果顯示，堆成沉城城牆的玄武巖，每塊巖石大小相當一致、角度垂直、石頭縫隙間又有填充物；此外城牆凹口呈十字形，且接砌面平整，非常符合人造建築的標準。
以<上帝的指紋>一書聞名全球的英國作家漢卡克（Graham Hancock），偕其夫人在二○○一年八月間會同中、日人員潛水探勘後，說明海底古城牆石塊堆砌的方式，明顯與玄武巖自然節理不同，應為人工堆砌。他指出「虎井古城牆方位正好是東西走向和南北走向，表現出人造建築講究方位的特色」；另外搭建城牆的一塊塊大石頭，表面很平滑，接縫處平整的程度「可以將刀子插入」，因此他認為城牆為人造工事而非自然力量所能形成。
漢卡克並表示，當今的人類文明歷史有一個既定的主流模式，但是這個主流的模式卻無法解釋這些持續大量出現的考古發現，為何共同有著「史前文明」的影子？事實上，人類史上有很多失落的部分是現代歷史還無法告訴我們的，而這些失落的線索，很可能就如同澎湖虎井古沉城一樣埋在海底，深藏人類文明興衰的秘密。
除了虎井留有未知的人類文明的遺蹟外，二○○二年中華水下考古學會（當時為籌備會）召集人謝新曦宣布，他與一群攝影、歷史、文化等十多名專業人士在中山大學海洋環境學系副教授田文敏協助下，利用水下聲納掃瞄輔助，於東吉嶼西北水深25至30公尺處發現一處百米長古石牆。這處古石牆平均高度1公尺、寬度50公分，呈東西走向。依聲納掃描數據顯示，同樣的石牆有四到五道，牆面的小凹洞中還夾雜著小卵石。謝新曦指出，由牆面外形及周遭海床分析，應該是人為堆砌的石牆。
印度外海發現近萬年古城遺址
2001年，印度國家海洋科技研究所的海洋學者，在印度西部外海坎貝灣（Gulf of Cambay）進行檢測水質汙染程度研究時，意外在水下120英尺處，發現兩座距今至少九千五百年的古城遺址，科學家認為古代人類社會發展的歷史可能因此大幅改寫。
這兩座遺址位於印度西部古傑拉特（Gujarat）外海40公裡處，從其地質結構推斷，古城為範圍廣達9公裡的大型聚落遺址，其中包括一座防禦碉堡，以及一處和現代奧運比賽規格遊泳池大小差不多的公共浴池。經過對其中發掘到的陶器、木雕、骨骼及骷髏的殘片進行初步測試，推定其中兩件殘片的年代為公元前七千五百年。另外從遺址中還發掘出類似建材的物品。出土古物中有一片布滿銘刻的大石板，正由學者研究其銘刻是否為迄今發現的最古老書寫形式。
有些專家認為，這項發現對文明歷史需要大幅修正提供了確鑿證據，研究古文明十多年的漢卡克到遺址實地考察，他說，從聲納掃描顯示的古城基礎來看，其建築可能有三層樓高，圍牆長達400英尺，而且有高度的幾何特性。
英國杜蘭大學的考古學者堪耐特說，如果印度的新發現屬實，過去的文明歷史理論需要全盤檢討。
巴哈馬海底
一九五八年，美國動物學家範倫坦博士（Dr J. Manson Valentine）在大西洋巴哈馬群島進行海底觀測研究時，意外發現群島附近的海底有一些奇特的建築。這些建築呈特殊的幾何圖形，也有的為筆直線條綿延數海哩。一九六八年，範倫坦博士在巴哈馬群島的北比密尼群島附近海域又發現巨大的丁字形結構石牆，長達450公尺，並有兩個分支與主牆形成直角，並且石牆是由每塊超過1立方公尺的巨大石塊所砌成。隨後更發現結構更複雜的平臺、道路及類似碼頭的建築結構，還有一座雙翼的棧橋，整個建築遺址呈現出類似港口的分布。
古巴水域發現的古城遺址
據二○○一年十二月七日BBC報導，加拿大ADC探測公司在古巴西海岸作業時，利用複雜的聲納設備，在水下650公尺深處，發現了一座可能被大海淹沒幾千年的古代城市遺址。
探勘人員是在二○○○年第一次發現了這座水下城市。當時，他們使用的掃描設備掃描出了一些具有對稱排列的石頭結構，很像一個城市的規劃。
七月時研究人員帶著先進的能進行攝影的水下探測裝備重新來到這一地點。水下攝影得到的圖像證實了這一海域的確存在著一個巨大的平滑石頭群。從外表看來，這些石頭像是經過切割的花崗巖，呈現金字塔狀及環狀等造型。
古巴著名的地理學家埃特雷迪（Manuel Iturralde）隨後也加入了這項工程，並在哈瓦那的一個國際會議上介紹他的發現。雖然未提到消失的城市與古文明，但他說「還沒有一個解釋可以說清楚那些建造物」，「我們必須時時準備接受一些料想不到的東西，接受那些不是在現有框架中的東西、或是現有知識無法告訴我們的東西。這也就是這次調查的另一個挑戰。
史前文明存在說
目前各處海底遺蹟的發現，對史前文明的存在，提供了許多不可磨滅的證據。這些科學證據證實了的確有我們不知道的文明的存在，而要將這些史前文明遺蹟寫進歷史中，還是很難被現今的考古學家及歷史學家所承認，因為這和過去的歷史觀並不兼容。然而我們相信，只要改變一下固有的觀念，重新認識歷史的真相，只是個時間的問題罷了！無視於塵世的紛擾，海底古文明遺蹟，依舊靜靜的矗立在海底……
何為史前文明
根據史書記載，我們本次人類從最原始的石器時代到出現現在的高度文明才不超過一萬年時間。很顯然，這些文明古蹟不屬於我們本次人類所創造，實際上，許多文明古蹟我們現在人類技術都無法建造。根據這些確鑿的證據，一些學者提出了史前文明學說，是指在我們本次人類文明之前在地球上曾經存在過人類文明。
同時，所發現的許多文明古蹟時間跨度非常古遠。從當今發掘出和發現的各種不同史前人類文明遺蹟看，從一個非常久遠的遠古時代開始，在我們這個地球上就一直存在著人類並發展出高度發達的文明，如在三葉蟲化石上發現的6億年至2.5億年前的穿著鞋的人類腳印，在今天的非洲加彭共和國發現的20億年前的大型鏈式核反應堆，在現今南非發現的28億年前的金屬球，及多次不同時期的石器等等，很難想像它們屬於同一人類文明時期。因此，科學家們又提出了多次史前文明的理論，認為地球上曾經有過多次史前人類及文明。人類的發展並不象以前想像的那樣，而是周期性的，不同時期地球存在不同的文明。
現代科學已認識到，一切事物發展皆有周期性。人有生、老、病、死；植物、動物也有生、老、病、死；社會的發展有周期性，同樣，人類的發展也很可能有周期性，這可以從當今發掘出和發現的各種不同史前人類文明遺蹟和不同史前人類石器時代留下的工具找到線索。