手自一體式6AT變速器與手動擋變速器的差異主要是動力系統傳遞效率，整體來說，6AT變速器的傳遞效率較低，都在90%以下，手動擋變速器傳遞效率較高，基本都在95%左右，所以，我們總是說，手動擋變速器更加省油。
但是在定速巡航(車速較高)的條件下，6AT變速器和MT變速器傳遞效率是一樣的，對油耗差異影像不大，並且老司機們明顯感覺到，同排量發動機，120車速定速行駛，6AT自動擋明顯比5MT更加省油，這是為什麼呢？
自動擋變速器
6AT變速器主要包括兩大部件液力變矩器和行星齒輪。影響傳遞效率的主要是液力變矩器，液力變矩器由泵輪，渦輪和導輪組成，主要通過油液傳送動力，但是變速器在動力傳遞過程中，泵輪和渦輪會經常性出現打滑現象，這就導致車輛存在能量損耗！
現在的6AT變速器，為了提升傳遞效率，降低車輛油耗，都設計了一種鎖止離合器，車輛在換擋結束之後，離合器會自動鎖止，此時液力變矩器泵輪和和渦輪之間沒有任何滑移，這也導致6AT變速器傳遞效率顯著提升。
不過對於6AT變速器，各個換擋離合器均是通過油壓進行控制，比如變速器處於5檔，35R和OD離合器需要在強大的油壓作用下才能使變速器始終處於5檔，並且還有液力變矩器鎖止離合器，也是通過油壓進行控制，而這些油壓的能量源全部來自於發動機，總體上來說，6AT變速器對能量的需求更大，車輛燃油效率也更低一些。
手動擋變速器
手動擋變速器則由齒輪和離合器組成，離合器通過摩擦傳遞動力，離合器的結合與分離全部依靠車主自己進行控制，變速器在換擋結束之後，離合器通過機械結構鎖止，齒輪動力傳送效率幾乎可以達到100%的狀態。
手動擋變速器所有的換擋操作，所有的動力傳送，都是通過機械零部件傳遞，沒有多餘的能量浪費。
燃油經濟性
單純說傳遞效率，手動擋更加省油這是毫無疑問的。但是汽車油耗影響因素多種多樣，除了變速器傳遞效率以外，變速器傳動比也會影響車輛油耗，它是通過改變發動機傳動效率來實現的。根據發動機油耗MAP圖，發動機油耗與發動機轉速和車輛負載息息相關，合適的負載與發動機轉速配比可以顯著提升車輛的燃油經濟性。
不同的6AT變速器，傳動比配置也會不同，有些變速器更注重於車輛動力，傳動比設置的更大，這也使得車輛的動力更強，但是車輛油耗卻很高。但是有些車輛，更注重於車輛油耗及駕駛舒適性，傳動比會設置的較低。變速器傳動比不同，這也導致相同的車速條件下發動機轉速卻不一樣。
在120定速條件下，有些5MT變速器車輛，發動機最高轉速達4000rpm，這樣的車輛，高速定速行駛，燃油經濟肯定不是很好，但是6AT變速器，120定速條件下，變速器處於最高檔6檔，發動機轉速低至3000rpm，這樣的車輛肯定更省油。
雖然說MT變速器比較省油，但是在高速定速巡航條件下，MT可能沒有6AT變速器油耗這麼低。