《萬國志》這部國漫是講述大明水師千總路長風在艦隊全軍覆沒後，來到呂宋島「萬國」，加入宋先醒的組織「天工」，與萬國的奇人異士一起對抗殖民者和海上入侵勢力的故事。
數百年前的大航海時代，人類在各領域的探索與開拓令世界日新月異，公元1633年，大明水師最年輕千總路長風護送東廠督公下南洋緝拿要犯，遭遇海獸艦隊襲擊，全軍覆沒，路長風被一神秘組織所救，隨之來到大航海時代國際貿易中心呂宋島。島民們在大明奇人宋先醒的引領下，建立世界融合城市「萬國」，反抗西班牙殖民者的統治，出於私人目的，路長風打入宋先醒的組織「天工」，與萬國的奇人異士一起對抗殖民者和海上入侵勢力，種種領先於時代的發明創造紛至沓來，在歷史與現實交織糾纏中，路長風終於領悟「天工」的奧秘，也解開自己身世之謎。
《萬國志》的時間設定是在16世紀，此時我國正處於明朝時期，當時的世界正處於文藝復興和大航海時代，文藝復興不僅是衝破了封建制度和宗教神學思想對人類的束縛，促進了人們思想的解放，更推動了世界文化的發展，促進了人民的覺醒，開啟了現代化進程。同時得益於大航海時代的開啟，促進了地球上各大洲之間的溝通，並隨之形成了眾多新的貿易路線。
伴隨著新航路的開闢，東西方之間的文化、貿易交流大量增加，而「萬國」就是在這樣的背景下產生，它並非是「一疆分萬國」而是「萬國一城，一城一世界」，在這樣一個風雲變幻的歷史時期，科技文明突飛猛進，令不同國家、種族的人們產生了交集，而這必然會發生很多有趣的故事，源於歷史，卻又不同於歷史。
在這樣這樣宏大的背景下，製作團隊選取哥白尼發表《天體運行論》的故事進行創作，根據現有的劇集來看，尼古拉·古拜理的原型就是哥白尼，《論天體的運行》也就是《天體運行論》，而萬國的整個故事也將圍繞《論天體的運行》展開，而在神所「統治」的大陸上，教會就是神的代言人，一切質疑皆被視為異端，必以火焰使之淨化。
整個故事按照時間線分為兩部分，第一部分是90年前李藥師、韋薩禮和徐念為護送被教會視為異端《論天體的運行》去紐倫堡刊印的一路上與驅逐異端的審判騎士團所發生的故事；另一部分則是在《論天體的運行》刊印90年後，書生馮夢濃、水師千總路長風和來自萬國迷雅又因《論天體運行》的原本而捲入一場混亂。
在全片的美術風格上根據時代背景和劇情設定，選擇了極具特色的古裝科幻風，表現出一種東西方文化相互交融的獨特美感，無論是角色的設計還是各種場景、道具，以及氣氛的設計，都具有鮮明的「萬國」風格，既符合中國明代的設計特點，又蘊含東南亞、歐洲的鮮明特色。
從劇情來說，《萬國志》主要講的是明朝時期的大航海時代，講故事的方式將90年前和當前時間線並行的敘事，來回的切換，這也是讓大多數人看得很迷的一點，但它卻透露出了《萬國志》的構架和世界觀。
從細節特效、畫面感來說，《萬國志》畫質感很強，是國漫的一貫作風3D動漫，單單只看一個暫停畫面，會發現它做得很細膩，但是一將其連接起來，就會有一點不足，在人物表情和神情上做得不夠充足，還有就是一些特效有點不夠真實，也是國漫的一個短板。
這部動漫最吸引人的就是它那新穎的故事劇情，與歷史相結合，創新出一個新的時代，一個講述中西方文化的衝撞、新舊文化衝撞、反抗殖民統治、相信科學的航海時代，這也是第一次這種嘗試，給人眼前一亮，只要這部動漫的劇情成功，那就是一部成功的國漫。