《神奇寶貝》世界裡存在許許多多的謎團，有關於主角小智的，還有關於神奇寶貝們的，例如正輝燈塔中出現的巨大快龍、神奧地區神秘湖裡的神獸等，但要說起最讓人觀眾們迷惑的便是小智的親生父親之謎，這位只活在少數幾句臺詞中的男人從未露過面，小智的家中也沒有他的照片，這才導致了大木博士是小智父親的謠言的快速傳播。
關於隔壁大木是小智父親的論斷證據實在過於豐富，但歸根結底也只有那麼幾點，而且都和小智媽媽有關。小智媽媽和大木博士經常同屏出現，小智給大木博士打電話時，花子媽媽經常出現在大木研究所；其次，花子媽媽外出，大木博士必定跟隨，在石英聯盟等大賽上，有小智媽媽在，大木博士必定在，而大木在小智家做客時，也是和花子媽媽坐在一起，就好像夫妻一樣；小智媽媽和大木博士經常說些莫名其妙的話，讓人不得不揣測大木與小智之間的關係。
關於小智父親的人選還有更離譜的猜測，那就是魔牆人偶，當然這都是網友們開玩笑的吐槽，而小智的父親最佳人選曾出現在《神奇寶貝》特別篇——穿越天際的傳說，阿弘與火焰鳥。這部劇場版的主角不再是小智，而是石英大會上擊敗小智的阿弘。
阿弘在探尋火焰鳥的秘密時，曾遇到一位大叔——老銀，這個中年男人和小智擁有很多共同點，他們兩的肩膀上都帶著一個神奇寶貝，小智是皮卡丘，而老銀則是菊草葉。當然只有這一點還是無法證明老銀是小智父親的，但老銀之後的話實在引人猜測，他在和阿弘對話中透露，自己小時候是個非常魯莽衝動的傢伙，而且對神奇寶貝們有著很深厚的感情，這不就是現在的小智同學嗎？
而更為直接的證據還在後面，當阿弘提到小智這個名字時，老銀的表現完全不是聽到了一個陌生人名字的反應，而是像一個父親聽到了兒子的消息，默默地低下頭，欣慰地說：「不是挺好嗎？」
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