雅典娜流傳最廣的出身是：因為蓋亞和烏拉諾斯預言，墨提斯會生下推翻宙斯神權的兒子，墨提斯在懷孕的時候被宙斯一口吞下，之後就患了頭疼症，忍無可忍以後讓冶煉神劈開了他的頭顱，從中跳出了全副武裝的小女神雅典娜。
可是，雅典娜只有這一個出身的傳說嗎？
希臘神話講述的不是一個統一國家的神話，而是多個城邦各自統治的大範圍區域神話，甚至整個歐洲，當一個城邦佔領了另一個城邦的時候，勝利者就開始利用神話影響新的領域，他們會利用這個地區原本的神話當作藍本，將自己的神明和當地的神明結合，使民眾相信他們被統治是神明的意思。
關於這位女神的誕生，古希臘人有三種不同的傳說。
最早的版本，她是海神波塞冬的女兒，誕生在特裡同湖畔。有一次她在與父親大吵一架後生了氣，離開他去了神王宙斯的身邊，做了宙斯的女兒。她那海神系的藍眼睛由此而來。帕薩尼亞斯的《希臘志》中記載下這個故事。而古希臘歷史學者希羅多德在《歷史》也證實了她來自利比亞，父親為波塞冬。其後的傳說，雅典娜和波塞冬兩神之間總是紛爭不斷……第二個傳說出現在拜佔庭的希臘學者塞阿斯的作品中，雅典娜的父親是第二代提坦神-帕拉斯，因為企圖染指女兒而被她憎恨，殺死剝皮製成盾牌。提坦神-帕拉斯是戰爭之神，墨提斯是智慧女神，似乎帕拉斯和墨提斯作為父母，更符合雅典娜戰爭與智慧的女神的身份，同時叫做帕拉斯.雅典娜也有些理由（first name & middle name）第三個傳說才是廣為流傳的宙斯的女兒。而就算是這個版本的傳說，在阿波羅多羅斯的著作《書藏》中，也說她是被波塞冬的兒子海神特裡同撫養長大的。在她和特裡同的女兒帕拉斯比武的時候，宙斯害怕帕拉斯傷害雅典娜從天降下了盾牌保護她，從而震懾了帕拉斯，也使雅典娜失手殺死了女伴，為了懷念女伴，雅典娜將帕拉斯的名字冠於自己名字之前，也稱作帕拉斯.雅典娜。以上三種說法，到底哪一個是真相呢？
墨提斯作為雅典娜的母親，幾乎沒有爭議，她是原希臘本土母權社會的精神信仰，宙斯是後來遷入希臘代表父權移民的印歐神祇，雙方發動了移民入侵和反入侵戰爭。。
宙斯殺掉了本土戰爭之神 - 帕拉斯，剝了他的皮製作埃癸斯神盾（立威）。娶了母系社會主神墨提斯穩固神權（懷柔措施，希臘有成為新王要去前王后的習俗，可參考俄狄浦斯成為忒拜城國王的事例）。墨提斯懷孕了，為了不讓母權社會復興，就吞了她，雖然墨提斯被吞，卻仍留在宙斯肚子裡，又象徵本土民族仍保留了自己的一些傳統，畢竟可以燒毀神廟，卻滅不了被壓迫人民復興的願望。之後雅典娜從宙斯頭顱裡誕生，受到了宙斯的極度寵愛，為宙斯代辦了許多事情。作為新母權社會希臘的新代表，雅典娜幹過順從民意的事情嗎？
她曾參與過天后赫拉生氣宙斯拈花惹草而策劃的一次推翻宙斯的復仇行動。雖然赫拉聯合了阿波羅、波塞冬、雅典娜等宙斯身邊的人，將宙斯五花大綁，可眼見勝利已經在望，宙斯的情人忒提斯帶著百手巨人來了，平息了這場叛亂。重新回到王位的宙斯自然要嚴懲叛亂首要分子：
將阿波羅、波塞冬下放到凡間勞改將赫拉吊在半空中示眾。雅典娜......沒有提到對她有懲罰，母權舊勢力看到了雅典娜「真的在為他們作革命和反抗」，而新入侵者當局真的可以不計較他們的反抗，和平相處，而且宙斯在最後關鍵是表現出了力量。為什麼不對雅典娜做出懲罰呢？
雅典娜手持的盾牌，雖然很多地方稱沒有名字或叫做墨杜莎之盾，但是和宙斯的埃癸斯神盾一樣，都是山羊皮所制（帕拉斯的皮等同於山羊皮），且很多著作表明，宙斯時常把自己的盾牌借給雅典娜，或者說是共享。而雅典娜和宙斯共享的武器還有閃電矛，這是宙斯最強有力的武器。雅典娜的伴神 - 勝利女神尼克，也給宙斯提供服務，當然她僅僅只給這兩位神祇服務，因此出了雅典娜參與過赫拉的那次反叛，能夠把宙斯五花大綁，是因為有勝利女神加持，但最終那場反叛，宙斯也沒有真正失敗，因為勝利女神同時也為宙斯服務，因此他們早就知道這場叛亂的結果，所以不過是熱身遊戲。雅典娜從宙斯的頭顱中出生，繼承智慧女神一職，就表明她是墨提斯的延續，同時墨提斯一直留在宙斯的肚子裡（古希臘人認為人是用肚子思考的）也表示了墨提斯的思維已經潛移默化影響了宙斯。所以在一定程度上，宙斯和雅典娜的思想和力量、權力是一致的，這讓母系舊民放心，不用擔心那天宙斯震怒雅典娜不能保護他們。如此之多與宙斯共享力量和權力是為什麼？雅典娜的三種出身之謎，應該如何理解。
印歐神祇宙斯發起的殖民運動，被神話描述為對父親克洛諾斯的反抗革命，但波塞冬和哈迪斯並沒有參與殖民入侵，而是留守家鄉，被神話描寫為被克洛諾斯吞到肚子裡了。
希臘地區當時的統治者或神靈是第二代提坦神墨提斯和帕拉斯，當世最厲害的戰神帕拉斯在戰役中被打敗，皮也被剝下來做了盾牌。
娶墨提斯的原因是政治聯姻，影視劇中多有事例，不多做介紹。之後墨提斯懷孕，希臘當地人民對這個孩子的期盼更高，希望他能夠繼承母親的衣缽，但如果墨提斯真的生下孩子，很可能受到曾經的統治者墨提斯的暗中教導，反叛起來，而且這個孩子很可能是帕拉斯的遺腹子，所以就暗中解決了墨提斯，但不能公開，對外宣城墨提斯離開城邦，去了奧林匹斯山秘密養胎（宙斯肚子裡）。
但懷孕的墨提斯總是要生孩子的，怎麼辦，宙斯對提坦神幾百年的對抗當中，已知有一些兒女了，如阿波羅、阿爾忒彌斯、如赫淮斯託斯，早被大眾知曉，只好讓留守印歐地區，名義上被吞掉的波塞冬安排一個某個有能力的小女兒過來過繼，當時的母權社會的希臘還沒有完全被徵服，如果男孩來統治，反而受到排擠，所以雅典娜的「一出生「」就是一個披著盔甲，全副武裝女神說法的真相是，本來就有些年歲了，神話的作用真棒，古代人真好騙。
雅典娜作為之前從未露面的波塞冬（被吞了）的女兒，現在過繼給了宙斯，本身就是移民父權統治者的子女，她自然不會背叛信仰，她的任務是以母權繼承人的身份來引渡舊民融入新社會。
作為舊女主 - 墨提斯的女兒，希臘的舊子民能夠接受她，可以調停舊勢力的反抗。作為新主宰 - 宙斯的女兒，新移民統治階層信任她，同時也不用擔心女兒繼承王位復興母權。來看看雅典娜對於舊母系神明的代表：復仇女神們的態度和效果吧（節選自《阿伽門農三部曲》）。
阿波羅是十分蔑視厭惡的，他把她們叫作：「走開，可惡的怪物，神明憎惡的東西」，「沒有神願意牧放你們，這樣的畜群令所有神明厭惡」。但雅典娜的態度很是不同，她對復仇女神們的態度一直是比較尊重的，抱著有善意的。復仇女神幾度威脅要報復雅典，雅典娜耐心地三度安撫、反覆勸說。她沒有將母系神明的代表 - 復仇女神們摒棄於權力之外，而是盛情邀請她們加入新的文明體系，和她一起居住在雅典，守護雅典的人民，其實也不動聲色地圈定了舊民勢力的範圍，不要出去遊說其他城邦了。復仇女神們平息了憤怒，欣然應邀，變身為慈悲女神，同受雅典的供奉，融入了新的體系，守護當地的豐饒。這場戲裡她是擔任了父系神（阿波羅）與母系神（復仇女神們）矛盾的調和人，她把母權和父權制度結合在一起形成民主法制的新制度，使舊民代表的復仇女神們平息了憤怒，變身慈悲女神，融入新政權之中，達成宙斯當局最初的目標。