慈禧皇太后杖責珍妃，正史沒有記載，宮廷御醫檔案，倒是有一些資料：十月二十八日，太醫張仲元請得珍妃脈息，六脈沉伏，抽搐氣閉，牙關緊閉，周身筋脈顫動。十一月初一日，亥刻，太醫張仲元請得珍貴人脈息，左寸關沉伏，右寸關滑數，抽搐漸止，仍覺筋惕肉顫，神識已清，惟氣血未調，痰熱尚連下行，以致胸膈煩悶，兩肋串痛。有時惡寒發燒，周身筋脈疼痛。同日子刻，張仲元請得珍貴人脈息，左關沉伏，右寸沉滑，抽搐又作，牙關緊閉，人事不醒，周身筋脈顫動。同一日深夜，將御醫請進內宮急診，可見珍妃病情之急重。
根據上述醫案，珍妃確受重杖。
慈禧皇太后為什麼不喜歡珍妃，還要重懲珍妃呢？
對光緒：甲午兵敗，慈禧太后將責任推到光緒身上，覺得光緒親政8年，膽子愈來愈大，甚至有些事情不把聖母皇太后放在眼裡。慈禧太后想「殺雞給猴看」，藉廷杖珍妃，告誡光緒：要是不聽話，就給眼色看。
對皇后：慈禧太后覺得，皇帝結婚5年，對懿定的皇后，既不親愛，也不敬重。皇帝一心喜歡那個珍妃，太使自己傷心。慈禧太后便藉此機會，嚴厲懲治珍妃，給侄女隆裕皇后出口氣。
對珍妃：珍妃自恃長得嬌俏，能說會道，深受皇帝喜愛，太后心裡氣不過。特別是慈禧年輕守寡，產生心理變態。見到別人甜蜜愛情，心理總是嫉妒怨恨，借個機會，懲罰珍妃。
對宮女：內宮應是一片純淨樂土，竟然有人串通外朝，賣官鬻爵。珍妃也好，太監也好，賣官之事，確被抓住。於是，慈禧皇太后懲罰珍妃，名正言順，誡訓宮女。
對自己：慈禧太后藉此，廷杖珍妃，舒解積憤。
慈禧太后廷杖珍妃之舉，以為收到一石五鳥之效。可事實並非這樣，珍妃的高傲依然如故。
1900年八國聯軍入侵北京，慈禧帶著光緒皇帝倉惶出逃，臨行前命令太監崔玉貴把珍妃推到寧壽宮外的井中致死。