西漢徵和元年，年已六旬的漢武帝深居在建章宮。有一天，他恍惚中看到一名攜帶佩劍的男子闖入了中華門。武帝為此大為疑惑，命三輔騎士大規模搜索上林苑，並且關閉了長安城門。十一天之後，仍一無所獲，只得做罷。
這件事給武帝造成了心理陰影，變得更加疑神疑鬼。因武帝常年迷信方術，故而當時有許多術士與神巫聚集在長安城，他們經常出入宮門，教美人們如果通過巫蠱來度厄。隨著年紀漸大又兼體弱多病，所以武帝常懷疑身邊的人作巫蠱來詛咒自己，他覺得皇宮不乾淨，故而搬到了長安之外的甘泉宮去居住。與衛皇后及太子間的關係愈發疏遠。這時有一個叫江充的術士趁機進讒言，說皇上的病都是巫蠱作崇造成的。於是武帝便命江充回宮中去搜索巫蠱，結果在太子的宮中發掘出來了許多木人。太子百口莫辯，便先發制人，殺死了江充。接著他又擅自發兵戒嚴，控制了長安城。武帝為此大怒，認為太子是在造反，便命丞相引兵進攻長安，結果太子兵敗，短暫流亡後便於農家自縊身亡。
然而不久之後，武帝又族滅江充家族，作思子宮來追悼太子。耐人尋味的是他並未給太子平反，既沒改葬也沒追諡號，仍等同於罪人。在武帝駕崩的那年，巫蠱之獄依然未能定論，他甚至還下令將獄中的人全部殺死，以絕天子之氣。
那麼，巫蠱之禍究竟是怎麼回事？漢武帝明明已經族滅江充了，為什麼還不肯給皇后及太子翻案呢？難道太子真的犯有不可饒恕的謀反罪嗎？為了解決這些問題，我們將用馬基雅維利的權力鬥爭理論來進行分析，弄清這個懸而未決的歷史問題。
漢武帝晚年遭遇了夫妻反目、父子相殘的悲劇
從漢武帝與皇后、太子的微妙關係說起
漢武帝的第一任皇后為陳皇后，她在位十餘年，始終沒有生出一個兒子，不久便被打入冷宮。之後宮人衛子夫也連續生了兩個女兒，一直到元朔元年時，她才為武帝生下了長子劉據。當時武帝已經二十九歲了，他對這個晚來的孩子非常愛惜，為此封衛子夫為皇后，其兄衛長君、其弟衛青也相繼得官。
然而不久之後，王夫人生下劉閎、李姬生下劉旦與劉胥，武帝的兒子漸多，對太子的寵也日漸衰退。到了晚年之時，衛皇后因年老色衰，久不得召見，其弟衛青的風頭也被霍去病搶去，門庭日漸冷落；此時年輕的李夫人卻日益得寵，她的弟弟李廣利被封為貳師將軍，屢次立功於西域。李夫人還為武帝生下了劉髆，這使衛皇后與太子越來越感到不安。
武帝發覺皇后與太子的憂慮後，便對衛青：「太子敦重好靜，必能安天下，不使朕憂。欲求守文之主，安有賢於太子者乎？聞皇后與太子有不安之意，豈有之邪？可以意曉之。」衛青便將武帝的話轉述給皇后，皇后感到很惶恐，向武帝脫簪謝罪。
之後，武帝每次外出巡幸，都命太子留守京城，並將宮中之事委託給皇后管理，以示信任。這種微妙的關係需要雙方各自保持定力，武帝不輕信讒言，皇后與太子也要善於防嫌。他們之間已不是恩寵與被恩寵的關係，彼此日益疏遠，只保持著夫與妻、父與子的名分與禮節。有一次武帝生病，令內官常融召太子來相見，常融回來匯報說：「太子有喜色」，武帝聽後沉默不言，既沒有發怒也沒有懷疑。等太子來後，武帝仔細端詳其相貌，發現了淚痕，仔細詢問下來才知道是常融在離間他們父子的關係，故而誅殺了這個小人。
然而，隨著漢武帝年事日高，多疑的心理愈發嚴重，這種平衡越來越經受不住了。
漢武帝與衛皇后、戾太子間的關係微妙而易破碎
衛青死後，戾太子的地位岌岌可危
漢武帝元封五年（前106年），長平烈侯衛青病逝。在失去了這個外戚勢力後，太子的處境更加孤立。不久漢武帝就重用李廣利，讓他來取代衛青，將兵伐宛，立功封侯。李夫人死去之後，享受了皇后級別的葬禮規格，其子劉髆還被封為昌邑王。太始三年（前94年），趙婕妤懷胎十四個月，又生下了幼子劉弗陵，武帝便說：「聞堯十四越而生，今鉤弋亦然」，他竟不顧皇后與太子的感受，將劉弗陵母子所居住的地方稱為「堯母門」。這樣，那些怨恨太子的宦官與酷吏便嗅到了武帝想要廢長立幼的意向，更加進獻讒言，傾危太子。
徵和元年，武帝興起大獄，遍索長安。當時的丞相是公孫賀，他的夫人是皇后的妹妹衛君孺。公孫賀的兒子公孫敬聲因挪用公款，被人告發下獄。公孫賀便自告奮勇，請求由自己來抓捕朱安世，以便為兒子贖罪，武帝答應了下來。不久公孫賀便成功抓到了朱安世，然而朱安世卻在獄中上書，告發了公孫敬聲與陽石公主私通並用巫蠱來詛咒皇上的醜事。這個案子還牽連到了衛青的兒子衛伉，結果第二年武帝就下令處死公孫賀父子、陽石公主以及衛伉。衛氏家族被牽連入巫蠱之獄中，令皇后與太子岌岌可危。
之後武帝搬到長安城外的甘泉宮去居住。一邊是因巫蠱而愈加多疑的老皇帝，另一邊是因失寵而更加驚懼的皇后母子。此時，只要有一個奸人在其中挑撥，雙方的關係就會隨時破裂了。
衛青之子涉嫌巫蠱，令皇后與太子備受猜忌
戾太子在被逼無奈的情況下造反了
面對日益惡化的處境，皇后與太子已經無路可退了。此時江充看到武帝年老體弱，生怕太子繼位後自己會被清算，所以他想借武帝的權力來除掉太子。於是他對武帝說：「宮中有蠱氣，不除之，上終不差」。按往常的慣例，皇帝不在皇宮時，都城由太子管理，宮廷由皇后處治。要搜查巫蠱，也應吩咐皇后去辦才是，然而武帝卻將這個任務交給了江充，這說明在衛伉捲入巫蠱之獄後，皇上對皇后及太子已經不信任了。
武帝不僅授命江充到宮中去搜查巫蠱，而且還派韓說、章贛和蘇文協助他。其中江充與蘇文都曾與太子有過節，經常向武帝說太子的壞話，武帝明知如此，卻還令他們去搜查皇宮，說明此次主要針對的還是皇后與太子，因為他倆最以武帝之死為利。
徵和二年（前91年）七月，江充進入宮中大規模掘地搜查巫蠱，導致「太子、皇后無復施床處」。不久之後，江充自稱：「於太子宮得木人尤多，又帛書，所言不道，當奏聞」。太子非常害怕，問少傅石德說怎麼辦？石德認為此時已是百口莫辯，如果不奮起反抗，就會像公孫賀父子及衛氏那樣白白地送死，不如先發制人，抓捕江充。石德又進一步慫恿說：「且上疾在甘泉，皇后及家吏請問皆不報，上存亡未可知，而奸臣如此，太子將不念秦扶蘇事邪？」扶蘇因不知道秦皇已死，誤聽胡亥假傳的詔令而自殺，這是以扶蘇比太子，而以昌邑王比胡亥。
太子起初並不敢鋌而走險，他說：「吾人子，安得擅誅？不如歸謝，幸得無罪。」然而江充並不給他去甘泉宮見武帝的機會，追捕得更加緊急。太子只得選擇抗命，他通過假傳詔書，斬殺了江充；又命士兵格殺了不聽令的韓說，並將術士們全部抓起來，在上林苑中活活烤死。
走到了這一步之後，太子不是去向武帝謝罪，而是派人夜入未央宮與母后計議，決定發武庫兵控制長安城。可見在江充搜查皇宮之後，太子與皇后已經對武帝徹底失望了，他們選擇通過造反來自保。
從行動上看，戾太子的行為確實屬於造反
漢武帝為什麼不肯為戾太子母子翻案？
在戾太子造反之後，蘇文從長安城中逃歸，向武帝匯報了情況。武帝說：「太子必懼，又忿充等，故有此變」，他還不認為太子已經起兵對抗自己，故而派使者到長安去招太子來見。誰知使者不敢進城，回來謊報說：「太子反成，欲斬臣，臣逃歸。」武帝為此大怒，命丞相劉屈氂將兵討伐太子。劉屈氂是漢武帝的侄子，與太子同輩，故而武帝說：「丞相無周公之風矣，周公不誅管、蔡乎？」是認定太子為背叛漢室的反賊。
此時太子在城中布告百官說：「帝在甘泉病困，疑有變，奸臣欲作亂。」又擅自釋放囚徒，將其武裝起來，與劉屈氂軍交戰五日。在這五天裡，太子明知皇上已經回到城西的建章宮，但仍不敢自首以請罪，這說明其造反之心已經很堅決了。而《漢書》也說：「民間皆言太子反，以故眾不附太子，丞相附兵寢多」。最終太子兵敗，被迫逃出長安城，流亡於農家。皇后見狀，便在宮中自殺了。蘇文等人奉命將她的遺體盛以小棺，瘞之城南桐柏。武帝又盡滅衛氏家族。
當時壺中三老上疏說皇太子是「子盜父兵，以救難免耳」，認為太子雖然有造反的行動，但他是被逼無奈，並無邪心，請求武帝赦免太子。然而武帝雖有感悟，但仍不肯寬恕太子。之後太子在無路可退之下，於泉鴆裡懸梁自盡。
漢武帝無法推定戾太子造反的動機
次年，在發覺巫蠱之獄造成許多冤假錯案之後，武帝開始改變了想法，懷疑太子「惶恐無他意」，並非真心要造反，他雖然仍按謀反罪來處死太子的賓客們，但仍想弄明白太子之所以造反的動機。之後田千秋又上疏寬解，說這不是以子弒父的謀反，而是子弄父兵的過錯，太子罪不至死，而是「罪當笞」，武帝深受感悟。接著便族滅江充全家，又焚殺蘇文，追究在泉鴆裡加刃於太子的士兵。又作思子宮來悼念太子。
之後劉屈氂與李廣利果然謀立昌邑王為太子，皆被武帝治罪。隨著昌邑王在後元元年死去，衛氏與李氏之間的權鬥以同歸於盡而告終。而根據《宣帝紀》的記載，漢武帝直到後元二年仍在追究巫蠱之獄，導致戾太子的曾孫被囚禁在牢中。那麼武帝為什麼不肯為太子母子平反呢？原因主要有：
太子假傳詔書、擅自誅殺使者，公然對抗皇命，不可謂無罪；太子與皇后擅自發武庫兵，控制長安及百官，在行動上確屬謀反；太子與丞相的兵馬交戰五日才兵敗逃亡，並不曾投降自首，其罪名難逃；為太子平反等於是在彰顯自己的罪過，這是封建帝王所難以接受的。因此，在漢武帝與漢昭帝時期，衛皇后與戾太子都未得到平反。直到戾太子的曾孫漢宣帝繼位之後，他們才被改葬，並且加了諡號。因此，真正為太子母子平反的人並不是武帝，而是宣帝。武帝基於他們造反的行動，給予了懲罰；而宣帝則考慮到造反的動機，鑑於他們是迫於無奈，所以才予於平反，重新書寫了巫蠱之禍這段歷史。