在神奇寶貝的動畫中，每部都會有一個新的女主登場（初代無印版關都和城都地區的主角都是小霞），可是隨著女主的變化，她們所擁有的神奇寶貝數量也越來越少，到莎莉娜那還能湊個3V3的隊伍，結果到了阿羅拉，連隊伍都湊不齊了。
1.小霞（10+1隻）
小霞是關都地區華蘭道館的館主，她擁有歷代女主中數量最多的神奇寶貝，初始自帶角金魚、海星星、寶石海星。同時道館裡還有一些其他寄養的神奇寶貝神奇寶貝，比如日後進化為暴鯉龍的鯉魚王（這隻暴鯉龍後來成為小霞的主力）
在和小智的旅行過程中，小霞收服了墨海馬、蚊香蝌蚪（後進化為蚊香蛙皇）、太陽珊瑚、可達鴨。回到道館後，寄養在道館裡的鯉魚王進化為暴鯉龍，同時從小健那得到瑪麗露的蛋孵化出露力麗，和姐姐櫻花一起收服愛心魚。不過要注意的是，雖然波克比陪伴小霞旅行了很長時間，但是小霞並沒有收服波克比（沒有進球）而且最後也放生了。
2.小遙（7隻）
小遙的神奇寶貝數量比小霞少了不少，她是橙華市道館館主千裡的女兒，夢想是成為神奇寶貝協調訓練家。一開始的小遙是徹頭徹尾的新手，只從博士那裡獲得了火稚雞（最後火稚雞進化為火焰雞）
在陪伴小智的旅行中，小遙收服了刺尾蟲（狩獵鳳蝶）、向尾喵、妙蛙種子、小卡比獸。從大木博士那裡獲得了傑尼龜，從蛋裡孵化出伊布。在離開小智後，妙蛙種子進化為妙蛙花，傑尼龜進化為卡咪龜，伊布則進化為冰伊布。
3.小光（6+2隻)
小光是陪伴小智旅行的第三個女主，她擁有過8隻神奇寶貝，但是最終陪在身邊的僅有6隻。和小遙一樣，小光的目標也是神奇寶貝協調訓練家，不過和小遙不同的是，小光在遇到小智前就已經開始了旅行。
初始小光只有從博士那拿來的波加曼。在與小智開始一起旅行後，陸續收服了卷卷耳、帕奇利茲、泳圈鼬、小山豬（象牙豬）。其中泳圈鼬和小智的長尾怪手交換，而後長尾怪手進化為雙尾怪手，並且被送往神奇寶貝桌球訓練中心，從而離隊。小光還從蛋裡孵化出火球鼠，這隻火球鼠在小光獨自展開新的旅程時進化為火巖鼠。另外小光還從公主莎露比亞那獲得了波克基斯。
4.艾莉絲（5隻）
從艾莉絲開始，小智的女伴所擁有的神奇寶貝再也不能湊齊一對。艾莉絲僅有5隻神奇寶貝，在遇到小智之前，艾莉絲就擁有了牙牙、龍頭地鼠以及快龍。在和小智旅行期間，艾莉絲收服了電飛鼠。在離開小智後，艾莉絲遇到了圓陸鯊。不過雖然數量少，但是成長起來的艾莉絲恐怕是所有女主中最強的一個（在原作遊戲中艾莉絲是聯盟冠軍，而且目前的隊伍已經有了一個準神，還有一個準神幼年期）
5.莎莉娜（3隻）
比起前面4個女主，莎莉娜的精靈實在是少的可憐，僅有3隻，從博士那裡獲得了火狐狸（長尾火狐 ），在和小智的旅行中收服了頑皮熊貓以及伊布（仙子伊布）雖然數量少，但是起碼都湊齊一個3V3的陣容，接下來的三個女主恐怕連3V3都湊不齊。
6.莉莉艾（1隻）
莉莉艾的神奇寶貝是歷代女主中最少的，僅有一隻冰六尾白滾滾。雖然這隻冰六尾沒有進化，不過莉莉艾已經獲得了進化所需的冰之石，同時也從穿山鼠那獲得了冰Z，只需要一個手環就能使用Z力量。
7.水蓮（2+1隻）
水蓮的神奇寶貝僅有兩隻，不過她家裡的拉普拉斯應該也能算作她的神奇寶貝。應該能勉強湊個3V3的隊伍去參加聯盟。水蓮在日月中算是編劇親女兒的待遇，獲得了水Z和海獅Z，能使用Z的力量。收服了從不知名地區流浪過來的伊布（水伊布預定中），自己的球球海獅也進化為花漾海獅，未來更是能進化為西獅海壬（不進化就用不了海獅Z）
8.瑪奧（1+1隻）
瑪奧是日月裡待遇最慘的女主，莉莉艾起碼在主線上是女主，水蓮獲得了Z的力量還有伊布，只有瑪奧僅有一隻甜竹竹，雖然是最早進化為最終形態的甜冷美後。不過在最新的神奇寶貝太陽&月亮中，瑪奧遇到了謝米，目前已經成功將身為幻獸的謝米拐回家，只差一個球就能收服了。
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