早在1550年，葡萄牙人就正式踏上了澳門島。十年內，依然處於嘉靖朝蕭條狀態下的明朝地方官，選擇默認了這個既成事實。但對於這些依然屬於新來者的番邦來客，還是保有天然的警惕。只是局勢很快就朝著有利於葡萄牙人繼續留在澳門的方向發展。
這倒不是因為明朝的官僚集團發生了根本性的概念轉變，而是帝國日益沉重的海防負擔與實質上依靠非體制內武裝的路徑依賴，催生了更多他們無法收拾的亂局。1568年的曾一本海盜叛亂，就在這樣的背景下發生。
明朝軍隊的番兵依賴症
明朝軍隊其實一直大力依靠番兵作戰
說起大明朝的武裝力量，很少有人會注意到他們的數量從不能代表實質上的戰鬥力。從15世紀開始，大部分國初建立的軍鎮系統就區域崩潰。只是為了維持表面的穩定，不得已而繼續予以保留。相應的，各種番兵番將在明軍中的地位就得到了鞏固。
縱觀明軍在那一個世紀中的大部分行動，無不需要仰仗番兵部隊來給大而無當的主力軍壓陣。其中又以招募自北方邊境兩頭的蒙古人是最為突出。哪怕出徵目標位於非常不適合騎兵活動的西南山林地帶，幾萬人的招募步兵身後也必須有至少千人級別的蒙古騎兵協助。在軍隊長期陷入南方戰區後，又接著大量徵集本地土司武裝助陣。這就讓明軍在實質上成為了一支依靠蒙古騎兵和土司山地步兵進攻，內地徵召兵運糧、修工事的奇怪組合。至於大量被留在軍籍中的衛所人口，索性變成了供養中下級軍官的奴隸階層。
明朝用於海防的水師也主要由「番兵」構成
進入16世紀，明朝又感覺到海防壓力倍增。基於同樣的原理，他們也儘可能的在地方上尋找可供徵召的對象。尤其是在海洋經濟發達的廣東地區，大量的走私海商被作為救火隊員使用。最後索性納入編制，成為朝廷認可的「官方艦隊」。儘管這些以潮汕人為主的臨時工，並不享有「番兵身份」，卻在實質上扮演著蒙古人、苗人在陸地上的「番兵角色」。
但番兵可以被明朝招募，本身也存在同朝廷不對付的地方。很多潮汕海民本身就亦商亦盜，在連人帶船的被招募進水師後，還覺得軍餉不夠填平自己在服役期內失去的經濟利益。所以，即便被詔安入伍，也會繼續利用身份為掩護，搞很多文官士大夫所看不上的悶聲大發財活動。如果明朝的軍餉經常能不及時發放，他們也就免不了掀起新的叛亂。1564年的水兵兵變和叄門之戰，就是其中典型。類似的情況在之後也沒有太大改觀。
原本已經接受詔安的海盜首領曾一本，就因此在1567年重新宣布脫離明軍體系。他和麾下的3000多人，分乘幾十艘大小船隻出海，襲擊了南面的雷州半島。不僅殺傷了4000多明朝正規軍部隊，還俘虜了參將與把總各一名，擊斃了當地指揮。這一事件本身也暴露了明朝官軍對於加強自身防禦實力的無所作為，基本上沒有吸取過去幾十年裡的教訓。
亦商亦盜的沿海團體 就是明朝水師的實際主力
圍攻澳門
曾一本的船隊 就是明朝水師標準
1568年的6月，再度出發的曾一本叛軍，開始準備從珠江進攻廣州。就和4年前的同鄉叛軍一樣，他們深知明朝在珠江口沒有任何像樣的防禦準備。他們的兵力和武器裝備水平，也比前一批同鄉更加厲害。除了有較大的戰船作為平臺，近三分之一的士兵也裝備了包括火繩槍在內的各種火器。很多船隻上也配備了諸如弗朗機一類的火炮，稱得上明朝水軍中的精銳。
相比之下，明朝在上次事變後的四年裡都無所長進。哪怕有抗倭名將俞大猷坐鎮廣州，也無法提前組織起像樣的海防力量。當曾一本的艦隊叛變，廣州地方官麾下已經沒有任何戰船可用。在叛軍一路衝向珠江口的同時，官營船廠才開始湊齊人手打造新的艦船。至於用來駕駛新船作戰的人員，則更沒有著落。
曾一本首先瞄準了幾乎沒有防衛力量的澳門
幸好在這個關口，曾一本因為吸取了前次兵變的教訓，準備首先解決掉澳門的葡萄牙人。因為在四年前，正是這些人數不多的武裝商人，幫助明軍追殺叛軍。澳門本身也位於珠江口區域，非常容易從後方截斷去廣州的船隊。當然，明朝對當地葡萄牙社區的防範也使得全城沒有任何防禦設施。少的可憐的守軍與武裝商船，就看上去是非常好下手的獵物。堆積在島上的東西洋貨物，更是叛軍所渴望奪取的。
6月12日，首艘叛軍船隻出現在澳門附近。次日，多達40艘規模的艦隊開始大舉進犯。而在當時，澳門島邊僅有1艘來自馬六甲的卡拉克武裝帆船。城裡雖然有不少常駐人口和臨時商賈，但真正的葡萄牙人只有130個。擔任臨時長官的特裡斯藤，只能用海員、少量士兵和奴隸一起，湊出了130人的抵抗軍。其中40人駐守唯一的海船，其餘90人組成自己親自指揮的小型野戰軍。少量有經驗者用戟作戰，大部分人則是需要陣地掩護的火槍手。更多近戰職責交由火槍手們的黑人奴隸承擔。
臨時動員起來的葡萄牙火槍隊
當曾一本的海盜大軍開始登陸，就用1500人的火槍手開路。他們不時朝守軍蹲守的小山丘開火，並期望以數量和火力優勢來壓迫對方逃跑。但根本無路可退的葡萄牙人，在近距離內進行了一次猛烈的排槍射擊。同時讓所有人大聲喊叫，利用火藥發射所帶來的煙霧，製造己方兵力充足的假象。從未見識過排槍射擊的海盜，立刻發生了潰退。他們丟下死傷的同伴，立刻坐船後撤。
曾一本並不想就此放棄澳門。在之後的一整天裡，又組織了三次大規模登陸行動。但每次都被葡萄牙守軍的排槍射擊所擊潰。在海盜們開始出現動搖時，黑人近戰奴隸便會衝上前去廝殺。這樣，進攻者不僅損失了很多士兵，還被守軍繳獲了大量火槍。迫於無奈，曾一本只能讓屬下進行沒有效率的遠距離射擊，並將矛頭轉向海面。
海盜接著將目標轉向了葡萄牙的大帆船
次日，曾一本的船隊開始進攻停泊在島邊的葡萄牙大帆船。就像幾十年前的明軍和印度穆斯林艦隊那樣，他們使用裝備了火炮的槳帆船進攻。由於其選擇在無風時動手，所以很容易將卡拉克船團團包圍。接著，大量的士兵在己方槍炮掩護下，準備強行奪船。
但曾一本很快發現，葡萄牙商船的艦炮遠比自己船上的弗朗機射程要遠，威力也大出很多。他當時還不會想到，在這次戰役結束的100年後，轟擊過他艦隊的葡萄牙大炮還會成為明朝用來對付清軍的絕密武器。而當進攻船隻靠近對手，葡萄牙人的小型弗朗機炮和火繩槍火力，也讓他們無法從容上船。更為尷尬的是，這些被葡人用於近距離支援的火器，已經是明軍所有火炮中最好的品種了。然而只用這些小型火炮，根本不可能對大帆船造成結構性傷害。
16世紀的各類葡萄牙海戰火炮
類似的進攻持續了2-3天，海盜們始終無法拿下眼前的葡萄牙大船。在海戰的最高潮部分，曾一本選出艦隊中最好的6艘大船，用鐵索連在一起，向大帆船發動最後突擊。但這也讓這些船的速度降低，成為了很好的靶子。卡拉克船上的艦炮，開始打出了比平時更高的精準度。大部分船員都顧不上吃飯喝水，不斷迎戰大量殺來的海盜。
進攻8天的激戰，曾一本終於選擇了放棄。他損失了600多名部下，僅僅打死了15個葡萄牙人與黑奴。但兵變卻不能因為這次挫敗而停下來。他們暫時撤退到附近的老萬島休整，為攻打廣州做進一步準備。
曾一本部隊的裝備 完全是明朝正規軍級別的
廣州遇襲與番兵的反擊
此時的叛軍船隊，已經增加到60艘數量。顯然是通過強取、招募其他海盜或自己加造等方式，進一步擴充了兵力。抗倭名將俞大猷卻來不及做出任何反應，只能選擇緊閉城門自守。曾一本的人馬輕鬆抵達，挑選出最好的幾艘明軍新船，然後將餘下的全部放火燒毀。
明軍留在城外的新船隊被全部摧毀
之後的15-20天內，叛軍一面包圍廣州城，一面開始在城牆外的貿易市場打劫。由於人數有限，手裡也沒有像樣的攻城武器，始終奈何不了廣州城牆。但城外的無保護地帶，卻被他們一掃而空。俞大猷素有善戰之名，自己也以兼職的武術大師自居，卻在圍城期間不敢領兵出城迎戰。一直到叛軍搶的盆滿缽滿，才為了尋找其他戰利品和補給品而主動解圍。但廣州一帶的明朝官軍，已經失去了進行水面作戰的能力。叛軍則在珠江口的伶仃洋出沒，以香山一帶為自己的活動基地。
就在這時，還是來自澳門的增援力量幫明朝和俞大猷解決了這次事變。長期旅居澳門的華人商賈林弘仲，組織了一支由澳門華人和附近貿易夥伴構成的臨時武裝。他們都因長期與馬六甲方面做買賣而致富，在澳門遭到威脅時被召集起來。
林弘仲成為了明朝給珠江口解圍的關鍵性人物
林本人不僅在澳門入教，自己還常年保有3艘商船。與他聚集起來的同伴，大都自澳門和東莞等地。相比近些年才被明軍吸納的潮州海商，都是資歷和見識都更的沿海利益群體。當年被明朝組織起來進行屯門和西草灣戰役的主力，就由他們的祖輩構成。
現在，海盜佔據珠江口的行為也嚴重妨礙了他們的經營活動。他們便以澳門商人的名義，派來了4艘中式武裝商船和2000人的臨時武裝。澳門的葡萄牙守軍也有50人隨船趕到。他們不僅要負責在海上打擊海盜，還要幫助俞大猷拱衛廣州。
載有葡萄牙士兵的武裝商船
1568年7月29日，為明朝剿滅海盜的澳門軍隊開始出動。他們在凌晨發起突襲，以4艘船的微弱兵力直撲對面的23艘曾一本戰船。技術遠比明朝官軍嫻熟的澳門聯軍，一共擊毀或燒掉了3艘海盜船，並成功的在激戰中佔據了另外9艘。其餘的海盜一鬨而散。曾一本更是率部離開珠江地區，向北逃往潮州和福建沿海。
作為曾一本海盜叛亂的餘波，明朝官軍在第二年才準備好最終反擊。朝廷調集廣東和福建兩省軍隊，終於用幾個月時間將北逃的曾一本勢力消滅。曾一本雖然在被抓後病死，還是被明軍執行了梟首示眾。
俞大猷到第二年才湊齊了剿滅海盜的部隊
葡萄牙人加入番兵體系
1568年後 澳門終於獲準建造海防炮臺
1568年的事件，無疑讓俞大猷感到臉上無光。但對於地位一直尷尬的澳門來說，卻是非常利好的事情。明朝地方當局終於同意葡萄牙人在島上修建城牆和用於海防的炮臺。當地數量不多的守備隊，也就此被納入了明朝人習慣的番兵體系，並多次為廣州當局出動。
畢竟，明朝雖然避諱自己大量使用番兵番將的事實，卻也不能不依賴這種體制外力量來增強防務。當問題因一再發生而過於明顯，西洋人和已經用慣了的蒙古人、苗人、彝人、壯人也就沒什麼區別了。
明朝的海防力量 大都屬於體制外「番兵」
何況，最後將海盜逐出珠江口的力量，還是沒有番兵之名的臨時工。這些明朝所不願意正視的群體，也已經不止一次為明朝出戰。而他們剿滅的潮州叛變海盜，在此前一年還是明朝海防力量中的「實質性番兵」。僅此來說，明朝軍隊的實際戰鬥如何便可想而知。