名偵探柯南的故事都是發生在，高中生偵探工藤新一被黑暗組織灌下毒藥之後，身體變小的事情。當時被稱為高中生偵探的工藤新一與小蘭一起在遊樂場約會，新一發現有幾個黑衣人的行為舉止十分詭異，於是找了個藉口離開小蘭後，跟蹤黑衣人。但是被黑衣人發現偷聽的他，從身後被擊倒。帶頭的銀色頭髮的黑衣人給他灌下一瓶毒藥，對他說了一句永別了名偵探，之後揚長而去。
在此之後，工藤新一的身體開始變得難受，就連他自己都以為是瀕死的狀態。等到他再次醒來時，自己已經縮水成為七八歲的孩子。琴酒當時給他灌下的藥應該是可以致命的毒藥，但是沒想到這種藥還沒有研發完全，在柯南的身體裡形成了副作用，讓他身體縮小，除此之外沒有其他改變。
於是這件事就成為了嚴謹的黑暗組織最後悔的一件事情，因為以為是毒藥，想要殺人滅口。所以在動手之前對方知道黑衣人的樣貌特徵，沒想到這次下手失敗，對於組織的信息有很大的安全隱患。
雖然事後黑暗組織也派人前去公園尋找屍體，但是當天不但沒有收到有小孩意外身亡的消息，也沒有人發現公園中曾經存在一個小孩昏死過去。所以只有一個可能，就是名偵探並沒有死，而是變小多了起來。
這群人能夠在告別的時候，輕鬆地對他說出永別了，名偵探。說明當時小有名氣的新一他們並不陌生，這個小鬼辦案的能力這麼好，難免會有一天查到自己的身上。之後新一的失蹤，遊樂場屍體的消失，都成為琴酒最為後悔的事情。如今新一變成了柯南，自然會更積極地尋找關於黑暗組織的事情，越來越多的人將注意力放在黑暗組織身上，他們被發現的危險就越大，所以黑暗組織不斷派出間諜尋找新一，但是沒有人料到他變成了小孩子，這才躲過了一劫。
第二個後悔的事情，就是不應該那麼隨意就殺害了宮野明美。宮野明美想要脫離組織，但是被琴酒發現，一槍射殺。但是在最後時刻，宮野明美告訴了柯南組織的秘密，讓柯南開始抓到線索，不斷擴大自己的搜索範圍。
此外宮野明美並不是孤身一人在組織中，她的妹妹宮野志保也在組織裡擔任實驗室的管理人員，這種技術型的關鍵職位，一旦發生了差錯，就是很危險的事情。由於姐姐被組織殺害，宮野志保開始對組織反抗，心灰意冷的她服用了藥物之後，也變成小學生的模樣，來到了新一身邊幫助他完成對黑暗組織的搜查。
另外宮野志保能夠輕而易舉地離開，也說明組織中的而管理存在疏漏。她在轉化成小孩之後，身體十分虛弱，行走的速度並不算快。只要有一個安保人員發現，就不會讓她有機會逃走。同時憑藉她的超高記憶，復刻出同樣的藥品，或者直接製作出解藥也並非不可能。
之後由於宮野志保的死，也讓赤井秀一這些臥底逐個浮出水面，不斷壯大打探黑暗組織的隊伍。