戰國時期，守護大名的力量在長期混戰和鎮壓農民起義的過程中消耗殆盡，完全衰落，代之而起的是和幕府權力無關的地方領主和武士——「戰國大名刀。戰國大名趁守護大名混戰之機，發展自己的實力，形成新的割據勢力。他們是新興的武士地主階級。為了建立全國性的統治，他們都比較注意發展自己的經濟力量，注重發展生產，提倡工商業。16世紀以來，在農業方面，先進的農具和生產技術幾乎普及全國，糧食產量大幅度提高。在工商業方面，由於城市有了很大發展，給了商業手工業以有力的推動。國內市場也因城市的增多而逐步形成並日趨繁榮。國際貿易除了與傳統的貿易國——中國、朝鮮、東南亞依舊頻繁往來外，還同歐洲的葡萄牙、西班牙、荷蘭、英國等有了商業關係。在手工業中，行業和工種的分工日益明確，手工工場開始出現。
經濟的普遍發展和城市工商業的繁榮，大大加強了國內各地的經濟聯繫，從而為政治上的統一奠定了基礎。分裂割據破壞了農業生產，造成丁農民的痛苦，窒息了商業的發展，促使了階級矛盾的尖銳化。因此，各個階級從不同的利益出發，都要求全國統—。
1558年，尾張國大名織田信長(1534——1582年)應用從葡萄牙輸入的槍炮，依靠由武士組成的騎士隊和由農民組成的步兵隊，開始了統一日本的事業。1568年， 佔領京都。1572年，結束了室町幕府的統治。織田信長未能完成日本的最後統一，1582年他死時，僅統一了日本的一半。
織田信長死後，部將豐臣秀吉(1536——1598年)繼續其統一事業。經過多次戰爭，1590年日本的百年分裂宣告結束，進而在1593年首次將北海道置於日本中央政權統轄之下，日本統一基本告成。
在完成統一後，豐臣秀吉立即在1592年和1597年連續兩次發動了侵朝戰爭，在朝中軍隊的聯合打擊下，均遭失敗。1598年，豐臣秀吉憂急病死。
豐臣秀吉死後，織田信長的另一部——降德川家康(1542 1616年)奪得政權。1603年德川家康在江戶(今東京)建立幕府。開始了德川幕府(江戶幕府)的統治(1603一邛67年)。
德川幕府積極強化幕府統治，加強中央集權，將全國四分之一的土地作為幕府的直轄領地，並實行「五人組」連環保制度，將農民強行束縛在土地上。為了鞏固地主階級專政的階級基礎和防止人民反抗，德川幕府強化了士、農、工、商的森嚴等級界線。並特別從經濟上優待和思想意識上培養武士，使之成為自己的統治支柱。17世紀中期，將軍直屬軍隊達八萬餘人，超過三，四十個大名的聯合軍事力量。
在絕對優勢的經濟力量和軍事力量釣基礎上，德川家康建立了空前強化的中央集權封建政權，使日本封建社會發展到了最高和最後階段。自織田信長起，為了統一日本和鎮壓佛教徒農民的起義，西方的天主教和槍炮火器等傳入了日本。日本人民在封建壓迫的痛苦中很容易地接受了天主教。豐臣秀吉的餘黨也多是如此。這對德川幕府是一種威脅。1637年10月，九州島原地區的農民三萬多人利用天主教舉行起義。幕府出動十二萬士兵進行鎮壓，圍攻五個月而不能取勝。最後，幕府求助於荷蘭人從海上連續炮擊島原城達半月之久，起義軍因彈盡糧絕最後失敗。
早在17世紀初，德川幕府就對外採取「鎖國政策」，島原起義後的1639年，幕府頒布最後一道「鎖國令」，禁止日本人同西方進行貿易，在日本的外國商人和傳教士均被驅逐，只許中國和荷蘭的商人在長崎一港通商。幕府的鎖國政策實行了二百多年，直到1853年在美國大炮的壓力下才重新開放。鎖國政策對日本社會經濟的發展產生了嚴重的消極後果，它影響日本吸收先進國家的科學技術，阻礙了資本主義萌芽的發展，造成了日本長時期的落後。