作為索別斯拉夫一世的繼承人，他的侄子弗拉迪斯拉夫二世（1140-1172年在位）受益於處在上升階段的貴族階級的選舉支持，他們把他看做是代表他們自身利益的傀儡。然而，新君主面臨著來自普舍美斯同族和摩拉維亞的茲諾伊莫、奧洛莫烏茨和布爾諾的地方公爵對他權力的早期挑戰。摩拉維亞人在維素卡打敗了弗拉迪斯拉夫，接著包圍了布拉格，不過在奧洛莫烏茨主教的幫助下，弗拉迪斯拉夫得到了德意志霍亨斯陶芬王朝的首位君主康拉德三世的援兵。康拉德在弗拉迪斯拉夫的護衛下進入波希米亞，戰鬥趨向結束，此後弗拉迪斯拉夫重新獲得了對摩拉維亞關鍵地區的控制。
1147年，弗拉迪斯拉夫跟隨康拉德一起進行第二次十字軍東徵不過只走到君土士坦丁堡就返回了他的祖國。然而，他與康拉德的侄子和繼承人一一腓特烈一世一一的聯盟對捷克人產生了可觀的回報。腓特烈巴巴羅薩在112年加冕為德意志國王，並在三年後成為神聖羅馬帝國皇帝，他捲入了與教皇的主教敘任權以及對義大利北部富有域市的控制權之爭。弗拉迪斯拉夫在主教敘任權之爭中站在腓特烈一邊，還率領波希米亞軍隊前往義大利，在那兒他們作為腓特烈盟友的軍事努力非常成功，尤其是在圍困米蘭期間。在腓特烈的支持下，弗拉迪斯拉夫於是在1158年成為第二位被加冕的波希米亞國王，儘管眼以前樣，王位不能傳遞給繼承人。
帶著建立世襲王位的目標，弗拉迪斯拉夫在1172年自動退位，以此來保證他的兒子貝德日赫（腓特烈）不會成為繼承權選舉過程的受害者。然而，貝德日赫只掌權了很短的時間，就由於腓特烈巴巴羅薩和波希米亞權貴的反對而在1173年被廢黜，他們拒絕這位新統治者是基於他並非通過選舉而即位。為了在波希米亞事務上尋求更大的影響力，腓特烈巴巴羅薩正式宣布摩拉維亞為獨立的侯爵領地，並將這個地區作為封地賜予普舍美斯家族的敵對支系康拉德奧託。對於捷克人來說，由短暫的公爵統治和頻繁經受帝國幹預的王朝鬥爭所造成的政局動蕩成為了接下來的四分之一個世紀的標記。
在康拉德奧託一世作為波希米亞君主（1189~1191年在位）的短暫統治期間，捷克人通過1189年公爵法令的方式接受了他們的第部成文法典。然而，康拉德奧託未能達成他統一波希米亞和摩拉維亞領土的目標，到了1193年，隨著普舍美斯鄂圖卡的崛起，權力又次回到了普舍美斯家族的主系手中。普舍美斯鄂圖卡於1198年在美因茨加冕，成功地重新建立了王權，由此促進了中世紀的捷克國家向個新等級的權力和影響力發展。從此以後，波希米亞將由國王代替傳統的公爵進行統治。
1204年，教皇英諾森三世正式承認普舍美斯鄂圖卡的君主統治，並且教會通過追封聖普羅科匹厄斯引出了另一位捷克聖人一曾經的薩扎瓦的斯拉夫修道院院長，據稱他於11世紀強行驅逐了日耳曼修道士。隨著教皇與皇帝之間持續不斷地摩擦，期間還夾雜著神聖羅馬帝國內部的王朝鬥爭，普舍美斯鄂圖卡有可能利用神聖羅馬帝國的弱勢，促使一個擺脫帝國權威的獨立波希米亞王國的建立。然而，波希米亞國王卻選擇保留在帝國勢力範圍之內，秉承著互相提供支持的策略作為對特許權的報答。
奧塔卡爾的政策成功地提高了波希米亞在神聖羅馬帝國內的地位。12年，年輕的霍亨斯陶芬國王和未來的皇帝一一腓特烈二世一一頒布了《西西里金璽詔書》，承認波餚米亞王位的世襲狀態，並且聲明只有通過波希米亞人自己推選或接受的國王才會得到皇帝的承認。詔書規定了波希米亞國王在帝國內作為一個獨立王國統治者的義務，不過也使國王擺脫了帝國的委派，通過應用長子繼承權原則在繼位過程中削弱了權貴的選舉權力，這跟在英格蘭和法蘭西的情況是一樣的。波希米亞國王被任命為神聖羅馬帝國七名選舉人之一，擁有選舉羅馬人國王的共有職責，這反映了波希米亞君主在帝國內不斷增長的聲望。
普舍美斯鄂圖卡的兒子和繼承人ー一瓦茨拉夫一世（1230一1253年在位）奉行與帝國之間建設性的關係，他與腓特烈二世緊密聯繫，並且與士瓦本菲利普大公的女兒昆胡塔什陶夫斯卡（庫內貢德霍亨斯陶芬）結婚。然而，瓦茨拉夫對奧地利的圖謀成為了摩擦的根源，當時最後一位奧地利巴本堡公爵之死開啟了對奧地利領土的競爭。在10世紀後半葉，巴本堡家族被封為侯爵領地，在1156年升級為公爵領地，其封地位於日耳曼人的帝國東部邊遠地區。巴本堡家族居住在多瑙河畔的維也納，在這裡他們統治的這片公爵領地被稱為「東部王國」（ Ostarrichi），他們的領土將會被稱為奧地利（德語中稱為 Osterreich）。瓦茨拉夫在位早期，波希米亞面臨著巴本堡公爵腓特烈二世（好爭吵的腓特烈）統治下的奧地利的入侵威脅，他計劃以鄰近的波希米亞巴伐利亞和匈牙利為代價擴張他的土地。腓特烈二世於1246年在同匈牙利的邊境衝突中戰死，由於沒有男性繼承人，導致巴本堡家族世系終結，公爵繼承權引發了爭端。