今年第21號颱風「杜鵑」於9月28日17時50分前後在臺灣宜蘭沿海登陸，登陸時中心最大風力15級（強颱風級）；隨後於29日上午8點50分前後在福建省莆田市秀嶼區沿海再次登陸，登陸時中心最大風力12級（颱風級）；登陸後強度迅速減弱，於17時在福建省連城縣境內減弱為熱帶低壓，中央氣象臺於29日20時對其停止編號。
受颱風「杜鵑」外圍和冷空氣影響，28日夜裡起本市出現了明顯降雨。28日～30日，全市累積雨量普遍在50毫米以上。降雨主要集中在金山、青浦、松江、崇明等區縣。全市測得數據的528個雨量測站中，有93個超過100毫米，412個在50～100毫米之間，其餘23個在50毫米以下。其中，最大24小時降雨量為金山區馬家宅158毫米；最大小時雨強為金山區馬家宅49毫米。除嘉定區個別下立交出現積水外，全市未出現大面積道路積水和民居進水。
同時，受颱風「杜鵑」和今年第9次天文大潮汛的共同影響，28日～30日本市黃浦江沿線潮位全面超過警戒線，其中黃浦公園站4次超警戒，最高潮位4.86米；吳淞口站3次超警戒，最高潮位5.00米；米市渡站5次超警戒，最高潮位4.20米。全市未發生潮水倒灌現象。
此次颱風影響期間正值中秋、國慶節日，又是今年本市汛期的最後幾天。為站好最後一班崗，善始善終做好今年汛期的應急值守工作，市防汛指揮部總指揮、副市長蔣卓慶專門對此次颱風防禦工作作出了重要批示，要求各級防汛部門克服麻痺思想，全面落實各項防禦措施，確保城市安全平穩運行。市防汛指揮部副總指揮黃融同志也作出批示，要求防汛部門密切關注天氣變化情況，督促各相關單位落實各項防禦措施，盡力減輕災害帶來的損失。市防汛指揮部副總指揮顧金山同志親自坐鎮防汛指揮部值班室，指揮協調各項應急處置工作。
全市防汛部門根據市領導的批示精神，認真落實各項防禦措施，全面做好了各項應對準備工作。
25日下午，市防汛辦就向全市發出了緊急通知，對各項防禦工作進行了全面部署。
27日上午，國家防總召開了視頻會議，上海市防汛指揮部就颱風防禦工作落實情況進行了匯報。全市17個區縣、217個街道鄉鎮在各自分會場收看了視頻會議直播，並於會後及時進行了傳達部署。
28日下午，颱風登陸前夕，市防汛部門發布了防汛防臺藍色預警、啟動了Ⅳ級應急響應。當天夜裡，市防汛辦專門組織相關部門在黃浦江沿線潮位最高時，到薀藻浜堤防搶險段（吳淞水文站）、蘇州河河口水閘等重點部位開展了檢查。
29日下午，根據氣象部門的暴雨預警信號，市防汛部門將預警信號升級為黃色，啟動了Ⅲ級應急響應。由於當天半夜裡雨勢較大，市防汛辦還專門通過視頻會議系統和各區縣防汛辦會商汛情、部署各項防禦工作，叮囑各區縣和有關部門務必高度警惕，切實做好各項應急處置工作，保障早高峰期間的正常交通秩序。各相關部門也通力合作、應急聯動，300多座防汛泵站開足馬力排水，50多支防汛排水突擊隊和30多輛移動泵車隨時準備出動，排水職工全員上崗巡查排水，堤防職工徹夜巡堤查險，市容環衛職工提前上崗清除路邊進水口垃圾雜物，公安交警加強警力排堵保暢，確保了城市運行安全有序。
目前，黃浦江蘇州河河口水位已回落，市防汛指揮部已於今天下午15時25分解除了防汛防臺預警信號。經過三天兩夜的連續奮戰，全市各級防汛部門再一次經受住了颱風、暴雨和高潮位帶來的嚴峻考驗。全市未出現因災人員傷亡事故和重大財產損失，城市運行平穩有序。