日本人的起源研究，始於江戶時代的新井白石、木內石亭，用科學方法研究日本人起源則是幕府時期，而這一項科學研究則是由旅日的外國人率先發起的。
阿伊努人的後裔？
1823年，荷蘭醫生史德波和他的兒子共同提出了阿伊努人（蝦夷人）與衝繩人同屬於一個系統的觀點。德國醫生貝爾茨 （1849—1927年）在日本居住了29年，為了調查和研究地方病而走遍了日本各地。貝爾茨發現，日 本人因地區不同而分為不同類型，可分為少數的長州型（貴族型）和多數的薩摩型（平民型）
美國動物學家摩斯發現了日本第一個貝冢遺址，開啟了日本人現代考古學和人類學研究的先河，被稱之為日本現代考古學和人類學的奠基人和開拓者。日本學者坪井五郎（1863—1913）是第一個赴歐洲學習人類學的日本人，他認為阿伊努人與黑矮人（落下居住人）是不一樣的人種，日本人不一定都來源於阿伊努人。
日本學者小金井良精（1858—1944）是研究阿伊努人的專家，他經過長時期對阿伊努人骨骼的比較研究，從解剖學的角度用事實證明，阿伊努人與黑矮人（落下居住人）是同一個系統，他的觀點與坪井五郎相反，二人為此一直爭執不下。
後繼的日本學者鳥居龍藏（1870—1953）調查了庫頁島、千島群島等地的阿伊努人，發現看阿伊努人製作的陶器、石器和住豎井等特徵，證明了小金井的觀點，坪井五郎的觀點從此衰落。
幕府時期日本人對自身起源的研究，始於旅居日本的外國人，早期的日本學者基本上主要針對於阿伊努人與落下居住人的關係，爭論的焦點是日本人是否只起源於阿伊努人，阿伊努人與衝繩人究竟是不是一個系統的人種，鳥居龍藏之後日本學界幾乎認定了這一觀點，但也有人持反對意見。
第一個運用統計學研究這個問題的日本學者是清野謙次（1885—1955），他否定日本人就是阿伊努人的觀點，倡導日本石器時代人說。他認為繩文人是古代的日本人，後來與大陸的人混血形成了現代的日本人，由於混血不同所以產生了南北體型差異的日本人。
連續說與騎馬民族說
戰後，日本學者長谷部言人提出了日本人起源的「連續說」，他認為人類創造了文化與文明，反過來文化與文明又影響了人類體質的變化。例如醫療條件的改善，營養水平的提高等因素，年青人的身高得到了增高的改變。
為了證明自己的觀點，長谷的學生鈴木尚等人收集了大量繩文、彌生、古墳、室盯、鎌倉、江戶、明治等各個時期的頭骨資料，他們對這些資料進行了廣泛研究，以證明自己觀點的正確性。
最後，他們得出結論：無論是繩文人還是彌生人，在明治維新之後體質都發生了巨大改變，這種巨變並非是混血或者人種的交替引起的，這是一種連續性的變化。這一學說具有一定的代表性，被稱之為「長谷部·鈴木說」。
1948年，日本學者江上波夫提出了「騎馬民族說」，這一學說給日本人的起源研究帶來了巨大衝擊。江上波夫人為，繩文文化是從西伯利亞、滿蒙方向傳入的，繩文時期的日本與外界隔絕，中期受到太平洋圈民族和文化遷移的影響，彌生時代在北九州一帶建立了部落國家。
二世紀時，侵入朝鮮 南部的騎馬民族扶餘族建立的辰王朝於四世紀的古墳時代後期侵入日本建立王朝，成為日本的統治民族。
當代著名學說：起源於中國雲南
日本古人類的化石極少，幾乎沒有更新世的代表。1931年，在兵庫縣明石市發現的「明石原人」被認為與中國「北京人」相當，但近年來又被學者所否定。目前日本最古老的人類化石是「牛川人」，為5萬年前的舊石器時代晚期的人，最早的遺址為大分縣的早水臺遺址，約為10萬年前。新石器時代的日本人化石，有「三日人」，「濱北人」，「港川人」等。
1979年，日本學者鳥越憲三郎等人用了將近10年的時間，對東南亞和中國雲南的少數民族進行了大規模調查，鳥越憲三郎等人從民俗和歷史等角度出發，研究中國雲南少數民族與日本人的關係，提出了「倭族起源說」。
鳥越憲三郎認為，散居在我國雲南到泰國北部的廣大少數民族其實是倭族，這是鳥越憲三郎提出的新觀點。他認為在中國雲南很多少數民族中發現，有很多少數民族的習俗與日本非常接近，甚至有不少少數民族的語言也與日語類似。因此，鳥越憲三郎等人指出，日本人其實是中國雲南是少數民族遷移過去的，這些少數民族是倭族的本體。
鳥居憲三郎的學說在日本影響很大，幾乎顛覆了以往存在的所有學說。從1979年至今，每年有大量日本學者和遊客趕赴雲南尋根問祖，找尋真相。
日本人起源於哪裡？這是困擾日本學者百餘年的問題，阿伊努人與繩文人之前的祖先是誰？中國雲南的少數民族真是日本的本源民族「倭族」？這個問題至今依然沒有得到最後解決。
參考文獻：
1.《日本大和民族起源研究》
2.《日本民族起源論》
3.《鳥居龍藏研究》