為啥鳴佐之戰佐助最後不使用伊邪那岐？個人認為原因有幾點：
伊邪那岐作用時間有限制，佐助無法保證能夠完全逆轉之前的不利局面。
查克拉不足無法使用。
劇情需要。
佐助已經認可了鳴人的理念無需執著於按照自己的理念改造忍者世界的結構，下面具體說明一下。
雖然伊邪那岐能夠逆轉使用者不利的局面但是使用時長有限制，佐助無法保證開啟伊邪那岐以後能夠完全逆轉之前的戰鬥過程。
劇情中出現過的宇智波一族使用的伊邪那岐技能的本質上在一定時間範圍內讓使用者能夠規避掉受到的外界物理傷害，也就是說伊邪那岐能夠保留伊邪那岐發動時宇智波一族的身體狀態，再隨後的一段時間內無論收到多大的外界傷害都能夠伊邪那岐使用者恢復到之前伊邪那岐開啟時的狀態，但是無法逆轉整個事件的經過流程。
佐助在最後階段開啟伊邪那岐的話並不能改變開啟之前於鳴人對接的戰鬥結果，之前累積受到的傷害也不可能恢復，查克拉同樣需要消耗，對於佐助來說還需要小孩掉自己都寫輪眼 ，可以說得不償失。這種情況下佐助即使發動伊邪那岐野改變不了之前都戰鬥結果，也無法取得戰鬥力方面的加持（最後階段鳴人和佐助能力差距很小）。
伊邪那岐使用者發動技能的有效時間不一樣，比如團藏使用一次伊邪那岐的有效時間就是一分鐘左右，這段時間內外界物理輸出對於團藏的傷害無效，但是團藏不可能利用伊邪那岐逆轉時間彌補之前的劣勢，有效時間一過團藏的無敵時間久沒有了，放在佐助身上也是一樣的。
佐助只能夠保證發動伊邪那岐之後的一段時間內鳴人對於自己都攻擊無效化，但是這一階段如果佐助失去了寫輪眼的話戰鬥力會下滑，能否打得過鳴人還是未知數。一旦有效時間用完，佐助之前積累的優勢就沒有了。
二人經過一番激戰查克拉都所剩無幾，佐助已經沒有多餘的查克拉來使用伊邪那岐了。
鳴佐最後之戰打的是天崩地裂，各種強力技能頻頻出現，而發動大威力技能都代價就是雙方查克拉被迅速消耗。
火影中大部分技能使用都需要消耗查克拉，宇智波一族的特殊能力也不例外，對於最後接近於油燈枯竭的佐助來說有可能已經沒有多餘的查克拉來發動伊邪那岐了。
（如果佐助想要影的話應該一開始就使用伊邪那岐，利用伊邪那岐的無敵時間來幹掉鳴人，奈何鳴人最後階段點防禦能力也不差雙方可以說是棋逢對手，佐助使用伊邪那岐代價太高了。）
在這種情況下如果佐助強行發動伊邪那岐可能會有生命危險，畢竟忍者耗盡查克拉就會死，佐助也沒有類似漩渦一族的血統天生就有強大生命力耗不起，自然不會在使用伊邪那岐了。
在自身查克拉所剩無幾的情況下，佐助不會再冒險使用伊邪那岐，移動因為發動伊邪那岐造成佐助自身查克拉消耗一空，面臨的結果就是佐助提前死亡。佐助只是希望能夠改變忍者世界的格局並不想死，因此沒有孤注一擲的選擇殊死一搏。
佐助最後認可了鳴人都想法，雙方握手言和，就不需要利用伊邪那岐死磕了。
火影中鳴人的嘴遁威力有多大相信大家都清楚，佐助作為男二號依舊規避不了嘴遁的影響效果。
造成的結果就是雙方互相死磕了一會兒以後佐助突然就認同了鳴人的想法，不在執著於以自己都方式來改變火影主世界中的格局，而鳴佐之戰的起因就是雙方世界觀不一致產生分歧。
後面佐助既然想通了，就不需要利用伊邪那岐來逆轉結果了（實際上以伊邪那岐的能力也扭轉不了）。
佐助既然認輸了就沒有必要繼續和鳴人利用伊邪那岐來死磕了，當時佐助認為自己是宇智波一族遺留的唯一血脈，為了避免宇智波一真正的滅族還是留了一手。
選擇與鳴人實現和解，這樣能夠保留宇智波一族，否則使用了伊邪那岐的話即使能夠打贏鳴人五大忍者村也肯定要對付佐助，決戰後佐助的能力優勢還做不到以一己之力橫掃忍者世界，佐助不使用伊邪那岐的決定是為了明哲保身。
最後總結一下，個人認為鳴佐之戰最後階段佐助不使用伊邪那岐的原因並不複雜，一方面伊邪那岐能力有限，無法逆轉之前雙方的戰鬥結果 其次佐助的查克拉已經不多了有可能無法使用伊邪那岐，加上技能副作用以及佐助突然醒悟，認同鳴人都想法，認輸的佐助已經沒有使用伊邪那岐的必要了，分析不到位地方請見諒，各位有其他想法歡迎留言討論。