在過去很長一段時間內，漕運的安危，可以直接關係到一個王朝的興衰穩定。因為國都本身因為地理位置特殊，自然而然的會聚集起大量人口。但是，國都本身可以生產的糧食，其實非常有限，根本無法供給那麼多人口的需要。所以，需要從外地調集糧食，滿足國都人口的需要。
清朝的時候，北京地區的糧食，基本是依靠東三省和江淮地區的糧食。而且，主要走水路。因為相比陸路交通的不便，水路速度更快，且成本更低。東三省的糧食需要走海路，到山東後，交給商販運往北京。
江南糧食則主要走京杭大運河、長江、淮河等水系。把糧食運到北京。漕運的重要，讓清朝特意設立了「漕運總督」這一職位，專門負責管理漕運事務。
總督這這個官職在清朝，屬於高級別的封疆大吏。如果是跟巡撫在同一個駐地內，總督可以節制巡撫。而且，總督常會得到特殊授權，可以節制轄區內的軍隊和官員。手下還有一支可以直接供他們指揮的軍隊，讓他們處理一些緊急事務。
雖然跟其他總督，如兩江總督、直隸總督相比，漕運總督的轄區沒有那麼大，並且以某項事務作為主要職權。但他們同樣擁有總督的基本職權。
在漕運總督的轄區內，民政、財政、刑事、軍事、水利、鹽課，都要由它負責。它的麾下也有一支被稱為漕標的綠營軍隊，專門負責押解糧道。所以，漕運總督的官階跟總督是一樣的。
一般而言，他們是正二品官階。但是因為可以兼職，漕運總督就會成為從一品官階。這就跟戶部尚書、太子太師等職位，屬於同一官階。
對於漕運總督的專屬職權上，主要是負責把各地繳納的漕糧折合成銀兩。不過這個一般都是在重災地區，或者是缺少船隻，以及漕運難以到達的情況下，才會用這種方式。
他們需要保障漕糧的順利運達。這不僅要催促進度，更要保證底下官員一定程度上的清廉。
同時，漕運總督還要稽查嚴禁私鹽的販賣，修繕河道，保證河道可以順利通行，又要賑濟災荒、弄清楚軍隊的屯田數量。甚至還要賑濟災荒。當然，漕運總督主要還是保障漕糧的順利運達，其餘事務，都是參與，跟地方上互相配合。
在清朝初年的時候，還常常讓漕運總督兼任江北巡撫。但是，因為漕運總督這一任職，需要有很高的專業性。而且，不能輕易分心。所以，漕運總督的兼職被削減。
官員的任選標準，都是從漢族官員中，熟悉河道事務的人中挑選出來。一般是在巡漕御史、河道總督、倉場侍郎、安徽巡撫等長期跟漕運河道打交道的官職中選拔。
漕運在清朝初年相當長一段時間內，對於整個國家的供糧、國庫的充足，都起到了很大的作用。但並沒有弊政。因為漕運總督可以受到的監督，其實非常有限。
這一職務，本身又因為油水充足，其實充滿了誘惑力。所以，漕運總督這一職務，也成了腐敗的重災區。到了晚清的時候，因為河道經常發生淤塞，漕運的速度，又比不上輪船鐵路的速度，也就逐漸衰落。漕運總督也跟著走進了歷史。