上海交通大學和華中科技大學兩所學校都是985工程，世界一流大學建設高校，但是上海交通大學是九校聯盟成員，而華中科技大學並不是。兩所學校都是通過合併院校，走上綜合性大學模式，相對來講，上海交通大學合併的院校實力更強。
上海交通大學合併了上海第二醫科大學；而華中科技大學合併了同濟醫科大學，兩所醫學高校實力都比較強，相對來講，上海第二醫科大學略強一些，主要是因為，他在1979年列入了全國重點大學。兩所學校各自合併了一個「學院」，華中科技大學合併了武漢城市建設學院；而上海交通大學合併了上海農學院，實事求是的講，這兩所「學院派」實力都不強。
上個世紀五十年代上海交通大學的實力，要比華中科技大學弱一些，這一點是事實。主要是因為，當時上海交通大學是以船舶為主，而當時國內的船舶並非首要發展的行業，所以相對重視不足；而此時的華中科技大學則是以機電為主，相對項目更多一些。進入六十年代之後，上海交通大學劃歸國防科委，由此開始備受重視，實力大大增強。進入八十年代，寶鋼投產，上海市圍繞寶鋼的上下遊工業迅猛發展，上海交通大學由此開始崛起。
上海交通大學和華中科技大學兩所學校弱勢主要集中在人文社科方面，而且兩所學校在這方面專業設置也比較多，如設計、藝術、法學、人文、管理等方面實力都比較弱，相當於專類三流學校的水平。整體來看，上海交通大學的綜合實力勝過華中科技大學一些，這主要是因為上海交通大學獲得項目更多，而且優勢學科和專業也更多，自然實力也要更強一些。