菲律賓民航委員會10日晚下令，基於一個中國政策，臺灣包括在菲律賓對中國實施的「臨時旅行禁令」內。而就在10日傍晚，臺當局還信誓旦旦地向民眾保證菲律賓不會對臺灣實施禁令，此事隨即在島內掀起軒然大波。
「外交部秒被打臉」，臺灣中時電子報11日以此為題報導稱，菲民航部門10日晚在官網公布基於一中政策的包含臺灣的「旅遊禁令」，規定除了菲律賓公民及永久居留者外，暫時禁止自大陸和港澳臺直接入境菲律賓的任何國籍人士，14天內曾經到過大陸及港澳臺的任何國籍人士，暫時禁止進入菲律賓；暫時禁止菲律賓民眾前往大陸及港澳臺旅遊。
中時電子報還原事件經過稱，10日下午3時30分，多家菲律賓媒體報導了菲衛福部副部長多明戈的表態。他說，為遵守一個中國政策，旅遊禁令將從原本的大陸及港澳擴大到臺灣，因為世界衛生組織認為臺灣是中國的一部分，而菲方遵守一個中國原則，臺灣理當比照陸港澳適用禁令。島內航空公司與旅遊業者隨即奔走相告，預告臺菲恐停航，但未見媒體報導。10日晚7時許，臺「外交部」發言人歐江安回應稱，「據掌握的信息，媒體所報導菲律賓將臺灣劃入中國疫區，並將臺灣列入禁航名單的相關消息並非正確」。多家臺媒以此為依據，否認此事。結果到晚上10時，菲律賓民航委員會在官網貼出了公告。臺灣虎航深夜緊急取消11日凌晨飛往菲律賓長灘島的航班。而長榮航空10日晚10時許起飛的航班抵達菲律賓後，馬上成為禁令的第一批受影響者。華航航班11日早上雖然照常起飛，但機上只有9名乘客，且沒有臺籍人士。長榮航空菲律賓分公司總主任張旭伸稱，根據旅行禁令，臺灣民眾返臺沒有問題，但無法入境菲律賓，因此若是赴菲航班，臺籍民眾將無法登機。
臺「中央社」11日稱，島內三大旅行社統計顯示，目前團體部分約有500名旅客仍滯留菲律賓。臺觀光局稱，截至11日上午11時，在菲律賓的臺灣旅行團有21個，旅客約542人；2月25日前，因受菲國禁令影響的旅行團及旅客約有83個團1680人。有臺灣旅遊業者表示，目前正值旅遊淡季，影響應該不大。
臺當局對「菲律賓禁令」反應強烈。臺「外交部」11日稱，菲律賓各部門未進行完整溝通，衛生部門就片面做出決定，「讓人遺憾」。「行政院長」蘇貞昌稱，很多國家在一中主張下不了解臺灣情況，「讓臺灣很冤枉」。臺北駐菲代表處稱已與馬尼拉經濟文化辦事處聯繫，「積極協調處理這項錯誤的決定」。不過綠營顯然不敢得罪菲律賓。民進黨「立委」趙天麟聲稱，菲律賓政策大轉彎顯然是大陸在背後給菲國「極大壓力」，因此「問題根源出在大陸，不是菲律賓，拿菲律賓開刀是搞錯對象」。「立委」羅致政還稱，所有問題的起因來自世衛組織，臺「外交部」應該積極溝通協調，並嚴正表達抗議。據「中央社」報導，一名菲律賓官員稱，馬尼拉是否解除對臺禁令，12日召開的內閣特別小組抗疫會議將是關鍵。此前，義大利的禁航令也把臺灣航線包括在內，臺當局多次交涉無效，停飛仍持續到4月28日。
中時電子報11日評論稱，臺「外交部」10日晚才信誓旦旦否認，結果迅速被菲律賓打臉，而細看臺「外交部」的說法，也是相當「巧妙」。按照菲律賓的禁令公文，是禁止從臺灣出發的「人」，臺「外交部」回應的則是禁航，講的是「機」，顯然臺當局是在玩文字遊戲，或者早知頹勢難挽，但不願面對，總之最後推給一個中國就行了。有分析稱，一個中國原則早已成為國際社會的共識。香港中評社稱，臺灣當局「以疫謀獨」「倚美謀獨」，不僅不利於兩岸在防疫、抗疫上合作，而且會加劇兩岸對抗。