西紅柿定植後，第一花序坐果以前，我們就該插好支架，將莖蔓綁縛於支架之上，同時也就開始了整枝工作。西紅柿有單幹整枝，雙幹整枝，改良式單幹整枝和單幹換頭整枝等多種方法。西紅柿不同的栽植方法，不同的品種等所採用的整枝方法有所不同，如中熟品種適宜採用雙幹整枝，單幹整枝適合於密植等。
西紅柿的剪枝也叫打杈。西紅柿側枝發生能力很強，容易生營養枝，要注意及時早摘。去掉長出來的多餘側枝，減少養分的消耗，控制莖葉的營養生長，促進花和果實的發育。合理整枝打杈可以起到減少病蟲害發生，早熟高產，改善品質的目的。整枝與打杈同時進行，但打杈一定要早，當側芽長到4-6釐米時就可以進行。
我們這裡給西紅柿打杈並不用剪刀，也不用指甲掐斷，而是直接用手推杈或抹杈，要求不留樁，不帶掉主莖上過多的皮。不同的整枝方法所採用的打杈方式不同。如果你想單幹整枝，那就只留一個主幹，把所有的側枝都陸續抹掉。我們都是用拇指和食指捏住杈的基部左右推，從而弄掉側枝。
如果你是採用的雙幹整枝，那得留下第一花序下的第一側枝作為第二主幹結果，因此稱為雙幹。除留下這一條側枝以外，將其他側枝及雙幹上的再生枝全部摘掉。
改良式單幹整枝在主幹進行單幹整枝的同時，保留第一花序下的第一側枝，等它結1-2穗果後留2-3片葉摘心，其餘側枝全部去掉。
單幹換頭整枝採用單幹整枝，當植株長出3個花穗時，在莖幹上部留2片葉子摘心，等第一穗果坐住後，保留緊靠第二花穗下的第一側枝，等它有3個花穗時留2葉摘心，坐果後再如此培養一個側枝，繼續按此法進行下去，其餘側枝全部去掉。
西紅柿的打杈不宜過早也不宜過遲，過早影響長勢，過晚造成營養的無謂消耗和植株的徒長，影響通風透光，也不利於果實的膨大。早期打杈時可以留1-3片葉打頂，以增加營養面積，促進植株的生長，特別是可以促進基部杈附近的果實生長發育。另外還需要注意，打杈時不要在有露水和陰雨天進行，最好是在晴天的上午10點後至下午3點前，此時溫度高利於傷口的癒合，不易被病菌感染，發生莖幹腐爛等病害。如果你發現有病毒病的植株，切要注意單獨打杈，摘心等整枝，以免造成人為的傳播病毒。打杈摘心後要噴施一遍殺菌劑，以起到殺菌預防病害的作用。
總之，西紅柿打杈摘心等整枝措施的進行，要注意適時，適度，宜早不宜晚，側枝長最好不要超過10釐米，以4-8釐米去掉為宜；同時儘量避免過多的帶掉莖幹上的老皮，避免人為傳播病菌，儘量減少手與莖蔓的接觸，尤其是傷口，一般不要用剪刀等工具剪枝，防止剪刀傳播病毒。